Après ses débuts en tant que jeune chef de chœur, Hartmut Haenchen entame sa carrière à Halle comme directeur de la Robert-Franz-Singakademie et chef d'orchestre de la Philharmonie de Halle. En 1971, il remporte le premier prix du Concours de direction Carl Maria von Weber à Dresde. À la suite de cela, il devient en 1972/73 maître de chapelle de l'Orchestre de Zwickau et fait ses débuts avec Boris Godounov de Modeste Moussorgski au Staatsoper Unter den Linden Berlin , qu'il dirigera en tant que chef invité permanent jusqu'en 1986 et de 1993 à 1995. De 1973 à 1976, il dirige la Orchestre philharmonique de Dresde et parallèlement, il est chef invité permanent du Semperoper de Dresde. Tout comme Kurt Masur et Klaus Tennstedt, il assure la fonction de directeur musical de la Mecklenburgische Staatskapelle et du Staatstheater de Schwerin de 1976 à 1979. Il est invité régulièrement à l'Opéra-Comique de Berlin de 1980 à 1996.
En 1980, il est nommé directeur artistique de l'Orchestre de Chambre Carl Philipp Emanuel Bach à Berlin. Avec cette formation, qui compte parmi les orchestres de chambre les plus éminents, il réalise maintes tournées, des enregistrements pour la télévision et de nombreux enregistrements, avec lesquels il remporte plusieurs prix.
De 1986 à 1999, Hartmut Haenchen, également professeur à la Musikhochschule de Dresde pendant cette période, occupe le poste de directeur musical de l’Opéra national des Pays-Bas et de 1986 à 2002, celui de premier chef du Nederlands Philharmonisch Orkest et du Nederlands Kamerorkest. Durant cette période, il a dirigé les créations de plus de 70 productions d'opéra avec des œuvres de Bartók, Berg, Berlioz, Mozart, Puccini, Reimann, Saint-Saëns, Chostakovitch, Strauss, Verdi, Wagner et Zimmermann.
Après avoir complété le cycle du Ring pour l’Opéra d’Amsterdam, il change de fonction et devient premier chef invité. Une nouvelle production du Vaisseau fantôme de Wagner à Amsterdam sort en DVD et Blu-ray. Refusant la décision politique de réduire les budgets du l'Orchestre philharmonique des Pays-Bas (Nederlands Philharmonisch Orkest) et du Nederlands Kamerorkest, Hartmut Haenchen donne sa démission aux deux ensembles.
De nombreux prix récompensent son travail artistique. En 1984, il reçoit Kunstpreis der DDR et en 1988 le Deutscher Schallplattenpreis, il devient le premier Allemand à être nommé Chevalier dans l’Ordre du Lion néerlandais. De 1996 à 2002, il est homme libre d’Amsterdam. En 2006, il reçoit la citoyenneté néerlandaise d’honneur. En , il reçoit l’Ordre du Mérite de la République fédérale d'Allemagne. En 2018, Hartmut Haenchen a reçu le prix Richard Wagner de la Richard Wagner Foundation Leipzig.
En 2009, il reçoit le Grand prix de la critique de Paris. En 2011, le DVD Gustav Mahler Symphonie no6 lui vaut un Diapason d'or et le Grand prix de la critique 2011. Il reçoit le Prix de l'Europe francophone pour Parsifal produit à Bruxelles. Haenchen est membre de l’Académie des Arts de Saxe. En , il reçoit le doctorat honorifique de l’Université de Musique Carl Maria von Weber de Dresde[1]. Opernwelt: chef d’orchestre de l’année 2017.
En , Haenchen rejoint l'Union démocratique pour protester contre le «ton polémique et non objectif» de la lettre ouverte du membre du parti CDU Arnold Vaatz dans le cadre du différend sur la Dresdner Waldschlößchenbrücke de CDU à partir de[2].
C.Ph.E. Bach: Vier Orchestersinfonien, 1986, Capriccio 10175
Wolfgang Amadeus Mozart: Flötenkonzerte und Konzert für Flöte - Werner Tast, 1987, Eterna 7 28 022CD
Wolfgang Amadeus Mozart: Sinfonie Nr. 35 (Hafner), Sinfonie Nr. 40 g-Moll (1. Fassung), 1987, Vanguard 99012
Franz Schubert: Sinfonien Nr. 4 et Unvollendete, 1987, Vanguard Classics 99015
Wolfgang Amadeus Mozart: Marsch Nr. 1–2 KV 335, Serenade Nr. 9 D-Dur KV 320 (Posthorn), Divertimento Nr. 3 F-Dur KV 138, 1987, ARCADE 01271061
Georg Friedrich Händel: Arien - Jochen Kowalski, 1987, Eterna 3 29 099
Franz Schubert: Sinfonien Nr. 4 et Unvollendete, 1987, Vanguard Classics 99015
Wolfgang Amadeus Mozart: Sinfonie Nr. 36 (Linzer), Sinfonie Nr. 41 (Jupiter), 1987, Vanguard Classics 99014
Joseph Haydn: Sinfonien Nr. 26, 44, 49, 1988, Berlin Classics 1013-2, CD des Jahres 1993 AVRO’s Platenzaak
Christoph Willibald Gluck: Orfeo ed Euridice, 1988, Capriccio 60008-2
C.Ph.E. Bach: Magnificat und zwei Berliner Sinfonien - Věnceslava Hrubá-Freiberger, Barbara Bornemann, Peter Schreier, Olaf Bär, 1988, Berlin Classics 0110 011
Anton Bruckner, Symphonie no3, 1989, Laserlight 14002
Gustav Mahler, Symphonies nos6 et 7, 1989, Capriccio 10 643
Joseph Haydn, Symphonies nos43, 45, 59, 1989, Berlin Classics 0110 014
Joseph Haydn, Symphonies nos31, 73, 82, 1989, Berlin Classics BC 1028-2
Siegfried Matthus, Die Weise von Liebe und Tod des Cornet Christoph Rilke, 1990, BMG 74321 73543 2
Anton Bruckner, Symphonie no9, 1990, Laserlight 14138
Wolfgang Amadeus Mozart, Sinfonia concertante KV 297b et concerto pour flûte et harpe - Werner Tast und Katharina Hanstedt, 1990, Berlin Classics 0120 004
Wolfgang Amadeus Mozart, Concertone et Sinfonia concertante KV 364- Thorsten Rosenbusch, Christian Trompler et Erich Krüger, 1990, Berlin Classics 0120 003
Joseph Haydn, Symphonies nos48, 53, 85, 1990, Berlin Classics 0110 024
Ludwig van Beethoven, Symphonie no8 en fa majeur, op. 93; Antonín Dvorák, Symphonie no8 en sol majeur op. 88, 1991, Vanguard Classics 99016
Anton Bruckner, Symphonie no7, 1991, Laserlight COCO 78031
Carl Maria von Weber, Symphonie no1; Felix Mendelssohn, Symphonie no10 en si mineur; Hugo Wolf, Italienische Serenade; Richard Wagner, Siegfried-Idyll, 1991, Sony Classical SK 53109
Konzert am Preußischen Hof - Thorsten Rosenbusch, Erich Krüger, Christian Trompler, Karl-Heinz Schröter, Christine Schornsheim, Klaus Kirbach, 1991, Berlin Classics 1040-2
Joseph Haydn, Symphonies nos94, 103, 60, 1991, Berlin Classics 1027-2
Gustav Mahler, Symphonie no4, 1991, Brilliant Classics 99549-5
Peter Tchaikovski, Symphonie no5, 1991, Vanguard Classics 99017
C.P.E. Bach, Symphonie en ré majeur; Wolfgang Amadeus Mozart, Eine kleine Nachtmusik; Johann Sebastian Bach, 3e concerto brandebourgeois; Benjamin Britten, Simple Symphony; Georg Friedrich Haendel, Wassermusik, Suite no2, 1991, Sony Classical SK 4806
Giovanni Pergolesi, Stabat mater - Dennis Naseband et Jochen Kowalski, 1992, Berlin Classics BC 1047-2
Gustav Mahler – Streichquartettbearbeitungen: Ludwig van Beethoven: Streichquartett f-Moll Op. 95, Franz Schubert: Streichquartett d-Moll D 810 Der Tod und das Mädchen, 1992, Berlin Classics 0010642
Italienische und deutsche Weihnachtsmusik, 1992, Sony Classical S2K 53266
Wassermusik: Georg Friedrich Händel et Georg Philipp Telemann, 1992, Berlin Classics 1051-2
Wolfgang Amadeus Mozart, Arias de concerts - Christiane Oelze, 1993, Berlin Classics 0013252BC
