襟鞭毛虫 （えりべんもうちゅう、Choanoflagellate ）は、小さな単鞭毛 の鞭毛虫 で、単細胞生物 の中では我々動物 （後生動物 ）に最も近いとされる。
名前の「choano-」はギリシア語 で襟（choanos ) を意味する。動物門 と並び、コアノゾア を構成するクレード のひとつである。
およそ50属 150種 ほどが記載されている。
固着性の襟鞭毛虫Codonosiga botrytis 襟鞭毛虫は小さな鞭毛虫で、体長が10μmを超える事は稀である。1本の鞭毛を持っており、その基部を微絨毛 （tentacles あるいは microvilli ）が環状に取り囲んで襟 (collar ) と呼ばれる構造を形成している。鞭毛は水流を起こしてバクテリア などの餌粒子を集め、これを襟が捕捉する事で摂食を行う。固着性 の種は鞭毛の反対側に柄を持ち、基物に付着したまま摂食を行い生活する。
餌粒子の捕食だけでなく、自由遊泳性の種では鞭毛は細胞の遊泳にも用いられる。この時鞭毛はヒト の精子 と同様に細胞の後方に向けられる。これは、他の大部分の鞭毛虫が鞭毛を進行方向に伸ばすのとは対照的であり、襟鞭毛虫が後生動物に近縁である根拠の一つになっている。襟鞭毛虫も古くは二本鞭毛であったと考えられているが、二本目の鞭毛は現在では退化しており、基底小体 の痕跡が残るのみである。
襟鞭毛虫の模式図。鞭毛を囲む濃い紺色の部分が襟。 多くの襟鞭毛虫は籠状の殻であるロリカ (lorica ) を形成する。ロリカは淡水種では有機質のみ、海産種では有機質に加えてケイ酸 質である。特に薄い膜質のロリカはテカ (theca ) と呼んで区別する場合もある。
珪酸質のロリカは複雑な籠のような形態をしており、針状の珪酸パーツが縦横に組み合わされて形成されている。パーツの接合点はセメント質 により接着されている。ロリカの構造は襟鞭毛虫の分類上重要な形質であるが、光学顕微鏡 で形態を識別するのは難しく、同定 に際しては電子顕微鏡 が用いられる。
葉緑体 を持つ襟鞭毛虫は発見されておらず、その痕跡器官や葉緑体DNA なども見つかっていない。全ての襟鞭毛虫は、餌粒子を捕食して生活する従属栄養 性である。
多細胞生物 である海綿 動物に存在する襟細胞 （choanocytes）は、襟鞭毛虫に似た構造の細胞である。襟細胞は扁形動物 など他の動物 にもしばしば見られる事から、群体性の襟鞭毛虫が多細胞動物の起源であると考える説もある。襟細胞の他にも、珪酸の代謝経路や収縮胞 の使われ方などにも後生動物との共通点が見出されている。
Proterospongia Sphaeroeca volvox
淡水域、海水域共に広く分布するが、細胞のサイズが小さい、色素体 を持っていない、ブルーム を形成しない、などの理由から人目に触れる機会は少ない。また、毒素を産生する種や、寄生 性・病原性 の種などは知られていない。
襟鞭毛虫は全て従属栄養性である為、海洋においては有光層以深にも分布する。特に脆弱なロリカを持つ種は、物理的撹乱の激しい表層付近よりも、環境の安定した深海 を好む傾向にある。
上位分類群は後生動物と同様にオピストコンタ で、これは分子系統解析において強力に支持される区分である。このグループ共通の形態形質として、鞭毛を進行方向に対して後方へ向けて遊泳する点が挙げられる。この特徴はオピストコンタという分類群名の由来にもなっている（Opisthokonta; ギリシア語 opistho- '後方' ＋ kontos '鞭毛'）。
2015年 に、襟鞭毛虫類は動物界と共に 当時は"Apoikozoa" と呼ばれていたコアノゾア の下位クレードに分類されることになった[1] Choanoflagellida を設けることもあった。
現在は2目3科に分けられる[2] [3] [4] [5] [3] [4] [5]
Craspedida
サルピンゴエカ科 （カラエリヒゲムシ科）Salpingoecidae Choanoeca コドノクラディウム Codonocladium コドシガ Codosiga Codonosiga デスマレラ Desmarella Codonodesmus Kentrosiga モノシガ Monosiga プロテロスポンギア Proterospongia サルピンゴエカ Salpingoeca S. amphoroideum incertae sedis ? - Astrosiga Aulomonas Cladospongia Codonosigopsis Dicraspedella Diploeca Diplosiga Diplosigopsis Kentia Lagenoeca Pachysoeca Salpingorhiza Sphaeroeca Stelexomonas Stylochromonas アカントエカ目 Acanthoecida
アカントエカ科 Acanthoecidae アカントエカ Acanthoeca ポリオエカ Polyoeca サビレア Savillea Stephanoecidae
アカントコルビス Acanthocorbis アモエノスコパ Amoenoscopa ビコスタ Bicosta カリアカンタ Calliacantha カンピロアカンタ Campyloacantha コスモエカ Cosmoeca クリノリナ Crinolina クルキスピナ Crucispina ディアパノエカ Diaphanoeca Didymoeca ナンノエカ Nannoeca パルビコルビクラ Parvicorbicula プラティプレウラ Platypleura プレウラシガ Pleurasiga ポリフィブラ Polyfibula サロエカ Saroeca ステパナカンタ Stephanacantha ステパノエカ Stephanoeca シンデトピルム Syndetophyllum incertae sedis ? - Apheloecion Calotheca Campanoeca Conion Helgoeca Kakoeca Monocosta Saepicula Spinoeca Spiraloecion かつては、形態から、次のような3科に分類されていた[6]
サルピンゴエカ科（カラエリヒゲムシ科）Salpingoecidae Chanoeca Salpingoeca Pachysoeca Diploeca
アカンソエカ科 Acanthoecidae - 海産のグループ。ロリカは有機質＋珪酸質。Bicosta Calliacantha Crinolina Diaphanoeca Acanthoeca Acanthoecopsis Savillea Diplotheca Parvicorbicula Pleurasiga Stephanoeca Saepicula
コドノシガ科 Codonosigidae Monosiga Codosiga Codonocladium Desmarella Astrosiga Sphaeroeca Proterospongia
Nitsche, F.; Carr, M.; Arndt, H.; Leadbeater, B.S. (2011), “Higher level taxonomy and molecular phylogenetics of the Choanoflagellatea”, J. Eukaryot. Microbiol. 58 (5): 452–62, doi :10.1111/j.1550-7408.2011.00572.x Wylezich, Claudia; Karpov, Sergey A; et al. (2012), “Ecologically relevant choanoflagellates collected from hypoxic water masses of the Baltic Sea have untypical mitochondrial cristae”, BMC Microbiology 12 : 271, doi :10.1186/1471-2180-12-271
Lee JJ, Leedale GF, Bradbury P. (2000) The Illustrated Guide to The Protozoa, 2nd. vol. I pp. 14-38. Society of Protozoologists, Lawrence, Kansas. ISBN 1-891276-22-0
Hausmann K, Hulsmann N, Radek R. (2003) Protistology 3rd. E. Schweizerbart'sche Verlagsbuchhandlung, Stuttgart. ISBN 3-510-65208-8
Adl et al. (2005). “The New Higher Level Classification of Eukaryotes with Emphasis on the Taxonomy of Protists”. J Eukaryot Microbiol 52 (5): 399-451. PMID 16248873 
