המחזה מתרחש לאחר מלחמת טרויה ומספר על חזרתו של המלך אגממנון לממלכתו שבארגוס. המחזה מתבסס על המיתוס היווני באשר לגורלו של אגממנון, כפי שסופר על ידי הומרוס[1].
המחזה נפתח בהסבר של הצופה והמקהלה על ההתרחשויות בעשר השנים הקודמות - היעדרותו של המלך אגממנון ומלחמת יוון בטרויה. אשתו של אגממנון, קליטמנסטרה, מודיעה שהמלחמה הסתיימה בניצחון לצבאות היוונים ואגממנון עושה את דרכו חזרה לארגוס; אנשי המקהלה מפקפקים בכך, אך לבסוף הם מתרצים כאשר מגיע שליח המאשר את טענותיה של קליטמנסטרה.
אגממנון נכנס לעירו ומתקבל על ידי אשתו קליטמנסטרה בכבוד מלכים, כגיבור שחזר מנצח ממלחמה ממושכת. קסנדרה, בתו של מלך טרויהפריאמוס, מגיעה גם היא יחד עם אגממנון לארגוס, כשפחתו. על קסנדרה הוטלה קללה בעבר על ידי האל אפולו - יכולת נבואית שאיש לא מאמין לה. על מפתן הבית היא מתחילה לספר את כל קורות בית אטראוס והרציחות שעומדות להתרחש בתוך המשפחה: היא מתנבאת על רציחת אגממנון על ידי אשתו קליטמנסטרה, על כך שהיא עצמה תהיה הקורבן הבא, ועל נקמת דמו של אגממנון על ידי אורסטס (כפי שאכן מתרחש בחלק הבא של הטרילוגיה, "נושאות הנסכים").
למרות התנבאותה על מותה, היא נכנסת בהשלמה אל בית אגממנון. לאחר מכן נשמעות זעקותיו של אגממנון הנדקר למוות. המקהלה דנה מה ראוי לעשות, ובמקביל מתוודע הקהל לכך שקליטמנסטרה היא הרוצחת ושהתנהגותה המוקדמת הייתה רק העמדת פנים כדי לטמון לו פח. קליטמנסטרה רוצחת אותו כנקמה על כך שהעלה את בתם איפיגניה לקורבן לאלה ארטמיס, כדי שתאפשר לצי היווני להפליג לחופי טרויה. לאחר מות אגממנון, היא מתכוונת למשול בארגוס במשותף עם מאהבה אייגיסתוס, מלך מיקנה, שסייע לה במעשה הרצח. אייגיסתוס הוא דודנו של אגממנון, שהוגלה לאחר שדודו ואביו של אגממנון הרג את אביו תיאסטס, ולכן הוא סייע לקליטמנסטרה בתכנון הרצח, כנקמה.
משך הזמן שבו עלילת הטרגדיה מתרחשת מאוד מצומצם החל מחזרתו של אגממנון לביתו. באמצעות המקהלה המחזה מציג את העבר הרחוק של המחזה.
המקהלה מתארת את רצח איפיגניה באאוליס ומקשרת לרצח העתידי של אגממנון.
קסנדרה מצד אחד מנבאת את העתיד אך כנגד חוזרת לדור האבות של אגממנון, אל אטראוס, אביו של אגממנון אשר הגיש לתיאסתס, אביו של איגיסתוס ואחיו של אטראוס, את בשר ילדיו למאכל (סעודת תיאסתס). מאהבה של קליטמנסטרה היה הבן של איגיסתוס.
מסגרת הזמן הרחבה מאפשרת להסביר את ההווה, וההווה מסביר מה שיקרה בעתיד. לכן לפי תפיסה זו ההווה כשלעצמו לא יכול להסביר שום דבר והוא למעשה בלתי מובן.
חוסר האונים האנושי כנגד האלים עומד כמעט בכל טרגדיה יוונית:
"אבות אכלו בוסר ושיני בנים תקהינה" - אגממנון נרצח כנקמה על מעשה אביו. מעשה רצח איפיגניה הוא רק מניע אינטרסנטי אנושי של אשתו.
