Euriarqueotas

Os euriarqueotas (Euryarchaeota) son un filo (e tamén un reino) de procariotas do dominio Archaea. É un dos grupos principais de arqueas e orixinalmente foi separado do grupo (Crenarchaeota) baseándose nas secuencias do ARNr. Son procariotas simples e abranguen un conxunto amplo e diverso de microorganismos, entre os que hai moitos extremófilos.^[1][2]

Euriarqueotas
Halobacterium sp. cepa NRC-1, cada célula mide uns 5 µm de longo.
Clasificación científica
Dominio: Archaea Reino: Euryarchaeota Filo: Euryarchaeota Woese, Kandler & Wheelis, 1990
Clases
Aciduliprofundum ♠ Reysenbach et al. 2006 'Candidatus Micrarchaeum' Baker et al. 2010 'Candidatus Parvarchaeum' Baker et al. 2010 Archaeoglobi Halobacteria Methanobacteria Methanococci Methanomicrobia Methanopyri Nanohaloarchaea (en 2013 proposto como filo separado) Thermococci Thermoplasmata
Sinonimia
Euryarchaeota Woese et al. 1990 Euryarchaeota Garrity e Holt 2002 non Euryarchaeota Cavalier-Smith 2002

Forma de vida

Podemos distinguir os seguintes grupos de Euryarchaeota segundo a súa forma de vida:

Halófilos extremos

Estes organismos (clase Halobacteria) viven en ambientes extremadamente salinos, lagos salgados, salinas, depósitos subterráneos salinos, e tamén se atopan nas superficies de alimentos moi salgados como peixes e carnes en salgadura. Outros organismos halófilos (fungos, camaróns etc) teñen concentracións salinas citoplasmáticas normais, e para mantelas deben gastar enerxía permanentemente para levaren o sal fóra da célula e a auga dentro. Estas Archaea, poden vivir a maiores concentracións salinas e teñen a vantaxe de ter a mesma concentración salina dentro das células ca fóra. Para sobreviviren necesitan solucións cun mínimo de sal do 9%, pero a maioría das especies prefiren concentracións do 12-23% e poden sobrevivir con concentracións do 32% de sal. Teñen a característica única de usar a luz como fonte de enerxía sen ter clorofila, xa que no seu lugar teñen un pigmento chamado bacteriorrodopsina (de funcionamento similar ao pigmento da retina dos ollos) que lle dá á súa membrana unha cor púrpura, e que reacciona coa luz producindo un gradiente de protóns ao longo da membrana que lles permite a síntese de ATP. Comprende uns vinte xéneros.

Metanóxenos

Este é un grupo extenso de arqueas que producen metano como parte do seu metabolismo. Comprende as clases Methanobacteria, Methanococci, Methanomicrobia e Methanopyri. Encóntranse amplamente distribuídas en sedimentos, pantanos anóxicos, lagos, fontes hidrotermais, augas residuais e tamén no rume de animais herbívoros, intestinos de cans e seres humanos e no tramo posterior do tubo dixestivo de insectos tales como térmites e carrachas. Malia a súa gran diversidade xenética, só poden usar uns poucos substratos simples, a maioría deles compostos C₁ como H₂/CO₂, metanoato, metanol ou metilamina, aínda que unha especie determinada só pode utilizar dous ou tres deles. Algúns deles tamén son hipertermófilos ou acidófilos. Comprende uns trinta xéneros.

Acidófilos extremos

É un pequeno grupo de organismos (clase Thermoplasmata) que contén aos acidófilos máis extremos coñecidos, Picrophilus, cun pH óptimo de 0,7, que pode crecer a 0,06 e morrer a valores de pH menores de 4,0. A maioría son termófilos e viven en mananciais sulfurosos e mesmo en moreas de carbón encendidas. Inclúe os xéneros Ferroplasma, Picrophilus e Thermoplasma.

Hipertermófilos

É un pequeno grupo de organismos que viven en ambientes extremadamente quentes como fontes hidrotermais, sedimentos abisais quentes e depósitos de petróleo quentes. Comprende as clases Archaeoglobi e Thermococci, e mais algúns metanóxenos e acidófilos. A temperatura óptima de crecemento é superior a 80 °C, e Pyrococcus soporta unha temperatura máxima de 105 °C. A maioría prefire un pH neutro, aínda que Thermococcus alcaliphilus ten un pH óptimo de 9,0 e un máximo de 10,5. Inclúe os xéneros Archaeoglobus, Ferroglobus, Geoglobus (clase Archaeoglobi), Palaeococcus, Pyrococcus e Thermococcus (clase Thermococci).

