デュボワは多くの宗教曲を創ったが、オペラ作曲家として成功を収めたいとの念願を抱いていた。近東に魅惑されて作曲したのが最初の舞台音楽《 La guzla de l'émir》であり、最初の4幕オペラ《 Aben-Hamet》であったが、新境地を開くことは到底できなかった。もう一つの大作オペラ《クサヴィエール Xavière》は、オーヴェルニュ地方を舞台とするはげしく劇的な筋書きをもつ。すなわち、寡婦となった母親が娘クサヴィエールを亡き者にしようとくわだてるが、司祭の手助けで襲撃をまぬかれ、仕来り通りのハッピーエンドに至るという物語である。
デュボワはほかに、バレエ音楽やオラトリオ、交響曲も作曲した。しかし、1922年に最愛の妻が亡くなると作曲意欲も無くなり、本人も2年後に亡くなってしまった。今現在、最も知られている作品は、オラトリオ《キリストの最後の7つの言葉 Les sept paroles du Christ》（1867年）やオルガン曲《トッカータ》（1889年）であろう。これらも時たま上演されるに過ぎないが、たくさんあるその他の作品は、今ではほとんど目立たないものになってしまった。
作曲家としてよりは教育者ならびに音楽理論家として持続的な影響力を及ぼしており、『対位法とフーガTraité de contrepoint et de fugue』や『和声法、理論と実践 Traité d'harmonie théorique et pratique』といった著作は今でも利用され続けている。「和声法はアンリ・ルベルの教本を長年使用してきたが、こぼれた規則も多く練習問題と若干の規則を補った」本が「アンリ・ルベルの和声教本への補遺と練習」である。この本を新規に改訂して出版したのが、『和声法、理論と実践 Traité d'harmonie théorique et pratique』である。
マルセル・ビッチュの提唱した「根音省略形」を、デュボワは一貫して「根音除去形」と説明している。現在委託先のLeduc社がTraité de contrepoint et de fugueを品切れにしてしまっており、amazonなどの通販サイトでは海賊版のNabu社によるリプリントの入手を頼るしかない。Traité de contrepoint et de fugueはルイジ・ケルビーニの教程から66年後の出版であり、ケルビーニに比べて禁則の数が増加している。日本の音楽大学が典拠としたのはデュボワ以降の理論家のルールであり、それ以前の理論家のルールは参照されていない。
歌劇
ウンベルト・ブルネレスキによるカリカチュアLa prova di un'opera seria, (unpublished, composed in Rome, 1863).
La guzla de l'émir, opéra comique (1 act, J. Barbier & M. Carré), f.p. 30 April 1873, Théâtre Athénée, Paris.
Le pain bis, opéra comique (1 act, A. Brunswick & A.R. de Beauplan), f.p. 26/27 February 1879, Opéra Comique (Théâtre Favart), Paris.
L'enlèvement de Proserpine, scène lyrique (1 act, P. Collin), f.p. 1879.
Aben-Hamet, opéra (4 acts, L. Détroyat & A. de Lauzières), f.p. 16 December 1884, Théâtre Châtelet, Paris.
Xavière "クサヴィエール", idylle dramatique (3 acts, L. Gallet, after F. Fabre), f.p. 26 November 1895, Opéra Comique (Théâtre Lyrique), Paris.
Miguela, opéra (3 acts) (Originally unperformed, except prélude and second act tableau from Act 3, concert perf. 23 February 1896, Paris.) f.p. 18 May 1916, Opéra, Paris.
La fiancée d'Abydos (未上演)
Le florentin (未上演)
バレエ
La Korrigane, (ballet by Louis Mérante), f.p. 12 January 1880, Opéra, Paris.
La Farandole, (ballet by Louis Mérante), f.p. 14 December 1883, Opéra-Comique, Paris.
オラトリオ・カンタータ
Les Sept Paroles du Christ, (1867) oratorio dedicated to Abbot Jean-Gaspard (1797-1871) curé of La Madeleine.
Le Paradis Perdu, oratorio (1878 - Prix de la ville de Paris)
Numerous cantatas, including: L'enlèvement de Proserpine, Hylas, Bergerette; Les Vivants et les Morts
Masses and religious compositions
交響曲
Symphonie française (1908)
協奏曲・協奏的作品
ピアノと管弦楽のためのカプリッチョ協奏曲
ピアノ協奏曲第2番
ヴァイオリン協奏曲
Fantaisie triomphale for organ & orchestra
交響詩
Notre-Dame de la Mer, poème symphonique
Adomis, poème symphonique
その他の管弦楽曲
Marche héroïque de Jeanne d'Arc
Hymne nuptial
Méditation, Prières for strings, oboe, harp, & organ
Fantasietta (1917)
室内楽曲
ピアノ四重奏曲(1907)
ピアノ曲
Piano works: Chœur et Danse des Lutins, six poèmes sylvestres, etc.
オルガン曲（ハルモニウム用の作品含む）
Des pièces pour orgue et pour harmonium, dont:
Douze Pièces pour orgue ou piano-pédalier (1889), with the famous Toccata in G (no. 3)
Douze Pièces Nouvelles pour orgue ou piano-pédalier (1893), with In Paradisum (no. 9)
Deux Petites Pièces pour orgue ou harmonium (1910), with Petite pastorale champenoise et Prélude
著作
Dubois, Théodore (1889). Notes et études d'harmonie pour servir de supplément au traité de H. Reber. Paris: Heugel.
Dubois, Théodore (1901). Traité de contrepoint et de fugue. Paris: Heugel.
Dubois, Théodore (1921). Traité d'harmonie théorique et pratique. Paris: Heugel.
Dubois, Théodore (1921). Réalisations des basses et chants du Traité d'harmonie par Théodore Dubois. Paris: Heugel.
Sadie,Stanley (Ed.)(1994)[1992].The New Grove Dictionary of Opera.vol. 1, A–D, chpt: "Dubois, (François-Clément) Théodore" by Richard Langham Smith.New York:MacMillan.ISBN 0-935859-92-6
Imbert,I.(1892).Nouveaux profils de musiciens.Paris
Tiersot,J.(1918).Un demi-siècle de musique française.Paris
Widor,M.(1924).Notice sur la vie et les travaux de Théodore Dubois.Paris
Landormy,P.(1943, 1948).La musique française de Franck à Debussy.Paris
