De récentes études de phylogénie moléculaire suggèrent que ce groupe est monophylétique et se situe à la base de la division des Ascomycota[2],[3].
Il s'agit d'un groupe d'ascomycètes primitifs, constitué de quatre classes[4]:
Les Schizosaccharomycetes sont des levures qui se reproduisent par fission alors que la plupart des autres levures (essentiellement dans la sous-division des Saccharomycotina) se reproduisent par bourgeonnement.
Les Pneumocystidomycetes sont des parasites de mammifères dont on ne connait qu'un seul genre: Pneumocystis.
Les Neolectomycetes sont les seuls à former des structures reproductrices pluricellulaires. La classe ne comprend qu'un seul genre: Neolecta.
Les Taphrinomycetes sont des parasites de plantes dimorphiques, ils présentent un stade levure non parasite et un stade filamenteux (hyphal) dans les plantes infectées.
Le genreSaitoella n'était rattaché à aucune de ces classes en 2007[4], en 2014 il est considéré comme pouvant être inclus dans les Taphrinomycetes[5],[6].
(en) Lutzoni, F., et al., «Assembling the fungal tree of life: progress, classification, and evolution of subcellular traits», Amer. J. Bot., vol.91, , p.1446–1480 (DOI10.3732/ajb.91.10.1446)
(en) James, T.Y., et al., «Reconstructing the early evolution of Fungi using a six-gene phylogeny», Nature, vol.443, , p.818–822 (PMID17051209, DOI10.1038/nature05110)
Cletus P. Kurtzman et Christie J. Robnett, «Saitoella coloradoensis sp. nov., a new species of the Ascomycota, subphylum Taphrinomycotina.», Antonie van Leeuwenhoek, (DOI10.1007/s10482-011-9694-7)