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健康科学研究科(けんこうかがくけんきゅうか、英称:The Graduate School of Health Sciences)は、日本の大学院研究科のうち、健康科学に関する高度な教育・研究を行う機構の1つである。 公立大学では、2003年に青森県立保健大学が、私立大学では、1999年に東海大学に設立されたのが最初である。
主に、健康科学部の上位に連続された形で設置され、博士前期課程(修士課程)および博士後期課程(博士課程)あるいはそれに相当する課程で構成される。学位は、「修士(健康科学)」や「博士(健康科学)」とは必ずしもならず、専攻する領域毎に設定している専門分野に準じた学位と捉える事が肝要である。これは、医療分野を始めとした社会福祉分野、生活科学分野、心理学分野、そしてスポーツ分野など広い側面からアプローチできる「健康科学」を包摂する研究科名称が多い事からも見受けられる。
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