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武居 三吉(たけい さんきち、1896年10月26日 - 1952年6月25日)は、日本の農芸化学者。
長野県諏訪郡平野村(現・岡谷市)生まれ。旧制長野県立諏訪中学校(長野県諏訪清陵高等学校)、旧制第二高等学校を経て、1920年東京帝国大学農学部農芸化学科を卒業。
1922年から理化学研究所勤務。ハイデルベルク大学留学を経て、1928年京都帝国大学教授となる。1931年京都大学化学研究所所長に就任。1940年から1946年まで京都教育大学学長を務め、戦後は京都市の教育委員も務めたことがある。
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