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ホンドギツネ（本土狐、Vulpes vulpes japonica）は、北半球に広く生息するアカギツネの日本に分布する亜種。
本州（淡路島を含む）、九州、四国に分布する[2]。四国では少ない[2]。房総半島南部には移入されたと記す文献が存在するが[3]、これは誤り[4]。
頭胴長52–76 cm、尾長26–42 cm、体重4–7 kg。体色は赤みがかった黄色でいわゆる「きつね色」。腹部、頬、尾の先は白い。尾は他の動物に比べて毛がふさふさとしているので太く見え、長い。尾の基部の上面に黒い斑があり、そこには尾上腺（尾腺）と呼ばれる腺がある。毛皮が美しいので、服飾品に使用されることがある。北海道に生息するキタキツネよりやや小さく、四肢の足首の部分が黒くなっていない点で異なる。基準亜種とは頭骨が微妙に異なり、乳頭も2個多い[要出典]。
食性は季節や生息環境により変化する。肉食の傾向の強い雑食性であり、主にネズミ類、鳥類、昆虫類などを捕食するが果物など植物質のものも食べる。狩りをする時は、決まったルートを通り獲物を単独 で探す。里山から高山までの森林に住み、森林に接する草原や農耕地に出てくることもある。人里に近い所では、畑のトウモロコシを荒らしたり、家畜のニワトリを襲ったり、人家のゴミを漁ったりすることがある。開発とタヌキや野犬の繁殖の影響で、急速に数を減している[要出典]。
普段は縄張りを守って行動するが、交尾期の12月から2月ごろのみは互いの縄張りを侵す[要出典]。ニホンアナグマが掘った古い巣を利用することもあるが、日当たりの良い林や草原などに巣穴を作ることが知られている。この巣穴は通常、子育てのみに利用され、その他の期間は、一時的な避難場所として使われることはあっても、一年中使われるわけではない。巣穴の直径は25–30 cm で、入り口はたくさん作られ複雑な構造となっている。巣穴は親子代々で引き継がれていき、年々拡張され、巣穴の長さは30 m 以上になることもある。
繁殖期は12月から2月で、妊娠期間は約52日。巣穴の中で体重約100 g、頭胴長約9 cm、尾長約6 cm、全身がほぼ黒色で尾の先端が白い子を、2–7頭産む。母親を中心とした母系社会を構成し、前年生まれのメス（ヘルパー）は母親の子育てを手伝う。ヘルパーは時に最大4頭になることもある。オスも子供が生後1ヶ月頃までは子育てを手伝うが、その後はこの家族群に加わらなくなる。この家族群は、子供が生まれると集団となり、子の成長とともに徐々に解散していき、9月頃には単独生活を送るようになるが、この家族群のなわばりを出ることはない。
オスは生後7-8ヶ月で親離れをし、なわばりを出て分散していく。メスは誕生した年の12月から2月までに性成熟し、繁殖できるようになるが、通常は1歳で繁殖は行わない。寿命は野生では3年から4年程度[要出典]であるが、1歳までの生存率は4%以下である。飼育下では長くて10年ほど生きることもある。
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ミトコンドリアDNAのシトクロムb遺伝子および D-Loop 部分領域の塩基配列に基づく分子系統解析から、ホンドギツネは単系統群であることが支持されている[5]。ホンドギツネが他亜種から分岐した時間である tMRCA は約 0.148 Ma（14.8万年前、95％最高事後密度 0.236–0.080）であった[5]。またホンドギツネは日本列島の東西で2つのサブクレードに分かれている[5]。一方、北海道に分布するキタキツネは多系統群であり、複数の起源を持つことが示唆されている[5]。
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