Après la mort de Raphaël, Raffaellino travaille sous les ordres de Giulio Romano dans la Sala di Constantino du Vatican.
Après le sac de Rome de 1527, comme beaucoup de peintres de l'atelier de Romano et de la communauté artistique, lui et d'autres artistes se dispersent dans toute l'Italie, la plupart retournant dans leur ville d'origine. Rafaellino va à Città di Castello, en Ombrie, petite ville proche de son lieu de naissance, où il peint plusieurs retables pour les églises locales, qui sont maintenant dans les musées locaux. Il travailla également à Borgo Sansepolcro, près de sa ville natale.
Martyre de Saint Sébastien, fresque, Pieve Santa Maria, Pietralunga,
Sacra Famiglia con Sant’Elisabetta e San Giovannino, huile sur bois, 118 × 92 cm,
Tête De Femme,
Adorazione dei pastori (1539-1540), retable 245 × 170 cm, église san Pietro, chapelle saint Benoît, Gubbio,
San Benedetto accoglie il suo allievo san Mauro presentato dal padre, fresque, église san Pietro, Gubbio,
San Bernardo e il miracolo della lattazione e matrimonio mistico di santa Caterina da Siena, retable, 134 × 106,5 cm, Statens Museum for Kunst, Danemark,
Resurrezione di Cristo, predelle, Princeton University Art Museum, Princeton,
Madonna con Bambino e san Giovannino, peinture, Musée des beaux-arts, Dijon,
Madonna con Bambino e san Giovannino, The Walters Art Museum, Baltimore,
Madonna con Bambino e san Giovannino, Galleria Borghese, Rome,
Sant'Agostino, san Domenico e san Francesco d'Assisi in adorazione della Madonna con Bambino in gloria tra san Giacomo Maggiore e san Filippo (1563), retable, Oratorio della Confraternita Disciplinata di San Agostino, Pérouse,