Der Begriff Ernst bei Søren Kierkegaard. Freiburg i. Br. / München: Verlag Karl Alber 1958 (Symposion 1) ISBN 3-495-44030-5
Der Andere: Studien zur Sozialontologie der Gegenwart. Berlin: de Gruyter 1965 (2. Aufl.: ISBN 3-11-008657-3)
Gesellschaft und Geschichte: Zur Kritik der kritischen Theorie. Berlin: de Gruyter 1969 (2. Aufl.: ISBN 3-11-008687-5)
Sein und Schein: die kritische Funktion der Hegelschen Logik. Frankfurt am Main: Suhrkamp 1978 ISBN 3-518-07209-9
Selbstverwirklichung und Allgemeinheit: zur Kritik des gegenwärtigen Bewusstseins. Berlin; New York: de Gruyter 1982 ISBN 3-11-008781-2
Negative Theologie der Zeit. Frankfurt am Main: Suhrkamp 1991 (Suhrkamp-Taschenbuch Wissenschaft; 938) ISBN 3-518-28538-6
Das Selbst auf dem Grund der Verzweiflung. Frankfurt am Main: Hain 1991 (Anton Hain; Nr. 14) ISBN 3-445-06014-2
Der Begriff Verzweiflung: Korrekturen an Kierkegaard. Frankfurt am Main: Suhrkamp 1993 (Suhrkamp-Taschenbuch Wissenschaft; 1062) ISBN 3-518-28662-5
Pindar: Menschenlos und Wende der Zeit. München: Beck 2000. ISBN 3-406-46169-7 (3. Aufl. 2008)
Reichweite und Grenzen der Erinnerung, Tübingen: Mohr Siebeck, 2001.
Schicksal in Antike und Moderne (Erweiterte Fassung eines Vortrags, gehalten in der Carl-Friedrich-von-Siemens-Stiftung am 17. Mai 2004). München: Carl-Friedrich-von-Siemens-Stiftung 2004.
Emil Angehrn (Hg.): Dialektischer Negativismus: Michael Theunissen zum 60. Geburtstag. Frankfurt am Main: Suhrkamp 1992 (Suhrkamp-Taschenbuch Wissenschaft; 1034) ISBN 3-518-28634-X
Markus Hattstein (Hg.): Erfahrungen der Negativität: Festschrift für Michael Theunissen zum 60. Geburtstag. Hildesheim [u.a.]: Olms 1992. ISBN 3-487-09500-9
Emmanuel Siregar: Sittlich handeln in Beziehung: geschichtliches und personales Denken im Gespräch mit trinitarischer Ontologie. Freiburg, Schweiz: Univ.-Verl.; Freiburg i. Br.; Wien: Herder 1995. (Studien zur theologischen Ethik; 64) ISBN 3-451-23648-6
Susanne Scharf: Zerbrochene Zeit - gelebte Gegenwart: im Diskurs mit Michael Theunissen. Regensburg: Pustet 2005. (Ratio fidei; Bd. 27) ISBN 3-7917-1961-0