Planctónicos

As análises das secuencias de ARNr recollidas en mostras de auga de mar suxiren que as Archaea constitúen unha parte importante do plancto oceánico. Estas secuencias xenéticas clasificáronse en catro grupos, os dous primeiros os máis amplamente distribuídos. Os grupos II, III e IV son Euryarchaeota (o grupo I son Crenarchaeota). O grupo II é máis abondoso nas augas superficiais e está perifericamente relacionado con Thermoplasmata. Os outros dous grupos parecen ser menos abondosos. O grupo III encóntrase en augas por debaixo da zona fótica e tamén está relacionado con Thermoplasmata. O grupo IV foi descuberto polo Profesor Francisco Rodriguez-Valera e os seus colaboradores da Universidade Miguel Hernández (España). Parece que habitan nas augas profundas do océano, porque nunca se detectaron na superficie e si nas partes máis profundas da columna de auga. O grupo parece relacionado con Halobacteria.

Filoxenia

No cladograma móstrase a taxonomía actualmente aceptada do grupo baseada na LPSN (List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature) ^[3] e na base de datos do NCBI (National Center for Biotechnology Information) ^[4] e a filoxenia está baseada en datos do ARNr 16S do LTP 106 do Proxecto The All-Species Living Tree.^[5]

	?Aciduliprofundum boonei ♠ Reysenbach et al. 2006     ?'Candidatus Micrarchaeum acidiphilum' Baker et al. 2010     ?'Candidatus Parvarchaeum acidiphilum' Baker et al. 2010     ?Nanohaloarchaea ♠     Methanopyrus     Eurythermea   Thermoplasmatales     Thermococcaceae     Neobacteria     Archaeoglobaceae     Methanococcales         Methanobacteriales       Methanomicrobia     Halobacteriaceae

Notas:
♠ Cepas atopadas no NCBI pero non na LPSN.

Notas

1. See the NCBI webpage on Euryarchaeota
2. C.Michael Hogan. 2010. Archaea. eds. E.Monosson & C.Cleveland, Encyclopedia of Earth. National Council for Science and the Environment, Washington DC.
3. J.P. Euzéby. "Euryarchaeota". List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN). Arquivado dende o orixinal o 27 de xaneiro de 2013. Consultado o 2 xullo 2012.
4. Sayers; et al. "Euryarchaeota". National Center for Biotechnology Information (NCBI) taxonomy database. Consultado o 2 xullo 2012.
5. 'The All-Species Living Tree' Project."16S rRNA-based LTP release 106 (full tree)" (PDF). Silva Comprehensive Ribosomal RNA Database. Arquivado dende o orixinal (PDF) o 07 de maio de 2012. Consultado o 2 xullo 2012.

Véxase tamén

Outros artigos

• ARMAN

Ligazóns externas

• Tree of Life Euryarchaeota Arquivado 03 de abril de 2012 en Wayback Machine.

