Protein Data Bank

Protein Data Bank (PDB) adalah suatu basis data bagi data struktur tiga dimensi dari molekul biologis berukuran besar, seperti protein dan asam nukleat. Data tersebut, biasanya diperoleh dari kristalografi sinar-X, spektroskopi NMR, atau, yang terbaru melalui mikroskopi elektron kriogenik, kemudian diunggah oleh para ahli biologi dan biokimiawan dari seluruh dunia, dapat diakses secara bebas di internet melalui situs web organisasi anggotanya (PDBe,^[1] PDBj,^[2] dan RCSB^[3]). PDB diawasi oleh suatu organisasi yang disebut dengan Worldwide Protein Data Bank, wwPDB.

Protein Data Bank

Konten
Deskripsi	Struktur protein Kristalografi sinar-X Penentuan struktur NMR
Kontak
Akses
Format data	PDB
Situs web	www.wwpdb.org www.pdbe.org www.rcsb.org/pdb www.pdbj.org
Perangkat
Lain-lain

PDB merupakan basis data yang sangat penting dalam bidang biologi struktur, seperti genomika struktur. Sebagian besar jurnal ilmiah utama, dan beberapa agensi pendanaan, saat ini mengharuskan ilmuwan untuk menyerahkan data struktur hasil penelitian mereka pada PDB. Banyak basis data lainnya yang menggunakan struktur protein yang tersimpan di PDB. Misalnya, SCOP dan CATH mengelompokkan struktur protein, sementara PDBsum menyediakan ikhtisar grafis dari entri PDB menggunakan informasi dari sumber lain, seperti ontologi gen.^[4][5]

Konten

Laju penentuan struktur protein berdasarkan metode dan tahun.

Basis data PDB diperbaharui setiap minggunya (Rabu UTC+0). Demikian pula, daftar kepemilikan PDB^[6] juga diperbaharui setiap minggu. Hingga 17 Oktober 2018^[update], rincian kepemilikan saat ini adalah sebagai berikut:

Metode eksperimen	Protein	Asam nukleat	Kompleks Protein/Asam nukleat	Lainnya	Total
Difraksi sinar-X	121935	1963	6289	4	130191
NMR	10872	1260	251	8	12391
Mikroskopi elektron	1810	31	652	0	2493
Hibrid	123	5	2	1	131
Lainnya	244	4	6	13	267
Total:	134984	3263	7200	26	145473

120.052 struktur dalam PDB memiliki berkas faktor struktur.

9.734 struktur memiliki berkas pembatas NMR.

3.486 struktur dalam PDB memiliki berkas pergeseran kimia.

2.531 struktur dalam PDB memiliki berkas pemetaan 3DEM yang tersimpan dalam EM Data Bank

Signifikansi berkas faktor struktur, yang disebutkan di atas, adalah bahwa, untuk struktur PDB yang ditentukan oleh difraksi sinar-X yang memiliki berkas struktur, pemetaan kerapatan elektron dapat dilihat. Data struktur tersebut disimpan di "server kerapatan elektron".^[7][8]

Di masa lalu, jumlah struktur dalam PDB telah tumbuh pada tingkat yang kira-kira eksponensial, melewati 100 struktur yang terdaftar pada tahun 1982, 1.000 pada tahun 1993, 10.000 pada tahun 1999, dan 100.000 pada tahun 2014.^[9][10] Namun, sejak 2007, tingkat akumulasi struktur protein baru tampaknya tidak menunjukkan peningkatan yang signifikan.

Format berkas

Contoh struktur protein dari PDB (dibuat menggunakan UCSF Chimera)

Format berkas yang digunakan oleh PDB pada mulanya adalah format berkas PDB. Format berkas awal ini dibatasi oleh lebar dibatasi oleh lebar kartu punch komputer hingga 80 karakter per baris. Sekitar tahun 1996, format "Berkas Informasi Kristalografi makromolekul", mmCIF, (bahasa Inggris: "macromolecular Crystallographic Information File") yang merupakan perpanjangan dari format CIF mulai digunakan secara bertahap. Format berkas mmCIF saat ini digunakan sebagai format utama untuk arsip PDB.^[11] Versi XML dari format ini, yang dikenal sebagai PDBML, diperkenalkan pada tahun 2005.^[12]

Berkas struktur ini dapat diunduh dalam satu diantara ketiga format tadi. Lebih lanjut, berkas individualnya dapat secara mudah diunduh dalam paket grafis melalui situs web:

• Untuk format berkas PDB, dapat diakses dari http://www.pdb.org/pdb/files/4hhb.pdb.gz atau http://pdbe.org/download/4hhb
• Untuk berkas PDBML (XML), dapat diakses dari http://www.pdb.org/pdb/files/4hhb.xml.gz atau http://pdbe.org/pdbml/4hhb

"4hhb" merupakan kode pengenal PDB. Setiap struktur yang diterbitkan oleh PDB mendapatkan kode pengenal alfanumerik empat-karakter, disebut sebagai PDB ID. (Pengenal ini tidak dapat digunakan sebagai pengenal biomolekul, karena terkadang beberapa struktur dengan molekul yang sama—dalam lingkungan atau konformasi yang berbeda—dimasukkan dalam PDB dengan PDB ID yang berbeda.)

