Il a été médaillé olympique à dix-neuf ans avec son frère Yves, cinq fois champion du monde, vainqueur de la Route du Rhum, double demi-finaliste de la Coupe Louis-Vuitton en tant que skipper.
Marc Pajot se lance à l’assaut des océans auprès d’Éric Tabarly et devient cap-hornier à l’âge de vingt ans, lors de la première course autour du monde en équipage, la Whitbread en 1973 à bord de Pen Duick VI.
Il professionnalise l’image de la régate en haute mer en valorisant les sponsors qui lui font confiance parmi lesquels Paul Ricard et Elf Aquitaine grâce auxquels il accomplit de bonnes performances.
Il arrive second à la Transat en double Lorient-les Bermudes-Lorient en 1979 avec Éric Tabarly sur l’hydrofoil Paul Ricard.
Marc Pajot accomplit quinze traversées de l’Atlantique en tant qu’équipier et skipper, en équipage, en double et en solitaire.
Elf Aquitaine«le Géant des mers»
Ses catamarans Elf Aquitaine lui permettront de réaliser une série de performances entre 1980 et 1983:
1982: vainqueur de la Route du Rhum[7] sur le catamaran de 18 m qui sera surnommé «le Géant des mers»[8].
Coupe Louis-Vuitton
En qualité de chef de projet, skipper et barreur, Marc Pajot réunit les meilleures compétences autour de lui; sponsors, architectes navals, ingénieurs, tacticiens et équipiers pour participer quatre fois à la Coupe Louis-Vuitton[9]:
2000: First America’s Cup Swiss à Auckland (Nouvelle-Zélande).
Durant ces vingt-cinq années de compétition Marc Pajot a géré et supervisé la création et la construction de quinze bateaux de quinze à trente mètres.
Yacht broker
Depuis 2000, Marc Pajot combine une activité de yacht broker où il délivre ses services de yacht selection et une activité de Marina Consultant à travers laquelle il accompagne les projets de conception et d’aménagement de marina dans le monde entier.
Condamnation pour le délit d'atteinte sexuelle sur mineure
Le , Marc Pajot est condamné en première instance par le tribunal correctionnel de Draguignan (Var), à quatre ans de prison avec sursis[11], pour «atteinte sexuelle» sur son ex-belle-fille en 2003. Le navigateur a reconnu avoir caressé la poitrine et le ventre de la victime, alors âgée de 16 ans. Il s'est agi d'«un fait unique dans sa vie», selon son avocat. Cette condamnation s'accompagne d'une inscription au fichier judiciaire national automatisé des auteurs d'infractions sexuelles (FIJAISV)[2].