נפתלי פרסם מאמרים כלכליים בעיתונים חשובים של גרמניה עוד לפני מלחמת העולם הראשונה, ופרסם ספרים בנושאי כלכלה. הספר "כיצד לקרוא את המדור הכלכלי בעיתון?", שפרסם בשנת 1921 עם ארנסט קאהן (Ernst Kahn), זכה לפופולריות רבה.
בשנים 1919–1920 היה נפתלי עורך המדור הכלכלי של העיתונים "פרוייסישה צייטונג" (Preußische Zeitung) וה"ברלינר מורגנפוסט" (Berliner Morgenpost), ובשנים 1921–1926 ערך את המדור הכלכלי של עיתון הגרמני החשוב "פרנקפורטר צייטונג" (Frankfurter Zeitung). בשנת 1926 מונה לראש המכון למחקר כלכלי של האיגודים המקצועיים בגרמניה (Allgemeiner Deutscher Gewerkschaftsbund) וכיהן בתפקיד זה עד 1933, מועד עלייתו לארץ.
פרקים בכלכלה מדינית ובתורת הקוניונקטורה: סדרת הרצאות של פריץ נפתלי; תורגמו לעברית והותקנו לדפוס בידי דן פינס; הקדמה מאת ש' קפלנסקי, חיפה: אגודת סטודנטים של התכניון העברי, תרצ"ה 1935.[2]
כלכלה מדינית, תל אביב: בית הספר הגבוה למשפט ולכלכלה, תל אביב, 1935.
חברת העובדים: משק הפועלים בארץ, תל אביב: מחלקת ההסברה של הוועד הפועל, ההסתדרות הכללית של העובדים העברים בארץ ישראל, תש"ו 1946.
האיגוד המקצועי ותפקידו בתנועת הפועלים, תל אביב: מחלקת ההסברה של הוועד הפועל, ההסתדרות הכללית של העובדים העברים בארץ ישראל, תש"ח 1948.
דמוקרטיה כלכלית: מבחר כתבים (כל פרקי היומנים וכן המאמרים שכתב פ' נפתלי בגרמניה לפני עלייתו לארץ; תורגמו מגרמנית בידי חיים איזק), תל אביב: דבר, תשכ"ב 1962.
Kapitalkontrolle, Jena: Diederichs, 1919 (Schriftenreihe // Deutsche Gemeinschaft, H. 8). (חוברת)
Wertschwankungen und Bilanz, Frankfurt a. M.: Frankfurter Societäts-Druckerei, 1921. (חוברת)
Ernst Kahn, Fritz Naphtali, Wie liest man den Handelsteil einer Tageszeitung?, Frankfurt a. M.: Frankfurter Societäts-Druckerei, 1921 (בשנת 1923 זכה למהדורה חדשה, והתפרסם שוב בשנים 1924, 1926, 1930 ו-1930)
Im Zeichen des Währungselends: Das Wirtschaftsjahr 1922 u. s. Lehren, Frankfurt a. M.: Frankfurter Societäts-Druckerei, Abt. Buchverlag, 1923.
Währungsgesundung und Wirtschaftssanierung: Rückblick auf d. Wirtschaftsjahr 1924 Frankfurt a. M.: Frankfurter Societäts-Druckerei, 1925 (התפרסם לראשונה במוסף הכלכלי של ה"פרנקפורטר צייטונג" בערב ראש השנה האזרחית 1925)
Abbau und Aufbau: Rückblick auf d. Wirtschaftsj. 1925, Frankfurt a. M.: Frankfurter Societäts-Druckerei, 1926.
Im Zeichen des Währungselends, Frankfurt a. M.: Societäts-Druckerei, 1928.
