Sur le plan politique, il milite, dans les années 1930, dans le groupuscule secret d'extrême droite «Les Équipes», créé et dirigé par Théodore de Gallatin. Il s'est tout particulièrement engagé pour la révision de la Constitution fédérale et en 1936 il participe au «Coup du cocotier», une manipulation électorale qui visait à ne pas réélire les caciques de droite au Grand Conseil genevois[3].
Il est Conservateur des manuscrits de la Bibliothèque publique et universitaire de Genève de 1942 à 1961, chargé de cours de philosophie du droit à la Faculté de droit de l'Université de Genève de 1955 à 1960, ainsi que professeur d'histoire de l'écriture, des manuscrits et des bibliothèques à l'École de bibliothécaires de l'Institut d'études sociales de Genève dès 1957.
De 1961 à 1985 il est professeur ordinaire de technique de la recherche en histoire et dans les sciences humaines à la Faculté des lettres de l'Université de Genève, dont il est élu à cinq reprises doyen de 1962 à 1974 "et, lorsqu'il sortira de sa charge en 1974, il aura procuré à sa Faculté les crédits et les locaux dignes d'elle, et il y aura créé onze bibliothèques et trois laboratoires."[4]
Il est un des créateurs de la Fondation Martin Bodmer, dont il est membre du Conseil de Fondation dès sa création en 1971[5].
Robert Garapon, «Éloge du doyen Bernard Gagnebin, professeur à l'Université de Genève», in Séance solennelle du 4 février 1978, Université de Paris-Sorbonne, Grand Amphithéâtre de la Sorbonne, Paris, 1978, p.18.
Jean Starobinski, "Hommage à Bernard Gagnebin, chercheur et bâtisseur", Le Temps, Genève, 8 mai 1998, et "Biographie de M. Bernard Gagnebin", Littérature, histoire, linguistique: recueil d'études offert à Bernard Gagnebin, Lausanne, L'Âge d'Homme, 1973, p.13.
Michel Grandjean, "Hommage à Bernard Gagnebin", Bulletin de la Société d'histoire et d'archéologie de Genève, Genève, 1998, t. 28, p.91-93 et Littérature, histoire, linguistique: recueil d'études offert à Bernard Gagnebin, Lausanne, L'Âge d'Homme, 1973, p.14-19.
Robert Garapon, "Éloge du doyen Bernard Gagnebin, professeur à l'Université de Genève", in: Séance solennelle du 4 février 1978, Université de Paris-Sorbonne, Grand Amphithéâtre de la Sorbonne, Paris, 1978, p.17-19.
Promotion de M. le doyen Bernard Gagnebin au grade de docteur honoris causa de l'université de Strasbourg le 22 novembre 1970, in: Brochure-programme du Centre de philologie et littératures romanes, Université de Strasbourg, Strasbourg, 1971, fasc. 16, p.111-119.
Une bibliographie complète des publications de Bernard Gagnebin de 1939 à 1972 figure dans Littérature, histoire, linguistique: recueil d'études offert à Bernard Gagnebin, Lausanne, L'Âge d'Homme, 1973, p.14-19; ne sont donc données ici des publications comme auteur que celles depuis 1972.
Comme auteur
"Un manuscrit du "Mortifiement de vaine plaisance" retrouvé à Genève", in: Scriptorium, 1972, t. 26, p.51-53.
"Deux manuscrits de Montesquieu retrouvés à Genève", in: Dix-huitième siècle, Paris, No 5, 1973, p.413-416.
"Les Genevois devant la mort de Voltaire et de Rousseau", in: Revue d'histoire littéraire de la France, Paris, 1973, p.223.
"La Julie de Balzac", in: Littérature et société, Paris, Desclée de Brouwer, 1973, p.79-88.
Manuscrits et autographes français, Cologny-Genève, Fondation M. Bodmer, 1973 Collection Bibliotheca Bodmeriana, Catalogues 1.
"Une médaille d'Elisabeth de Russie offerte à Genève par Voltaire", in: Musées de Genève, mars 1974, 15eannée N.S., p.7-8.
"Le retour aux sources. Bilan de trente années de recherches en histoire littéraire", in: Annales de l'Académie des sciences morales et politiques de Paris, Paris, 1974, séance du , p.231-246.
"Un livre d'heures de l'atelier du Maître de Boucicaut ", in: Scriptorium, 1974, t. 28, p.78-79.
"Les manuscrits de Chateaubriand conservés à Genève", in: Bulletin de la Société Chateaubriand, Châtenay-Malabry, 1974, n.s., n⁰ 17, p.49-54.
"L'étrange accueil fait aux Confessions de Rousseau au XVIIIesiècle", in: Annales de la Société Jean-Jacques Rousseau, Genève, 1974, p.106-126.
"Les trouvailles antiques dans la région de Genève" (avec Renaud Gagnebin), in: Genava, t. 22, 1974, p.275-295.
"Un livre d'heures peint par Jean Colombe et son atelier", in: Musées de Genève, 1976, no 161, p.12-18.
Le Missel de Bonivard, prieur de Saint-Victor de Genève, Genève, E. et C. Braillard, 1976.
Une source capitale pour la recherche à Genève: la fondation Martin Bodmer, Cologny - Genève, Fondation Bodmer, 1976.
"Message du Doyen Bernard Gagnebin", in: Séance solennelle du , Université de Paris-Sorbonne, Grand Amphithéâtre de la Sorbonne, Paris, 1978, p.39-41.
"Un peintre de Missels à Sion au XVesiècle", in: Vallesia, Sion, 1978, t. 33, p.303-310.
"La gravure de "La malheureuse famille Calas", in: Gazette des beaux-arts, Paris, décembre 1978, tome 92, p.197-202.
"La diffusion clandestine des œuvres de Voltaire par les frères Cramer", in: Cinq siècles d'imprimerie à Genève: 1478-1978, Genève, Impr. Kundig, 1978, p.173-194. - Repris dans: Annales de l'Université de Lyon, 3e série, Lettres, Lyon, Fasc. 39, p.119-132.
"Le livre d'heures de la comtesse Blanche de Genève", in: Miscellanea codicologica F. Masai dicata, Gand, 1979, p.345-352.
"La notion d'abandon chez Rousseau", in: Rousseau selon Jean-Jacques, Université de Genève Faculté des lettres; Rome, Istituto della Enciclopedia italiana, 1979, p.51-63.
"L'héritage littéraire de Rousseau", in: Rousseau after two hundred years, Cambridge - Londres, Cambridge University Press, 1982, p.153-184.
"Les lectures de Lénine à Genève" (avec Jacques Picot), in: Revue historique, Paris, t. 267, no 542, 1982, p.391-404.
"La chambre de Voltaire à Ferney", in: Gazette des beaux-arts, Paris, Année 126, période 6, t. 104, décembre 1984, p.217-222.
"Le refus de la société dénaturée", in: Le siècle de Voltaire: hommage à René Pomeau, éd. par Christiane Mervaud et Sylvain Menant, Oxford, The Voltaire Foundation, 1987, p.499-511.
