Il a consacré une partie importante de ses travaux à la vie et à la pensée du philosophe Pierre Bayle (1647-1706)[6] ainsi qu'à la vie et à l'œuvre de l'homme de lettres La Beaumelle (1726-1773), dont il a édité la Correspondance[7] avec Claude Lauriol et Hubert Angliviel de La Beaumelle. Il aborde la question des rapports entre le protestantisme et la culture du point de vue de l'articulation entre la croyance et la pensée. Cette approche implique de prêter une attention particulière aux questions herméneutiques – statut et interprétation des textes bibliques, pratiques de lecture, d'écriture et d'édition –, aux questions philosophiques – place de la raison dans la réflexion sur la foi, fonctions de la critique et du doute dans le discours religieux, circulation européenne des idées et rôle du Refuge huguenot – et aux questions politiques – statut des Églises vis-à-vis des pouvoirs, questions de la tolérance civile et de la liberté de conscience dans des périodes de persécution et de clandestinité («Églises du Désert»). Il travaille donc sur les grands courants de doctrine et de pensée de l'époque moderne, mais s'intéresse aussi à des sources longtemps jugées secondaires, notamment les sermons et les écrits de spiritualité, les périodiques savants ou non et différents corpus épistolaires.
Parallèlement à l’édition de la Correspondance générale de La Beaumelle dont il a résumé l’entreprise éditoriale[8], Hubert Bost a consacré différentes études à des sujets tels que la «conversion» du jeune La Beaumelle au protestantisme après son long passage au collège catholique d’Alès, puis sa formation à Genève[9]; sa collaboration avec les dames de Saint-Cyr dans le cadre de son projet d’édition des Lettres et «Mémoires» de Madame de Maintenon[10]; de retour en Languedoc, son engagement militant en faveur de ses coreligionnaires [11] et son implication discrète à Toulouse durant l’affaire Calas [12]; ce fort engagement confessionnel ne l’empêchant pas de faire des concessions aux lois du royaume où seule la religion catholique est autorisée[13]. H. Bost a également coédité avec Claude Lauriol l’ensemble des textes de La Beaumelle contre Voltaire, notamment ses éditions annotées du Siècle de Louis XIV et de La Henriade[14].
Ouvrages
Babel. Du texte au symbole, Genève, Labor et Fides, .
Pierre Bayle et la religion, Paris, PUF,, .
Un «intellectuel» avant la lettre: le journaliste Pierre Bayle. L'actualité religieuse dans les Nouvelles de la République des Lettres (1684-1687), Amsterdam/Maarssen, APA/Holland University Press, .
Théologie et histoire. Au croisement des discours, Paris/Genève, Cerf/Labor et Fides, .
Protestantisme, (Dossiers de l'Encyclopédie du protestantisme), Genève, Labor et Fides, 2000 (en collaboration avec Jean Baubérot).
Ces Messieurs de la R.P.R. Histoires et écritures de huguenots, XVIIe-XVIIIe siècles, Paris, Champion, .
Pierre Bayle, Paris, Fayard, . Ouvrage couronné par le Prix XVIIesiècle.
Pierre Bayle historien, critique et moraliste, Turnhout, Brepols, .
Bayle et la «normalité» religieuse, Presses de l'Université Laval, .
Bayle calviniste libertin, Paris, Champion, .
Collectifs et direction d'ouvrages
Genèse et enjeux de la laïcité, (Le Champ éthique), Genève: Labor et Fides, 1990.
Entre Désert et Europe, le pasteur Antoine Court (1695-1760), (Vie des huguenots 3), Paris: Champion, 1998 (en collaboration avec C. Lauriol).
«Port-Royal et les protestants». Actes du colloque de Montpellier, Chroniques de Port-Royal 47, Paris Bibliothèque Mazarine, 1998 (en collaboration avec C. Belin, C. Lauriol, A. McKenna et L. Thirouin).
Pierre Bayle, citoyen du monde. De l'enfant du Carla à l'auteur du «Dictionnaire», (Vie des huguenots 4), Paris: Champion, 1999 (en collaboration avec Ph. de Robert).
Refuge et Désert. L'évolution théologique des huguenots de la Révocation à la Révolution française, (Vie des huguenots 28), Paris: Champion, 2003 (en collaboration avec C. Lauriol).
Bayle historien et critique de la philosophie. Actes du colloque de Belo Horizonte, 22-. Kriterion, Revista da Faculdade de Filosofia da Universidade de Minas Gerais 120 (2009) (en collaboration avec J. Maia Neto).
Les «Éclaircissements» de Pierre Bayle. Édition des «Éclaircissements» du Dictionnaire historique et critique et études, (Vie des huguenots 53), Paris: Champion, 2010 (en collaboration avec A. McKenna).
Le Rayonnement de Bayle, (SVEC 2010:06), Oxford: Voltaire Foundation, 2010 (en collaboration avec Ph. de Robert et C. Pailhès).
Énoncer / dénoncer l'autre. Discours et représentations du différend confessionnel à l'époque moderne, (Bibliothèque de l'École des Hautes Études – Sciences religieuses 151), Turnhout: Brepols, 2012 (en collaboration avec C. Bernat).
Éditions de textes ou de sources
En codirection avec Claude Lauriol et Hubert Angliviel de La Beaumelle, Correspondance générale de La Beaumelle (1726-1773), Oxford, Voltaire Foundation (18 tomes):
t. I: 1726-1747 (2005)
t. II: – (2006)
t. III: – (2007)
t. IV: – (2008)
t. V: – (2009)
t. VI: – (2010)
t. VII: – (2011)
t. VIII: – (2012)
t. IX: – fin (2013)
t. X: – (2014)
t. XI: janvier – (2015)
t. XII: – (2016)
t. XIII: – (2017)
t. XIV: – (2018)
t. XV: – (2019)
t. XVI: – (2021)
t. XVII: – (2022)
t. XVIII: – (2024).
