En 2009, elle crée la revue Nyctalope avec Simon Roussin et Matthias Malingrëy.
En 2011, elle publie son projet d'étude, L'homme en pièces, un recueil d'histoires sans paroles, des scènes aux ambiances décalées et poétiques[5]. En 2013, elle raconte, dans La Tendresse des pierres, la maladie et la mort de son père. En 2014, avec Les Coquins, elle aborde «les rapports entre hommes et femmes à travers des jeux d’associations et des métamorphoses tantôt gourmandes, tantôt sportives, sinon animales»[6],[7]. En 2018, elle édite une comédie musicale sous forme de bande dessinée Les Amours suspendues[8], où elle aborde la question de la fidélité dans le couple[9],[10],[11]. En 2020, son livre Les Petits questionne la parentalité.
En 2022, avec la complicité du comédien Louis Zampa, elle adapte son univers à la scène: Des gens dans les gens est présenté pour la première fois en 2022 à la Maison de la Poésie, à Paris.
En 2024, Marion Fayolle publie son premier roman Du même bois (Gallimard).
Marion Fayolle est trois fois lauréate du concours «Jeunes talents» lors du Festival international de la bande dessinée d'Angoulême. En 2014, son quatrième ouvrage La Tendresse des pierres fait partie de la sélection officielle du festival[12]. En 2018, Marion Fayolle est lauréate du prix spécial du jury du Festival d'Angoulême avec Les Amours suspendues[2],[13]. En 2024, elle fait partie des cinq finalistes du Prix des Libraires 2024[14].
Odile Morain, «Rencontre avec Marion Fayolle, Prix spécial du Jury au festival d'Angoulême 2018», Culturebox - Franceinfo, (lire en ligne, consulté le )