Konjunktur, Arbeiterklasse und sozialistische Wirtschaftspolitik: [Reichsausschuß f. sozialist. Bildgsarbeit; Vortrag], Berlin: J. H. W. Dietz Nachf, 1928 (Schriften der Freien Sozialistischen Hochschule). (חוברת)
Wirtschaftsdemokratie, ihr Wesen, Weg und Ziel' / Hrsg. im Auftr. d. Allgemeinen Deutschen Gewerkschaftsbundes von Fritz Naphtali, Berlin: Verlagsgesellschaft d. Allgem. Deutschen Gewerkschaftsbundes, 1928.
Wirtschaftsdemokratie: Ihr Wesen, Weg u. Ziel / Fritz Naphtali. Mit e. Vorw. v. Ludwig Rosenberg u. e. Einf. v. Otto Brenner, Frankfurt a. M.: Europ. Verl.-Anst., 1966 (Sammlung Res novae; Bd. 42).
Fritz Naphtali (Hrsg. u. eingel. von Rudolf F. Kuda), Wirtschaftsdemokratie: ihr Wesen, Weg und Ziel, Köln – Frankfurt am Main: Europäische Verlagsanstalt, 1977.
Wirtschaftkrise und Arbeitslosigkeit: Nach e. Vortr., geh. in d. Freien Sozialist. Hochschule in Berlin am 8. Nov. 1930 / Volkstümlich dargest. Fritz Naphtali, Berlin: J. H. W. Dietz Nachf., 1930. (חוברת)
Ina Britschgi-Schimmer, Ernst Kahn, Ernst Lehmann, Fritz Naphtali, Housing in Jewish Palestine, Jerusalem: Economic Research Institute of the Jewish Agency, 1938. (באנגלית)
יהודה רימר, פרץ נפתלי: סוציאלדמוקרט בציונות ובארץ-ישראל, דיסרטציה, אוניברסיטת תל אביב, תשמ"ג 1982.
יהודה רימר, פרץ נפתלי: סוציאלדמוקרט בשני עולמות, ירושלים: הוצאת הספרייה הציונית על יד ההסתדרות הציונית העולמית, תשנ"ו 1996.
יהודה רימר, "התפיסה הכלכלית של פרץ נפתלי (יסודות, מרכיבים, ביטויים)", רבעון לכלכלה 121 (תשמ"ד), 187–191.
Kurt Nemitz, "Demokrat und Zionist: Fritz (Perez) Naphtalis Leben und Werk in Deutschland und Israel", in: Die Schatten der Vergangenheit: Beiträge zur Lage der intellektuellen deutschen Juden in den 20er und 30er Jahren, Oldenburg: Bibliotheks- und Informationssystem der Universität Oldenburg, 2000, 131-137. (בגרמנית)
Jehuda Riemer, Fritz Perez Naphtali: Sozialdemokrat und Zionist (aus dem Hebraeischen von Magali Philippsborn), Gerlingen: Bleicher Verlag, 1991 (Schriftenreihe des Instituts für Deutsche Geschichte der Universität Tel Aviv, 12). (בגרמנית)
Jehuda Riemer, "Über die politische Eingliederung der deutschsprachigen Alija: der Fall Fritz Naphtali", Aschkenas 5,2 (1995) 451-466. (בגרמנית)
Hans Willi Weinzen (Hrsg.), Wirtschaftsdemokratie heute?: Konzept, Kritik, Konsequenz, Berlin: DVK-Verlag, 1980 (Reihe Gewerkschaften, Nr. 1).
Hans Willi Weinzen, Gewerkschaften und Sozialismus: Naphtalis Wirtschaftsdemokratie und Agartz' Wirtschaftsneuordnung, Frankfurt am Main – New York: Campus-Verlag, 1982 (Campus Forschung, Bd. 261). (מבוסס על דיסרטציה באוניברסיטה החופשית בברלין משנת 1981: Wirtschaftsdemokratie und Wirtschaftsneuordnung: Konzepte gewerkschaftl. Wirtschaftspolitik von Fritz Naphtali u. Viktor Agartz im Vergleich)