DAPI

DAPI (4',6-diamidyno-2-fenyloindol) – organiczny związek chemiczny, aromatyczna, heterocykliczna amina stosowana jako barwnik fluorescencyjny silnie wiążący się do DNA (dwuniciowego) na zasadzie interkalacji^[2][3].

DAPI

Nazewnictwo Nomenklatura systematyczna (IUPAC) 2-(4-karbamimidoilofenylo)-1H-indolo-6-karboksimidamid Inne nazwy i oznaczenia 4',6-diamidyno-2-fenyloindol
Ogólne informacje
Wzór sumaryczny	C16H15N5
Masa molowa	277,32 g/mol
Wygląd	żółty proszek[1]
Identyfikacja
Numer CAS	47165-04-8 28718-90-3 (chlorowodorek)
PubChem	2954
SMILES C1=CC(=CC=C1C2=CC3=C(N2)C=C(C =C3)C(=N)N)C(=N)N
InChI InChI=1S/C16H15N5/c17-15(18)10-3-1-9(2-4-10)13-7-11-5-6-12(16(19)20)8-14(11)21-13/h1-8,21H,(H3,17,18)(H3,19,20) InChIKey FWBHETKCLVMNFS-UHFFFAOYSA-N
Właściwości Temperatura topnienia 330 °C
Niebezpieczeństwa Karta charakterystyki: dane zewnętrzne firmy Sigma-Aldrich Globalnie zharmonizowany system klasyfikacji i oznakowania chemikaliów dichlorowodorek Substancja w tej postaci nie jest klasyfikowana jako niebezpieczna według kryteriów GHS (na podstawie podanej karty charakterystyki). Europejskie oznakowanie substancji oznakowanie ma znaczenie wyłącznie historyczne dichlorowodorek Substancja w tej postaci nie jest klasyfikowana jako niebezpieczna według europejskich kryteriów (na podstawie podanej karty charakterystyki).
Jeżeli nie podano inaczej, dane dotyczą stanu standardowego (25 °C, 1000 hPa)

Zastosowanie

DAPI (fioletowy) związany z małą bruzdą podwójnej helisy DNA (zielony i niebieski).

Jądra komórkowe wybarwione DAPI (niebieskie).

Powszechnie używany do wybarwiania jąder komórkowych lub chromosomów (poprzez wizualizację DNA) w mikroskopii fluorescencyjnej^[4]. Ponieważ DAPI przenika przez nienaruszone błony biologiczne, może być używany do wybarwiania zarówno żywych komórek jak i utrwalonych^[5].

W mikroskopii fluorescencyjnej DAPI jest wzbudzany światłem ultrafioletowym. Związany do DNA ma maksimum absorpcji przypadające na długość fali świetlnej równą 358 nm, a maksimum emisji przy 461 nm (kolor niebiesko-fioletowy). DAPI wiąże się także do RNA, aczkolwiek słabiej. Maksimum emisji DAPI związanego z RNA jest przesunięte do około 400 nm^[6].

Niebieska emisja DAPI jest bardzo wygodna w obrazowaniu fluorescencyjnym przy użyciu kilku różnych barwników jednocześnie, ponieważ nie pokrywa się ona z emisją innych popularnych fluoroforów (na przykład zielonym GFP czy fluoresceiną).

Poza wybarwianiem jąder komórkowych, DAPI jest także używane do wykrywania mykoplazm^[7] lub wirusów (także na zasadzie wiązania ich DNA)^[8] w kulturach komórkowych.

Ponieważ DAPI wiąże się bardzo ściśle z DNA na zasadzie interkalacji i tym samym zaburza jego strukturę, związek ten jest toksyczny i mutagenny. Przy pracy z DAPI powinno się zachować szczególną ostrożność.

Przypisy

1. DAPI (nr D9542) – karta charakterystyki produktu Sigma-Aldrich (Merck) na obszar Polski.
2. P. Chandra, B. Mildner, O. Dann, A. Metz. Influence of 4'-6'-diamidino-2-phenylindole on the secondary structure and template activities of DNA and polydeoxynucleotides. „Molecular and Cellular Biochemistry”. 18 (2-3), s. 81-86, 1978. DOI: 10.1007/BF00280272. PMID: 604784.
3. J. Kreuter, E. Liehl. Protection induced by inactivated influenza virus vaccines with polymethylmethacrylate adjuvants. „Medical Microbiology and Immunology”. 165 (2), s. 111-117, 1978. DOI: 10.1007/BF02122746. PMID: 672773.
4. M.S. Lin, O. S. Alfi, G. N. Donnell. Differential fluorescence of sister chromatids with 4'-6-diamidino-2-phenylindole. „Canadian Journal of Genetics and Cytology”. 18 (3), s. 545-547, 1977. DOI: 10.1139/g76-068. PMID: 63310.
5. H. M. Hull, R. W. Hoshaw, J. C. Wang. Cytofluorometric determination of nuclear DNA in living and preserved algae. „Stain Technology”. 57 (5), s. 273-282, 1983. DOI: 10.3109/10520298209066723. PMID: 6758206.
6. G. Manzini, L. Xodo, M. L. Barcellona, F. Quadrifoglio. Interaction of DAPI with double-stranded ribonucleic acids. „Nucleic Acids Research”. 13 (24), s. 8955-8967, 1986. DOI: 10.1093/nar/13.24.8955. PMID: 4080554. PMCID: PMC318964.
7. M. Jagielski, M. Zaleska, S. Kaluzewski, I. Polna. Ocena przydatności DAPI do wykrywania mykoplazm w hodowlach komórkowych. „Medycyna Doświadczalna i Mikrobiologia”. 28 (2), s. 161-173, 1976. PMID: 775226.
8. B. Mildner, P. Chandra. [Molecular mechanism of action of diamidinephenylindole (DAPI). II. Effect of DAPI on the template activity of DNA and polydeoxynucleotides in the DNA-polymerase system from bacteria, eukaryotic cells and RNA tumor viruses]. „Cell Mol Biol Incl Cyto Enzymol”. 25 (6), s. 399-407, 1980. PMID: 94275. (niem.).