Sa formation reste inconnue. Il se rend en Italie en 1596, à Rome et à Florence, avant de revenir à Bourges en 1600. Ce séjour lui permet de se familiariser avec les mouvements anti-maniéristes, qui feront naître en lui un style tout à la fois naturaliste et classicisant. Il visite Fontainebleau en 1602, et y réalise des dessins d'après Raphaël.
Il se fixe définitivement à Bourges en 1604. Il reçoit alors plusieurs commandes, dont une série de portraits de Henri IV pour la ville de Bourges en 1605, ainsi que des décors (aujourd'hui disparus) pour le château de Montrond en 1606. Vite célèbre à Bourges, il achète la maison de la Tournelle, près de la cathédrale. Son atelier est attesté en 1621, et il y reçoit le jeune Pierre Mignard, dont il devient le premier maître. Il semble avoir eu une grande activité à la fin de sa vie (plusieurs toiles, projets pour les entrées du prince de Condé à Bourges en 1621, et de Louis XIII en 1622), mais l'année de sa mort est assez pauvre (peut-être souffrait-il de maladie?), on note ainsi un Amour vainqueur (Bourges, musée de Berry).
Son style, plat et assez sec, se teinte parfois de naturalisme. Il semble avoir eu un goût pour la monumentalité, peut-être dû au fait que l'essentiel de son œuvre se compose de commandes religieuses. Ses dessins, remarquables, montrent un talent pour l'étude du nu.
Il sera inhumé dans l'église Saint-Bonnet de Bourges en 1632.
Satyre et bacchante, sanguine et craie sur papier beige. H, 0,170; L. 0,216 m[3]. Beaux-Arts de Paris. Ce dessin est signé et daté boucher Me fecit Romae / 1600. Le sujet est à rapprocher d'un groupe sculpté, dont l'original est vraisemblablement une œuvre d'Héliodore de Rhodes et dont des copies se trouvaient dans les collections Cesi et Farnèse de Rome. Ce dessin témoigne de la méthode de travail de l'artiste qui prend beaucoup de libertés avec son modèle et de son goût, marqué par les maniéristes[4].
Brugerolles, Emmanuelle, Le Dessin en France au XVIIe siècle dans les collections de l’Ecole des Beaux-Arts, Paris, Ecole nationale supérieure des beaux-arts éditions, 2001, p. 16-20, Cat. 1.
Jacques Thuillier (dir.), Jean Boucher, cat. exp., Bourges, musée du Berry, Angers, musée des beaux-arts, 1988. 288 p.
Arnauld Brejon de Lavergnée, «La prima generazione dei pittori francesi a Roma: Jean Boucher, Horace Le Blanc, Guy François e Valentin de Boulogne», dans Rossella Vodret (dir.), Roma al tempo di Caravaggio (1600-1630), cat. exp. Rome, Museo Nazionale di Palazzo Venezia, Saloni Monumentali, 16 novembre 2011-5 février 2012, Milan, Skira, 2012, vol.I, p.381-391.