Bibliografía

Revistas científicas

• Cavalier-Smith, T (2002). "The neomuran origin of archaebacteria, the negibacterial root of the universal tree and bacterial megaclassification". Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 52 (Pt 1): 7–76. PMID 11837318.
• Stackebrandt, E; Frederiksen W, Garrity GM, Grimont PA, Kampfer P, Maiden MC, Nesme X, Rossello-Mora R, Swings J, Truper HG, Vauterin L, Ward AC, Whitman WB (2002). "Report of the ad hoc committee for the re-evaluation of the species definition in bacteriology". Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 52 (Pt 3): 1043–1047. PMID 12054223. doi:10.1099/ijs.0.02360-0.
• Christensen, H; Bisgaard M, Frederiksen W, Mutters R, Kuhnert P, Olsen JE (2001). "Is characterization of a single isolate sufficient for valid publication of a new genus or species? Proposal to modify recommendation 30b of the Bacteriological Code (1990 Revision)". Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 51 (Pt 6): 2221–2225. PMID 11760965. doi:10.1099/00207713-51-6-2221.
• Gurtler, V; Mayall BC (2001). "Genomic approaches to typing, taxonomy and evolution of bacterial isolates". Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 51 (Pt 1): 3–16. PMID 11211268.
• Dalevi, D; Hugenholtz P, Blackall LL (2001). "A multiple-outgroup approach to resolving division-level phylogenetic relationships using 16S rDNA data". Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 51 (Pt 2): 385–391. PMID 11321083.
• Keswani, J; Whitman WB (2001). "Relationship of 16S rRNA sequence similarity to DNA hybridization in prokaryotes". Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 51 (Pt 2): 667–678. PMID 11321113.
• Young, JM (2001). "Implications of alternative classifications and horizontal gene transfer for bacterial taxonomy". Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 51 (Pt 3): 945–953. PMID 11411719. doi:10.1099/00207713-51-3-945.
• Christensen, H; Angen O, Mutters R, Olsen JE, Bisgaard M (2000). "DNA-DNA hybridization determined in micro-wells using covalent attachment of DNA". Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 50 (3): 1095–1102. PMID 10843050. doi:10.1099/00207713-50-3-1095.
• Xu, HX; Kawamura Y, Li N, Zhao L, Li TM, Li ZY, Shu S, Ezaki T (2000). "A rapid method for determining the G+C content of bacterial chromosomes by monitoring fluorescence intensity during DNA denaturation in a capillary tube". Int. J. Syst.Evol. Microbiol. 50 (4): 1463–1469. PMID 10939651. doi:10.1099/00207713-50-4-1463.
• Young, JM (2000). "Suggestions for avoiding on-going confusion from the Bacteriological Code". Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 50 (4): 1687–1689. PMID 10939677. doi:10.1099/00207713-50-4-1687.
• Hansmann, S; Martin W (2000). "Phylogeny of 33 ribosomal and six other proteins encoded in an ancient gene cluster that is conserved across prokaryotic genomes: influence of excluding poorly alignable sites from analysis". Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 50 (4): 1655–1663. PMID 10939673. doi:10.1099/00207713-50-4-1655.
• Tindall, BJ (1999). "Proposal to change the Rule governing the designation of type strains deposited under culture collection numbers allocated for patent purposes". Int. J. Syst. Bacteriol. 49 (3): 1317–1319. PMID 10490293. doi:10.1099/00207713-49-3-1317.
• Tindall, BJ (1999). "Proposal to change Rule 18a, Rule 18f and Rule 30 to limit the retroactive consequences of changes accepted by the ICSB". Int. J. Syst. Bacteriol. 49 (3): 1321–1322. PMID 10425797. doi:10.1099/00207713-49-3-1321.
• Tindall, BJ (1999). "Misunderstanding the Bacteriological Code". Int. J. Syst. Bacteriol. 49 (3): 1313–1316. PMID 10425796. doi:10.1099/00207713-49-3-1313.
• Tindall, BJ (1999). "Proposals to update and make changes to the Bacteriological Code". Int. J. Syst. Bacteriol. 49 (3): 1309–1312. PMID 10425795. doi:10.1099/00207713-49-3-1309.
• Palys, T; Nakamura LK, Cohan FM (1997). "Discovery and classification of ecological diversity in the bacterial world: the role of DNA sequence data". Int. J. Syst. Bacteriol. 47 (4): 1145–1156. PMID 9336922. doi:10.1099/00207713-47-4-1145.
• Euzeby, JP (1997). "List of Bacterial Names with Standing in Nomenclature: a folder available on the Internet". Int. J. Syst. Bacteriol. 47 (2): 590–592. PMID 9103655. doi:10.1099/00207713-47-2-590.
• Clayton, RA; Sutton G, Hinkle PS Jr, Bult C, Fields C (1995). "Intraspecific variation in small-subunit rRNA sequences in GenBank: why single sequences may not adequately represent prokaryotic taxa". Int. J. Syst. Bacteriol. 45 (3): 595–599. PMID 8590690. doi:10.1099/00207713-45-3-595.
• Murray, RG; Schleifer KH (1994). "Taxonomic notes: a proposal for recording the properties of putative taxa of procaryotes". Int. J. Syst. Bacteriol. 44 (1): 174–176. PMID 8123559. doi:10.1099/00207713-44-1-174.
• Winker, S; Woese CR (1991). "A definition of the domains Archaea, Bacteria and Eucarya in terms of small subunit ribosomal RNA characteristics". Syst. Appl. Microbiol. 14 (4): 305–310. PMID 11540071.
• Woese, CR; Kandler O, Wheelis ML (1990). "Towards a natural system of organisms: proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya". Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87 (12): 4576–4579. Bibcode:1990PNAS...87.4576W. PMC 54159. PMID 2112744. doi:10.1073/pnas.87.12.4576.
• Achenbach-Richter, L; Woese CR (1988). "The ribosomal gene spacer region in archaebacteria". Syst. Appl. Microbiol. 10: 211–214. PMID 11542149.
• McGill, TJ; Jurka J, Sobieski JM, Pickett MH, Woese CR, Fox GE (1986). "Characteristic archaebacterial 16S rRNA oligonucleotides". Syst. Appl. Microbiol. 7 (2–3): 194–197. PMID 11542064. doi:10.1016/S0723-2020(86)80005-4.
• Woese, CR; Olsen GJ (1984). "The phylogenetic relationships of three sulfur dependent archaebacteria". Syst. Appl. Microbiol. 5: 97–105. PMID 11541975. doi:10.1016/S0723-2020(84)80054-5.
• Woese, CR; Fox GE (1977). "Phylogenetic structure of the prokaryotic domain: the primary kingdoms". Proc. Natl. Acad. Sci. USA 74 (11): 5088–5090. Bibcode:1977PNAS...74.5088W. PMC 432104. PMID 270744. doi:10.1073/pnas.74.11.5088.

Libros

• Garrity GM, Holt JG (2001). "Phylum AII. Euryarchaeota phy. nov.". En DR Boone and RW Castenholz, eds. Bergey's Manual of Systematic Bacteriology Volume 1: The Archaea and the deeply branching and phototrophic Bacteria (2nd ed.). New York: Springer Verlag. p. 169. ISBN 978-0-387-98771-2.