Lihat pula

• Basis data kristalografi
• Struktur protein
• Prediksi struktur protein
• Basis data struktur protein
• PDBREPORT mendaftar seluruh anomali (dan kesalahan) dalam struktur PDB
• PDBsum — mengekstrak data struktur PDB dari basis data lain
• Proteopedia — suatu ensiklopedia 3D kolaboratif mengenai protein dan molekul lain

Referensi

1. EMBL-EBI. "PDBe home < Node < EMBL-EBI". www.pdbe.org (dalam bahasa Inggris).
2. "Protein Data Bank Japan - PDB Japan - PDBj". www.pdbj.org (dalam bahasa Inggris).
3. Bank, RCSB Protein Data. "RCSB PDB: Homepage". www.rcsb.org (dalam bahasa Inggris).
4. Berman, H. M. (Januari 2008). "The Protein Data Bank: a historical perspective" (PDF). Acta Crystallographica Section A (dalam bahasa Inggris). A64 (1): 88–95. doi:10.1107/S0108767307035623. PMID 18156675.
5. Laskowski RA, Hutchinson EG, Michie AD, Wallace AC, Jones ML, Thornton JM (Desember 1997). "PDBsum: a Web-based database of summaries and analyses of all PDB structures". Trends Biochem. Sci. (dalam bahasa Inggris). 22 (12): 488–90. doi:10.1016/S0968-0004(97)01140-7. PMID 9433130.
6. "PDB Current Holdings Breakdown" (dalam bahasa Inggris). RCSB. Diarsipkan dari versi asli tanggal 2007-07-04. Diakses tanggal 2019-02-09.
7. "The Uppsala Electron Density Server" (dalam bahasa Inggris). Uppsala University. Diarsipkan dari versi asli tanggal 2021-03-21. Diakses tanggal 6 April 2013.
8. Kleywegt GJ, Harris MR, Zou JY, Taylor TC, Wählby A, Jones TA (Desember 2004). "The Uppsala Electron-Density Server". Acta Crystallogr. D (dalam bahasa Inggris). 60 (Pt 12 Pt 1): 2240–2249. doi:10.1107/S0907444904013253. PMID 15572777.
9. Anon (2014). "Hard data: It has been no small feat for the Protein Data Bank to stay relevant for 100,000 structures". Nature (dalam bahasa Inggris). 509 (7500): 260. doi:10.1038/509260a. PMID 24834514.
10. "Content Growth Report" (dalam bahasa Inggris). RCSB PDB. Diarsipkan dari versi asli tanggal 2007-04-28. Diakses tanggal 6 April 2013.
11. wwPDB.org. "wwPDB: 2013 News". wwpdb.org (dalam bahasa Inggris).
12. Westbrook J, Ito N, Nakamura H, Henrick K, Berman HM (April 2005). "PDBML: the representation of archival macromolecular structure data in XML" (PDF). Bioinformatics (dalam bahasa Inggris). 21 (7): 988–992. doi:10.1093/bioinformatics/bti082. PMID 15509603.

Pranala luar

• The Worldwide Protein Data Bank (wwPDB) — situs induk host regional (di bawah)
  • RCSB Protein Data Bank (USA)
  • PDBe (Eropa)
  • PDBj (Jepang)
  • BMRB, Biological Magnetic Resonance Data Bank (USA)
• wwPDB Documentation — dokumentasi baik format berkas PDB maupun PDBML
• Looking at Structures Diarsipkan 2011-03-24 di Wayback Machine. — Pendahuluan kristalografi dari RCSB
• PDBsum Home Page — Data ekstrak struktur PDB dari basis data lain
• Nucleic Acid Database, NDB — situs mirror PDB khususnya untuk pencarian data asam nukleat
• Pengenalan tutorial PDB yang disponsori oleh PDB Diarsipkan 2014-02-02 di Wayback Machine.
• PDBe: Quick Tour di EBI Train OnLine