Les t. XVI à XVIII ont été publiés aux éditions Champion (Paris). Cette édition a reçu le prix Édouard-Bonnefous de l'Institut de France en 2013.
En collaboration avec E. Labrousse, A. McKenna et al.: Correspondance de Pierre Bayle, Oxford: Voltaire Foundation (15 tomes prévus): t. II: – (2001); t. III: – fin 1683 (2004); t. IV: janvier – (2005); t. V: – (2007); t. VI: – fin (2008); t. VII: – (2009); t. VIII: – (2010); t. IX: – (2012); t. X: – (2013); t. XI: – (2014).
Pierre Bayle, Pensées diverses sur la comète, Paris: GF, 2007 (avec J. Bost).
Le consistoire de l'Église wallonne de Rotterdam, 1681-1706. Édition annotée des Actes et présentation historique, (Vie des huguenots 40), Paris: Champion, 2008.
La Beaumelle, Deux traités sur la tolérance: L'Asiatique tolérant (1748) – Requête des protestants français au roi (1763), (Vie des huguenots 61), Paris: Champion, 2012.
Court de Gébelin, Les Toulousaines (1763). Introduction et édition critique avec un dossier de correspondances relatives à la genèse, à l’élaboration et à la réception de l’ouvrage, (Vie des huguenots 97), Paris: Champion, 2023.
Document sonore
«Protestantismes et culture», Canal-U, 11 min, , en ligne.
Jean Bernier, «Quelques développements de l'historiographie sur Bayle», La Lettre clandestine 2013/21: Déismes et déistes à l'âge classique, p.305-318.
«Un point sur l’édition de la Correspondance générale de La Beaumelle», Revue d’histoire du protestantisme 2 (2017), p. 251-280; – «L’édition de la Correspondance générale de La Beaumelle: un bilan», Revue d’histoire du protestantisme 9 (2024), p. 235-262.
«La “conversion” de La Beaumelle au protestantisme», dans N. Brucker (éd.), La conversion. Expérience spirituelle, expression littéraire, Berne, Peter Lang, 2005, p. 101-117; – «Un Protestant cévenol à Genève: les réseaux de La Beaumelle étudiant en théologie (1745-1747)», dans P.-Y. Beaurepaire – J. Häseler – A. McKenna (éd.), Réseaux de correspondance à l’Âge classique (XVIe-XVIIIe siècle), Saint-Étienne, Publications de l’Université, 2006, p. 251-269
«“Madame de Louvigny est ma mère en Jésus-Christ”: La Beaumelle, le huguenot de Saint-Cyr», dans A. Dunan-Page – C. Prunier (éd.), Croire à la lettre: Religion et épistolarité dans l’espace franco-britannique (XVIIe-XVIIIe siècles), Montpellier, Presses Universitaires de la Méditerranée, 2013, p. 229-247.
«Une correspondance huguenote: la préparation du synode de 1763 par La Beaumelle et Paul Rabaut», dans P.-Y. Beaurepaire (dir.), La Plume et la toile. Pouvoirs et réseaux de correspondance dans l’Europe des Lumières, Arras: Artois Presses Université, 2002, p. 83-106; – «Un “Traité sur la tolérance” clandestin: la Requête des protestants rédigée par La Beaumelle en 1763», La Lettre clandestine 13 (2004), p. 119-138; – «La Beaumelle et la tolérance en 1763: pour une réintégration des protestants en France», dans J. Renwick (éd.), Voltaire, la tolérance et la justice, Louvain – Paris – Walpole, Peeters, 2011, p. 141-155; – «“Cette abusive dénomination de nouveaux-convertis”. La Beaumelle face à la dénégation et à la stigmatisation des protestants français sous Louis XV», dans C. Bernat – H. Bost (éd.), Énoncer / dénoncer l’autre. Discours et représentations du différend confessionnel à l’époque moderne, Turnhout, Brepols, 2012, p. 265-279. Ces études ont permis une réédition critique de l’Asiatique tolérant et la publication annotée de la Requête inédite de 1763: La Beaumelle, Deux traités sur la tolérance: L’Asiatique tolérant (1748) – Requête des protestants français au roi (1763), Paris, Champion, 2012
(avec C. Lauriol), «L’affaire Calas d’après les lettres de La Condamine à La Beaumelle», dans N. Cronk (dir.), Études sur le «Traité sur la Tolérance» de Voltaire, Oxford, Voltaire Foundation, 2000, p. 68-84; «Dans les coulisses de l’affaire Calas: La Beaumelle et Court de Gébelin avant et après Voltaire», Revue d’histoire du protestantisme 7 (2022), p. 193-230.
«La Beaumelle protestant: un singulier alliage de nicodémisme et de militance», dans J. Léonard et N. Recous (éd.), Un parcours en protestantisme. [Hommages à Yves Krumenacker] , t. II: Compagnons de route, Lyon, Chrétiens & Sociétés, 2023, p. 157-188. https://books.openedition.org/larhra/9555?lang=fr.; «La Beaumelle en “déshabillé”: quelques facettes de sa vie privée dévoilées par sa correspondance», dans M. Green – L. C. Nørgaard (éd.), Privacy in Early Modern Correspondence, Turnhout, Brepols, 2024
La Beaumelle contre Voltaire. «Il manque un tome à la Voltairomanie». Textes présentés, édités et annotés par H. Bost et C. Lauriol, Paris, Champion (à paraître en 2025).