La liste des différents dirigeants de l'abbaye s'appuie sur la Lettres sur la vérité du martyre de Saint-Maurice et de sa légion[1], les travaux du chanoine Léon Dupont Lachenal (1900-1990), président de la Société d'histoire du Valais romand, ainsi que les annales de l'abbaye.
1020 — †: prévôtBourcard (II) dit d'Aoste, Humbertien, fils du comte Humbert, dit neveu de Bourcard (I) et d'Anselme (I), fait évêque d'Aoste, puis archevêque de Lyon après son oncle Bourcard (I);
1260 — †: abbé Girard I (Girold), il meurt à Lyon en 1274;
1275 — †: abbé Pierre Ier de St-Sigismond, nommé par le pape Grégoire X, il meurt le .
1286 — †: abbé Girard II, chanoine régulier de Troyes, il meurt le ;
1292 — †: abbé Jacques d'Ayent, il meurt le ;
1313 — 1347: abbé Barthélemy Ier, de Suse (Piémont), il se serait retiré en 1343;
1348 — †: abbé Barthélemy II Justi (Giusti) de Suse (Piémont);
1356 — †: abbé Jean Ier Bartholomaei, de Suse (Piémont), il meurt le ;
1376 — †: Girard II Bernardi, de Vevey (Vaud), il meurt le ;
1378 — †: Jean II Garretti, de Sembrancher (Valais), il meurt le ;
1411 — †: Jean III Sostionis (Sostion), de Saint-Maurice (Valais), il meurt le ;
1428 — †: Guillaume III de Billens (Villieni, Villien), très probablement originaire de Tarentaise;
1434 — 1438: Pierre II Fournier de Marcossey (Fornezi, Forneri), de Cluses (Faucigny);
1438 — †: Michel Bernardi d'Allinges;
1458 — †: Barthélemy III Bouvier (Boveri) de Villeneuve (Vaud), il meurt le ;
1463 — 1496: Guillaume IV Bernardi d'Allinges, de Vouvry (Valais), il se retire en 1496 et meurt l'année suivante;
1496 — †: Jean IV Bernardi d'Allinges, neveu du précédent, il meurt le ;
152l — †: Augustin Trivulzio, originaire de Milan, fait cardinal et nommé par Rome abbé commendataire au cours de l'année 1521 mais il ne fut jamais reçu;
1521 — †: Barthélemy IV Sostionis, de Saint-Maurice (Valais), il meurt en 1550;
1550: le Chapitre élit Rodolphe Bouvier (Boveri), de Villeneuve (Vaud), mais ce dernier n'est pas maintenu;
1550 — †: Jean V Mites (Ritter) de Loëche, il meurt le ;
1572 — †: Martin II de Plastro (Duplâtre), originaire de Bresse, il meurt de la peste le ;
1587 — 1604: Adrien de Riedmatten, chanoine, grand doyen et vicaire général de l'évêché de Sion, abbé commendataire imposé par Sion, devenu par la suite évêque;
1604 — †: Pierre III, Aimé Du Nant, seigneur de Grilly, d'Évian et St-Gingolph, chanoine de Sion, il meurt le .
1618 — †: Georges Ier de Quartéry, de Saint-Maurice (Valais), chanoine de Sion, il meurt le .
1640 — †: Pierre VI, Maurice Odet, de Saint-Maurice, il meurt le ;
1657 — †: Jean VI, Jodoc de Quartéry, de Saint-Maurice, chanoine et prieur de Sion, il meurt le ;
1669 — †: Joseph Ier, Tobie Franc, de Saint-Maurice, il refuse le siège de Lausanne, il meurt le ;
1686 — †: Pierre V, François Odet, de Saint-Maurice, il meurt le ;
1698 — †: Nicolas Ier Zurthaunen, de Fribourg, il meurt à Fribourg le ;
1704 — †: Nicolas II, François Camonis (Camanis), de Saint-Maurice, il meurt le .
17I5 — †: François Ier, de Fago, de Saint-Maurice, il meurt le .
Abbé L.-R. Mossion, Lettres sur la vérité du Martyre de Saint Maurice et de sa Légion, écrites des lieux mêmes témoins de ce Martyre, à un Jeune Angevin, Imp. Launay-Gagnot, , 312p. (lire en ligne).
Section I: Archevêchés et Évêchés. Volume 5: Archidiocèses et diocèses V. Le diocèse de Sion. L'archidiocèse de Tarentaise, rédaction Patrick Braun, Brigitte Degler-Spengler, Elsanne Gilomen-Schenkel, Basel, 2001.
Section IV: Les ordres suivant la Règle de saint Augustin. Volume 1: Les chanoines réguliers de Saint-Augustin en Valais, rédaction Elsanne Gilomen-Schenkel, Gilbert Coutaz, Germain Hausmannn, Philipp Kalbermatter, Bâle 1997, pages 281 - 480
Léon Dupont Lachenal, «Les abbés de St-Maurice d'Agaune», Les Échos de Saint-Maurice, not. 31, , p.239-277 (lire en ligne[PDF])
Léon Dupont Lachenal, «Les prieurs de l'Abbaye de SaintMaurice», Les Échos de Saint-Maurice, not. 39, , p.9-23 (lire en ligne[PDF])
Léon Dupont Lachenal (version numérique Abbaye de Saint-Maurice 2012), «Les abbés de St-Maurice d'Agaune», Les Échos de Saint-Maurice, not. 42, , p.84-88 (lire en ligne[PDF])