Alsacien, il fait partie des malgré-nous[3], incorporé de force dans l'armée allemande alors qu'il était élève chez les jésuites en 1942 et envoyé sur le front russe en 1943. Il parvient, à la faveur de la débâcle allemande, à s'échapper et à passer du côté soviétique, avant de porter l'uniforme britannique puis l'uniforme des forces françaises[4]. Agrégé d'histoire en 1952 sans avoir passé le baccalauréat[3], il est professeur d'histoire-géographie aux lycées Clemenceau et Jules-Verne de Nantes (1953-1962), professeur à l'université de Rennes (1963-1978), puis professeur émérite à l'université Paris Sorbonne-Paris IV[5]. Il devient en 1981 directeur du Laboratoire d'histoire et d'archéologie maritime[3], seule unité de recherche du CNRS consacrée à l'histoire maritime française et étrangère, où il succède à Michel Mollat du Jourdin[3].
Avec Martine Acerra, L'Empire des mers, des galions aux clippers, Paris, Nathan, 1990.
Jean Meyer et Jean Béranger, La France dans le monde au XVIIIesiècle, éditions Sedes,
Bossuet, Paris, Plon, 1993, grand prix Gobert de l'Académie française en 1994.
Avec Jean-Pierre Moreau, Un flibustier français dans la mer des Antilles. 1618-1620, Payot, Paris, 1994.
Avec Martine Acerra, Histoire de la marine française, Rennes, éditions Ouest-France,
Avec Martine Acerra, État, Marine et Société, Presses de l'Université de Paris-Sorbonne, Paris, 1995.
Avec Martine Acerra et José Merino, Les Marines de guerre européennes: XVIIe – XVIIIesiècles, Presses Paris Sorbonne, 447 pages, 1998, Lire en ligne.
L'armement nantais dans la deuxième moitié du XVIIIe siècle, Paris, EHESS, 1969, 2 vol.; réed., Ed de l'EHESS, 1999.
Louis XV ou le scepticisme politique, Sicre Editions, 2003.
Martine Acerra, Jean-Pierre Poussou, Michel Vergé-Franceschi et André Zysberg (dir.), État, marine et société. Hommage à Jean Meyer, Paris, Presses de l'Université de Paris-Sorbonne, , 463p. (ISBN2-84050-048-5, lire en ligne)
Jean-Pierre Poussou et Klaus Malettke, «In memoriam Jean Meyer (1924-2022)», Histoire, économie & société, vol.42e année, no1, , p.4-6 (lire en ligne, consulté le )