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藤井 健次郎(ふじい けんじろう、1866年11月11日(慶応2年10月5日) - 1952年(昭和27年)1月11日)は、日本の植物学者・遺伝学者。1950年文化勲章受章。
1866年、加賀国金沢で[要出典]、加賀藩士の家に生まれる[1]。幼くして両親を亡くし、叔母に育てられる[1]。
1892(明治25)年、東京帝国大学理科大学生物学科卒業[2]。卒業後、同大学助手、助教授として植物学教室で研究と学生の指導を継続[1]。
藤井は中等教育教科書の編纂に注力する一方で、長らく学位論文を提出せず[3]、学位は論文提出ではなく、総長推薦によって授与された[3][4]。
1901年からドイツ、英国に留学、植物形態学、細胞学、化石学などを学び帰国。
1911年、東京帝国大学教授。
1918年に、大阪の実業家、野村徳七兄弟の寄付をもとに小石川植物園内に置かれ講座に「細胞学を基礎とする遺伝学講座」と名づけた。実験担当助手にアメリカ留学から帰った保井コノ(当時女子高等師範学校助教授)が務め、初年度の学生は篠遠喜人一人であった。藤井はさまざまな研究を行ったが、結果は短い講演要旨として残すだけで、論文に発表されることは少なく、門下から「不出版癖」と称された。藤井の教室は、染色体のらせん構造を研究した桑田義備、キク属の研究の田原正人、ハスの研究の大賀一郎らを輩出した。[5] [1]。
1927年、定年のため東京帝国大学を退官[1]。退官後も死去まで植物学教室で研究を継続[1]。
1929年、和田薫幸会[7]の支援を受けて国際細胞学雑誌「キトロギア」[8]を創刊[1]。
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