Le nom allemand Mendelssohn («fils de Mendel») est un patronyme dérivé de Mendel Heymann, modeste père de Moses Mendelssohn.
Pendant des générations, les descendants des deux frères Joseph Mendelssohn et Abraham Mendelssohn Bartholdy sont restés liés par la gestion commune de la Banque Mendelssohn. L'appartenance familiale s'exprime par de nombreux mariages entre parents et dans la chronique familiale publiée dès 1879 par Sebastian Hensel(de), arrière-petit-fils de Moses Mendelssohn. L'héritage intellectuel et artistique de la famille est entretenu par la Société Mendelssohn à Berlin-Mitte. En 2013, la société inaugure une exposition permanente sur l'histoire de la famille dans une ancienne chapelle du cimetière de la Trinité à Berlin-Kreuzberg. 28 membres de la famille sont enterrés dans les cimetières de Mehringdamm[1].
Contrairement à la pensée de Moses Mendelssohn qui refuse de renier le judaïsme[2] malgré l'insistance de ses contemporains, quatre de ses six enfants se convertissent au christianisme pour diverses raisons, suivis par des descendants de générations suivantes. À la suite de cette conversion ancienne, certains d'entre les Mendelssohn ne sont plus classés comme Juifs à l'époque du national-socialisme et échappent ainsi à la Shoah, mais pas à la persécution ni à la discrimination.
En raison des efforts d'assimilation de la plupart des membres de la famille, le nom de famille change plusieurs fois: Abraham adopte le nom de famille supplémentaire Bartholdy pour lui-même et sa famille après son baptême en 1822, ainsi que son beau-frère Jakob Ludwig Salomon Bartholdy l'a fait lors de sa conversion au christianisme, mais abandonné par Félix au profit du nom Mendelssohn, plus illustre. Le nom est légèrement modifié par l'anoblissement de trois branches de la famille: les Mendelssohn, les Mendelssohn-Bartholdy et les Mendelssohn Bartholdy (sans trait d'union). L'anoblissement du banquier Otto von Mendelssohn Bartholdy(de) en 1906 provoque la colère de son cousin le politologue Albrecht Mendelssohn Bartholdy(de) qui considère l'honorable patronyme juif «Mendelssohn» incompatible avec un titre de noblesse.
Tous ceux qui portent le nom de famille « Mendelssohn » ou des variantes de celui-ci ne sont pas nécessairement liés à cette famille: en raison du rôle joué par Moïse Mendelssohn dans les Lumières juives, le nom est adopté par divers Juifs. D'autre part, il existe une famille Mendelssohn originaire de la ville de Jever, dont plusieurs personnalités connues sont issues.
Mendel Heymann (1683–1766), modeste écrivain communal (sofer) à Dessau; épouse: Bela Rachel Wahl (1683–1756)
Paul Mendelssohn-Bartholdy(de) (1812–1874), banquier; épouse: Albertine Heine (1814–1879) de la famille de banquiers berlinois Heine
Pauline Mendelssohn-Bartholdy (1844–1863)
Katharine Mendelssohn-Bartholdy (1846–1906)
Ernst von Mendelssohn-Bartholdy (1846–1909), banquier; épouse: Marie Warschauer (1855–1906), petite-fille d'Alexander Mendelssohn
Paul von Mendelssohn-Bartholdy(de) (1875–1935), banquier; 1re épouse: Charlotte Reichenheim(de) (1877–1961), 2e épouse: Elsa Lucy von Lavergne-Péguilhen (1899–1986)
Katharine Wach, née von Mendelssohn-Bartholdy (1876–1943); époux: Felix Wach, administrateur
Charlotte Hallin, née von Mendelssohn-Bartholdy (1878–1961); époux: Eric Hallin, chancelier suisse
Enole von Schwerin, née von Mendelssohn-Bartholdy (1879–1947); époux: Albert von Schwerin (1870–1956), juriste et agriculteur
Marie Busch, née von Mendelssohn-Bartholdy (1881–1970); époux: Felix Busch (1871–1938), fonctionnaire
Alexander von Mendelssohn-Bartholdy (1889–1917), agriculteur
Gotthold Mendelssohn-Bartholdy (1848–1903), agriculteur; épouse: Pauline Henriette Auguste Else Wentz
Freifrau Fanny von Richthofen, née Mendelssohn-Bartholdy (1851–1924); époux: Freiherr Eugen von Richthofen (1835–1877), officier