Il est professeur d'histoire dans l'enseignement secondaire de 1981 à 1989[3]. Il soutient une thèse de doctorat intitulée Les protestants du Poitou au XVIIIesiècle (1681-1789) sous la direction de Jean Delumeau, en 1993, à l'université Paris-I. En 1989, il est nommé maître de conférences en histoire moderne à l'université catholique de Lyon puis, à partir de 1998, à l'université Jean-Moulin-Lyon-III.
Il présente en 2000 un mémoire d'habilitation universitaire, intitulé Christianisme et société; Protestants et catholiques français, XVIIe – XVIIIesiècles[4]. Il est promu professeur d'histoire moderne en 2004 à l'université Lyon-III. Il est professeur émérite[5].
Il travaille principalement sur l'histoire religieuse de la France moderne, notamment sur la spiritualité du XVIIesiècle et sur le protestantisme.
Ouvrages
(édition scientifique) Journal de Jean Migault ou malheurs d'une famille protestante du Poitou victime de la révocation de l'édit de Nantes (1682-1689), Paris, Les Éditions de Paris, 1995, 171p.
Histoire de l'Église et Théologie, Lyon, Profac, 1996, 173p.
Les protestants du Poitou au XVIIIesiècle (1681-1789), Paris, H. Champion, 1998, 521p.
L'école française de spiritualité: des mystiques, des fondateurs, des courants et leurs interprètes, Paris, Cerf, 1998, 660p.
Du Jansénisme à la secte: vie de Monsieur Claude Germain, curé de Lacenas (1750-1831), Paris, Publisud, 1998, 128p.
Des protestants au siècle des Lumières: le modèle lyonnais, Paris, H. Champion, 2002, 358p.
La Guerre de Trente Ans, Paris, Ellipses, 2008, 205p.
Calvin: au-delà des légendes, Paris, Bayard, 2009, 607p.[6],[7]
(dir.) Religieux et religieuses pendant la Révolution (1770-1820), Actes du colloque de la faculté de théologie de l'université catholique de Lyon (15-), Lyon, Profac, 1995, 2 t, 1995, 312 et 276p.
(dir.) L’anticléricalisme intra-protestant en Europe continentale (XVIIe – XVIIIesiècles), Lyon, Institut d’histoire du christianisme, 2003, 128p.
(dir.) Sciences humaines, foi et religion, Paris, Classiques Garnier, 2018, 240p.
(coll.) avec Laurent Thirouin, Les écoles de pensée religieuse à l’époque moderne, Actes de la journée d’études de Lyon (), Lyon, équipe RESEA, Chrétiens et Sociétés, Documents et Mémoires no5, 2006, 205p.
(dir.) Dictionnaire des pasteurs de la France du XVIIIesiècle, Paris, H. Champion, 2008, 464p.
(co-dir.) avec Didier Boisson, La coexistence confessionnelle à l'épreuve: étude sur les relations entre protestants et catholiques dans la France moderne, Lyon, équipe RESEA, Chrétiens et Sociétés, Documents et Mémoires no9, 2009, 261 p.
(dir.) Entre calvinistes et catholiques: les relations religieuses entre la France et les Pays-Bas du Nord (XVIe – XVIIIesiècle), Rennes, Presses universitaires de Rennes, 2010, 423p.
(co-dir.) avec Didier Boisson, «Les pasteurs et leurs écrits», dossier, Bulletin de la Société de l’histoire du protestantisme français, t. 156, janvier-mars 2010, p.7-156.
(coll.) avec Didier Boisson, direction de Justice et protestantisme, Lyon, Chrétiens et Sociétés. Documents et Mémoires n° 14, 2011, 187p.
(dir.) «Le calvinisme et les arts», Chrétiens et Sociétés XVIe – XXIesiècles, numéro spécial no1, 2011, 227 p.
(coll.) avec Marie-Frédérique Pellegrin et Jean-Louis Quantin, direction de L’Oratoire de Jésus. 400 ans d’histoire en France ( – ), Paris, Cerf-histoire, 2013, 190p.
(co-dir.) avec Gilles Deregnaucourt, Philippe Martin et Frédéric Meyer, Dorsale catholique, Jansénisme, Dévotions: XVIe – XVIIIesiècles. Mythe, réalité, actualité historiographique, Paris, Riveneuve-éditions, 2014, 467p.
(co-dir.) avec Boris Noguès, Protestantisme et éducation dans la France moderne, Lyon, Chrétiens et Sociétés. Documents et Mémoires n° 24, 2014, 283p.[8]
(co-dir.) avec Olivier Christin, Les Protestants à l’époque moderne. Une approche anthropologique, Rennes, Presses Universitaires de Rennes, 2017, 616p.
(dir.) Sciences humaines, foi et religion, Paris, Classiques Garnier, 2018, 240p.
(coll.) avec Philippe Martin, direction de Jésuites et protestantisme XVIe – XVIIesiècles, Lyon, Chrétiens et Sociétés. Documents et Mémoires n° 37, 2019, 360p.
(co-dir.) avec Noémie Recous, Le Protestant et l’hétérodoxe. Entre Églises et États (XVIe – XVIIesiècle), Paris, Classiques Garnier, 2019, 357p.
Avec Michel Barlow, Olivier Chareire et Yves Grellier, Rue Lanterne: deux siècles de protestantisme au cœur de Lyon (1832-2022), Lyon, Olivétan, 2023 (ISBN978-2-3547-9620-4).
Denis Crouzet, «"Calvin au-delà des légendes", d'Yves Krumenacker: le "disciple de l'Evangile" sous toutes ses facettes», Le Monde, (lire en ligne, consulté le )
Roland J. Campiche, «Yves Krumenacker, Boris Noguès (éd.), Protestantisme et éducation dans la France moderne», Archives de sciences sociales des religions, no176, , p.342 (ISSN0335-5985, DOI10.4000/assr.28283, lire en ligne, consulté le )
