Ivana Baquero è nata l'11 giugno 1994 a Barcellona (Spagna)[3][4], da madre Julía Macías e da padre Iván Baquero.[5][6]
Ivana Baquero ha frequentato l'American School di Barcellona, e nel 2012 al termine degli studi si è laureata in legge.[7][8] Ha imparato a parlare fluentemente lo spagnolo, l'inglese e il catalano.[9][10]
Ha iniziato a recitare professionalmente all'età di otto anni, interpretando alcuni piccoli ruoli in una serie di film prima di raggiungere il successo interpretando il ruolo della protagonista nel film Il labirinto del fauno (El laberinto del fauno) nel 2006. Il più notevole di questi primi film è Fragile - A Ghost Story (Frágiles), in cui ha interpretato un ruolo minore al fianco di Calista Flockhart e Richard Roxburgh. Ha recitato in numerosi altri film, tra cui Romasanta e Rottweiler. Nel 2005 ha recitato nei film televisivi Film per non dormire - Racconto di Natale (Películas para no dormir: Cuento de navidad) diretto da Paco Plaza e in Maria i Assou diretto da Sílvia Quer.
Fra circa 1 000 giovani attrici, Ivana è stata scelta per interpretare il ruolo di Ofelia nel film Il labirinto del fauno (El laberinto del fauno) diretto da Guillermo Del Toro. Esso era originariamente destinato a una ragazza di otto anni, ma la sceneggiatura è stata modificata per accogliere Ivana, che all'epoca aveva undici anni. In seguito, ha lavorato a vari progetti mentre frequentava ancora la scuola.
Nel 2008 ha preso parte al cast del film Die Frau des Anarchisten diretto da Marie Noelle e Peter Sehr. L'anno successivo, nel 2009, ha interpretato il ruolo del protagonista nel film horror The New Daughter diretto da John Connolly, con Kevin Costner, segnando il suo primo ruolo americano.[11] Nel 2010 ha ricoperto il ruolo di Lena nel cortometraggio Absència diretto da Sheila Pye. L'anno successivo, nel 2011, ha interpretato il ruolo di Hildegart Rodriguez nel cortometraggio The Red Virgin diretto da Javi Muñoz. Nel 2013 è entrata a far parte del cast del film Another Me diretto da Isabel Coixet, nel ruolo di Kaylie.
Nel 2014 ha ricoperto il ruolo di Meri nel film Il club degli incompresi (El club de los incomprendidos) diretto da Carlos Sedes e Carles Vila. L'anno successivo, nel 2015, è stata inclusa nel cast di The Shannara Chronicles, l’adattamento televisivo di MTV della serie di romanzi Shannara di Terry Brooks, in cui ha interpretato il ruolo di Eretria[12]; la serie è stata presentata in anteprima nel gennaio 2016.[13][14] Nello stesso anno ha ricoperto il ruolo di Catarina / Joana nel film Gelo diretto da Gonçalo Galvão Teles e Luís Galvão Teles e quello di Lia nel cortometraggio Como lágrimas en la sal diretto da Helena Mariño Ruiz. Nel 2017 ha ricoperto il ruolo di Aurora nel film Demoni i tuoi occhi (Demonios tus ojos) diretto da Pedro Aguilera. Nel 2019 ha interpretato il ruolo di Claire nel film Feedback diretto da Pedro C. Alonso.
2007: Vincitrice come Miglior attrice rivelazione per il film Il labirinto del fauno (El laberinto del fauno)
Premio Sophia dell'Accademia del cinema portoghese
2017: Candidata come Miglior attrice per il film Gelo
Premio dell'Associazione dei critici cinematografici di trasmissione
2007: Candidata come Miglior giovane attrice per il film Il labirinto del fauno (El laberinto del fauno)
Premio della Chicago Film Critics Association
2006: Candidata come Attrice più promettente per il film Il labirinto del fauno (El laberinto del fauno)
Premio della Fondazione Imagen
2007: Vincitrice come Miglior attrice per il film Il labirinto del fauno (El laberinto del fauno)
Premio dell'Unione degli attori spagnoli
2007: Vincitrice come Miglior attrice rivelazione per il film Il labirinto del fauno (El laberinto del fauno)
Young Artist Awards
2007: Vincitrice come Miglior interpretazione da protagonista in un lungometraggio internazionale per il film Il labirinto del fauno (El laberinto del fauno)