שום בחירה של אגממנון לא הייתה מושיעה אותו. שני הפתרונות שעמדו לנגד אגממנון בעת ההפלגה היו בעייתיים. רוחות השמים הפסיקו להשיט את ספינת היוונים וקלחס מנבא כי ארתמיס רוצה שיקריבו לה את בת אגממנון. לאחר הנבואה, אגממנון מצוי בבעיה: הוא צריך להחליט אם לרצוח את בתו, או להעליב את זאוס, אל האירוח. יתרה מזאת, כל המשלחת נשלחה כדי לנקום בשם זאוס, על חטיפת הלנה בעת האירוח בבית מנלאוס. זה ה"עול" למי שיש לו כוח והמקהלה מציינת את חוסר האונים של אגממנון. ברגע שאגממנון ביצע בחירה, הוא הפך לפושע. זהו ביטוי לתפיסה הדתית הטרגית לפיה גם כשאתה עושה את מה שאתה צריך לעשות, לעיתים מעשיך יובילו לקטסטרופה. הקללה הזו שנפלה על אגממנון לא מפסיקה בו אלא ממשיכה לאשתו, שרוצחת אותו כנקמה. היא ממשיכה גם לשיגעון בנו, שרוצח את אמו כנקמה על רצח אביו. כלומר, מבחינה דתית, אגממנון היה צריך לסרב לרצוח את בנו ולסבול מנקמה מצד זאוס.
קסנדרה קיבלה עונש מפני שלא הייתה מוכנה להיעתר לאפולו פיזית. היא קוללה - איש לא יאמין לנבואות שלה.
המקריות/המזל מאיר פנים (ευτυχία\eutuchia) למזל הרע (δυστυχία"\dustuchia") - אריסטו מתאר "מודל כפול של המהלך הטראגי" בפרק השביעי של הפואטיקה. אריסטו מסביר כי המהלך הטרגדי נע בין שני קצוות, המקריות/המזל מאיר פנים (ευτυχία\eutuchia) למזל הרע (δυστυχία"\dustuchia"). המחזה מדגים כי המקריות בחיים קשורה לאושר. בנוסף, האדם אינו יודע האם הוא נע מקוטב אחד לאחר אלא רק ברגע שבו הדבר כבר התרחש. כלומר, האדם אינו יודע מה יעלה בגורלו עד אשר הוא מגיע אליו. אומנם אגממנון מגיע כמנצח חזרה לביתו, אך מיד לאחר מכן נרצח בצורה משפילה בידי אשתו הנואפת והמאהב שלה. בסוף המחזה קליטמנסטרה נמצאת בשיאה, אך במחזה הבא ("נושאות הנסכים") יתחולל תהליך ההידרדרות שלה אל עבר המזל הרע, ובנה ירצח אותה. במחזה השלישי בטרילוגיה ("נוטות החסד") בנה כבר מתחיל "למטה", כמשוגע, אך הסוף הוא טוב, השתחררות ממעגל הקללה.
במחזה "הבכיינים" מאת חנוך לוין צוות בית חולים "כלכותה" מחליט לשעשע את שלושת החולים הגוססים השוכנים בו ולהציג בפניהם את הטרגדיה היוונית "ייסורי אגממנון ומותו", עיבוד ל"אגממנון" של אייסכילוס. הטרגדיה מתארת את חזרתו של אגממנון לאחר עשר שנים בהן שירת בחזית במלחמת טרויה יחד עם שבוית המלחמה שהפכה גם לאהובתו, קסנדרה בת מלך טרויה. קליטמנסטרה, אשתו של אגממנון נוקמת על רצח ביתה ורוצחת את בעלה ומאהבתו. כך יוצר לוין הצגה בתוך הצגה במהלכה הגוססים צופים במתרחש על ה"במה", והקהל צופה הן במחזה והן בצופים הגוססים, ובכך מקשר בין גורלות הדמויות השונות[3].