Sociologie du protestantisme, Presses Universitaires de France, 2005
Enseigner les faits religieux, quels enjeux? (éd. avec Dominique Borne), Paris, Armand Colin, 2007.
Le retour du religieux dans la sphère publique. Vers une laïcité de reconnaissance et de dialogue, Lyon, Éditions Olivétan, 2008.
Religionskontroversen in Frankreich und Deutschland, Matthias Koenig/Jean-Paul Willaime Hg., Hamburg, Hamburger Édition, 2008.
Lumières, Religions, Laïcité (sous la direction de Louis Châtellier, Claude Langlois & Jean-Paul Willaime), Paris, Riveneuve éditions, 2009.
Les jeunes, l’école et la religion (sous la direction de Céline Béraud et Jean-Paul Willaime), Paris, Bayard, 2009.
Pluralisme religieux et citoyenneté (sous la direction de Micheline Milot, Philippe Portier et Jean-Paul Willaime), Rennes, Presses Universitaires de Rennes, 2010.
avec Philippe Portier, La Religion dans la France contemporaine, Armand Colin, 2021.
Articles
«L’approche sociologique des faits religieux», in «Les Actes de la DESC0», Religions et Modernité, Actes de l’Université d’Automne organisé à Guebwiller les 27-, Paris, ministère de la Jeunesse, de l’Éducation et de la Recherche, Programme national de pilotage, Direction de l’Enseignement Scolaire, Scérén, CRDP, Académie de Versailles, 2004
«La sécularisation: une exception européenne? Retour sur un concept et sa discussion en sociologie des religions», Revue Française de Sociologie, 2006, 47-4, p.755–783.
«L’évolution de la place du religieux dans la société», Cahiers français no340, septembre-, p.3–7.
«De l’édifice cultuel au centre religieux plurifonctionnel: les mutations contemporaines des fonctions et représentations du lieu de culte», in Les lieux de culte en France et en Europe. Statuts, Pratiques, Fonctions (Magalie Flores-Lonjou, Francis Messner Editors), Leuven-Paris-Dudley Ma, Peeters, 2007 (Law and Religious Studies 3), p.39–54.
«Hérésie et pluralisme dans l’Europe du XXIe siècle», in Michel Servet (1511-1553). Hérésie et pluralisme du XVIe au XXIesiècle. Actes du colloque de l’École Pratique des Hautes Études, 11-, réunis par Valentine Zuber, Paris, Honoré Champion, 2007, p.307–318.
«La religion, un lien social articulé au don», in La société vue du don. Manuel de sociologie anti-utilitariste appliquée (sous la direction de Philippe Chanial), Paris, La Découverte, 2008, p.461–478.
«Les reconfigurations de la religion et de sa critique dans l’ultramodernité contemporaine» in Tackling blasphemy, insult and hatred in a democratic society/Blasphème, injure et haine: la réponse de la société démocratique, Strasbourg, Commission de Venise/Conseil de l’Europe, 2008, p.313–321.