Exégète et bibliste de renommée internationale[2], ses travaux portent notamment sur la question du Jésus de l'histoire et la construction de la théologie paulinienne. Il décrit ainsi son approche: sous-discipline de l’analyse historico-critique, «la critique des sources [reçoit sa légitimité] de l’axiome suivant: pour être correctement compris, un texte doit être situé dans l’histoire qui l’a produit»[1].
Daniel Marguerat est l'exégète qui a fait connaître la méthode et les enjeux de l'analyse narrative de la Bible dans le monde francophone[3], notamment grâce à l'ouvrage Pour lire les récits bibliques. Initiation à l'analyse narrative, publié avec Yvan Bourquin en 1999 et régulièrement réédité depuis[4]. C'est également un spécialiste des origines du christianisme, des écrits néotestamentaires et particulièrement des Actes des apôtres, sur lequel il a publié un commentaire.
En 2003, un ouvrage rassemblant une trentaine d'exégètes renommés est publié à l'occasion de son 60e anniversaire[5].
Prix de la Société académique vaudoise, 1981
Prix faculté (Faculté de théologie, université de Lausanne), 1969
Ouvrages collectifs et directions d'ouvrages
Daniel Marguerat (dir.), Le Déchirement. Juifs et chrétiens au premier siècle. Ouvrage collectif (Martinus C. de Boer, Georges J. