1989: Flandre Air Service[3] exploite les lignes Lille - Metz et Lille - Rouen alors que Flandre Air International exploite les lignes Lille - Francfort et Metz - Francfort[4].
1991: La compagnie enregistre un chiffre d'affaires de 36,3 millions de francs dont 28 millions pour le transport à la demande et une perte de 200 000 francs[5]. Flandre Air dispose alors de 11 avions au 30 juin 1992, de 6 lignes régulières en 1991 et 7 au 1er semestre 1992 avec un effectifs de 65 personnels dont 35 personnels navigants. Le taux de remplissage des avions était de 47% pour 21 000 personnes de transportées[5]. Elle ouvrira la ligne Rennes - Lille en 1991 puis Rennes - Mulhouse à la demande de Citroën en 1992, puis Rennes - Strasbourg en 1996, suivi de Rennes - Montpellier et un projet de Rennes-Bruxelles. Elle fera de Rennes sa principale base avec 18 employés et 8 lignes au départ de l'Ouest de la France sur les 17 lignes, Brest et Lorient faisant également parties des destinations de la compagnies (Lorient - Lille, Lorient -Strasbourg - Mulhouse en 1995 en Beech 1900)[6].
1995: Flandre Air est la 6ème compagnie régionale française. Elle compte 125 salariés dont 70 navigants et dispose d'une flotte de 14 aéronefs (Beech 1900 C/D, Beech 200 et Embraer Brasilia). Elle exploite 15 lignes en pavillon propre et 7 affrétées (pour TAT uniquement)[7]. Elle affiche un chiffre d'affaires 1995 de 123 millions de francs dont 54% reparti de 54% d'affrètement de TAT, 35% en lignes propres et 6% de transport à la demande maintenance[7]. Le président est Luc Delesalle, Flandre Air est une filiale de Flandre Air Développement[7].
1997: Flandre Air est la compagnie de lancement du jetEmbraer RJ-135. La principale base de Rennes représente 35 000 passagers[8].
1998: Flandre Air signe un accord de franchise avec Air Liberté qui devient effectif à partir de .
1999: Jean-Paul Dubreuil, PDG de Regional Airlines annonce en avril qu'il s'apprête à prendre 34% du capital de Flandre Air mais l'opération n'a jamais abouti[9]. C'est Proteus Airlines qui achète la compagnie avec l'aide financière d'Air France[10]. Cette dernière travaille essentiellement pour Air France.
2000: Proteus Airlines et Flandre Air sont toutes deux regroupée sous le nom Proteus Airlines[11] et passe sous actionnariat du groupe Dubreuil et Regional Airlines[12] qui est également une compagnie dont Air France est actionnaire[10].
(en) Guillaume Burghouwt, Airline Network Development in Europe and its Implications for Airport Planning, Routledge, (ISBN978-1-317-18300-6, lire en ligne)