Joseph Haydn, Symphonies nos22, 55, 64, 1993, Berlin Classics 0011092BC
Wilhelm Friedemann Bach, Œuvres pour orchestre, 1993, Berlin Classics B001FY2KVW
Richard Strauss, Also sprach Zarathustra, Metamorphoses, 1993, Laserlight 14281
Franz Schubert, Symphonies nos8 et 9, 1993, NedPhO 101
Pietro Locatelli, Concerti grossi op. 7, 1994, Berlin Classics 0011332BC
Johann Sebastian Bach, Cantates 35, 169, 49 - Jochen Kowalski und Raphael Alpermann, 1994, Berlin Classics 0011322BC
Johann Christian Bach, Symphonies en sol mineur, op. 6 no6; Wolfgang Amadeus Mozart, Symphonie no40, KV 550 (première version); Franz Schubert, Symphonie no5, 1995, Sony Classical SMK 93831
Franz Liszt, Eine Sinfonie zu Dantes «Divina Commedia», A la Chapelle Sixtine (Weltpremiere), 1995, Capriccio 10 736
Cellokonzerte des 18. Jahrhunderts von C.Ph.E. Bach (A-Dur), Nicola Porpora (G-Dur), Joseph Haydn (Nr. 2 D-Dur) - Jens Peter Maintz, 1996, Philips 456015-2
Gustav Mahler, Symphonies nos3 et 9, 1998, NedPhO 1016-1017
Richard Strauss, Don Juan, Tod und Verklärung, Suite de Frau ohne Schatten, 1998, NedPhO 1020
Richard Strauss, Eine Alpensinfonie, Burleske (Markus Groh), 1999, NedPhO 1021
Gustav Mahler: Sinfonie Nr. 5, 2001, SACD Pentagon PTC 5 186 004
Gustav Mahler, Symphonies nos1 et 8 «Symphonie des mille», 2002, ica ICAC 5094
Johann David Heinichen, La Gara degli Dei - Alexandra Coku, Carola Höhn, Simone Nold, Katharina Kammerloher, Carola Höhn, Annette Markert, Ralph Eschrig, Olaf Bär, 2003, Berlin Classics 0300544BC
Klassische Violinkonzerte. Werke von W.A. Mozart (Rondo C-Dur KV 373, Konzert G-Dur KV 216), M. Haydn (Konzert B-Dur), F. Schubert (Rondo A-Dur D 438) - Baiba Skride, 2004, Sony Classical 92939
Richard Wagner: Der Ring des Nibelungen, 2006, SACD Et'Cetera KTC5504
C.Ph.E. Bach, Die letzten Leiden des Erlösers - Christina Landshamer, Christiane Oelze, Anke Vondung, Maximilian Schmitt, Roman Trekel und RIAS-Kammerchor, 2014, Berlin Classics 0300575BC
Wolfgang Amadeus Mozart, Symphonies nos39, 40 et 41, 2014, Berlin Classics 0300587BC
C.P.E. Bach, Die letzten Leiden des Erlösers - Christine Schäfer, Ellen Schuring, Thomas Dewald, Roman Trekel et Hallenser Madrigalisten, 1994, DVD: EuroArts 2060808
Mozart, Divertimento en mi bémol majeur KV 113, Symphonie no41 en ut majeur «Jupiter», Concerto pour piano en ré mineur - Stefan Vladar, piano, 2005, DVD EuroArts 2055088
Mozart, Discovering Masterpieces: Symphonie Jupiter, avec introduction de Hartmut Haenchen, 2006, DVD EuroArts 2056018
Wagner, Der Ring des Nibelungen, 1999, DVD, OpusArte OA1094BD
Wagner, Der fliegende Holländer, 2010, DVD, Opus Arte 4947487
Von der Unvereinbarkeit von Macht und Liebe / Over de onverenigbaarheid van macht en liefde. Schriften mit 4 CDs, éd. DNO, (ISBN90-5082-111-1), bilingue: Hartmut Haenchen sur «Der Ring des Nibelungen» de Wagner
Gustav Mahlers fiktive Briefe. individuellement dans 14 volumes ou emboîtage, Pfau-Verlag, (ISBN978-3-89727-290-3) (germano-néerlandaise).
Collected Writings sont à l'automne 2013. sous le titre Werktreue und Interpretation («Fidélité et interprétation») dans le Pfau-Verlag, Saarbrücken erschienen (vol. 1: (ISBN978-3-89727-499-0), vol. 2: (ISBN978-3-89727-500-3), boitier des deux volumes: (ISBN978-3-89727-501-0).), 2e édition 2016.
De hemel boven Dresden (Le ciel au dessus de Dresde), documentaire néerlandais sur la vie de Hartmut Haenchens, qui reçoit la Palme d’or 2015 au festival du film de Montreux. Les auteurs en sont Paul Cohen et Martijn van Haalen[3].