כלאי זרעים והרכבה-מסכת כלאים, משנה תוספתא וירושלמי לפרקים א',ב', הוצאת דביר, תל אביב, תשכ"ז,1967
הצומח והחי במשנה, מכון לחקר המשנה, ירושלים, 1982.
החי במשנה, תיאורם וזיהויים של בעלי החיים שנזכרו במשנה מודגמים על ידי 84 תמונות, המכון לחקר המשנה, ירושלים, תשל"ב 1972.
מראות המשנה: סדר זרעים – בלויית צמחיית המשנה, תיאורם וזיהויים של הצמחים שנזכרו במשנה מודגמים על ידי 176 תמונות, הוצאת מדרש בני ציון, ירושלים, תשכ"ז.
חי וצומח בתורה, תיאור בעלי החיים והצמחים שבתורה מאוירים על ידי כמאתיים תמונות וציורים, המהדירים - הרב ישעיהו אריה ובנו יהושע דבורקס, ישראל הצעיר, ירושלים, 1984.
החקלאות בארץ-ישראל בימי המקרא, המשנה והתלמוד, הלכה ומעשה בעבודות יסוד חקלאיות, הוצאת ראובן מס, ירושלים, 1990.
החקלאות בארץ ישראל בתקופת המשנה והתלמוד, הלכה ומעשה בעבודות יסוד חקלאיות, הוצאת מאגנס, ירושלים, 1963.
טבע וארץ בתנ"ך, פרקים באקולוגיה מקראית, ראובן מס, ירושלים, 1992.
משנת שביעית, מפורשת ומבוארת על ידי יהודה פליקס, ראובן מס, ירושלים, 1987.
עולם הצומח המקראי, תיאורם וזיהויים של הצמחים שנזכרו בתנ"ך על רקע הכתובים, ספרות חז"ל ויוון, וטבע הארץ, בלווית מאה לוחות ציורים, מסדה, רמת גן, 1968.
פרק זרעים, חיבור ארץ ישראלי קדמון על טבע היצורים, עם מבוא, השלמות והערות מאת יהודה פליקס, מוסד הרב קוק, 1973.
צמחי התנ"ך וחז"ל, ראובן מס, ירושלים, 1997.
שיר השירים, טבע, עלילה ואליגוריה, ביאר והקדים מבוא: יהודה פליקס, ירושלים, 1980.
תוספת שביעית בשדה אילן, מסכת שביעית פרק א, יהודה פליקס, רמת גן, 1972.
ירושלמי מעשרות, תלמוד ירושלמימסכת מעשרות, הטקסט על פי כתב יד ליידן עם שינויי נוסחאות מכתבי-יד, קטעי גניזה ודפוס ונציה בלוויית איורים וטבלאות, פירוש וביאור - יהודה פליקס, הוצאת אוניברסיטת בר-אילן, רמת גן 2005.
ירושלמי שביעית, תלמוד ירושלמימסכת שביעית, הטקסט על פי כתב יד ליידן עם שינויי נוסחאות מכתבי-יד, קטעי גניזה ודפוס ונציה בלוויית איורים וטבלאות, פירוש וביאור - יהודה פליקס, הוצאת צור אות, ירושלים תש"מ, שני כרכים.
רשימה ביבליוגרפית, חקרי ארץ, עיונים בתולדות ארץ-ישראל, מוגשים לכבוד פרופ’ יהודה פליקס, עורכים: זאב ספראי, איוון פרידמן, יהושע שוורץ. רמת-גן: אוניברסיטת בר-אילן, תשנ"ז 1997.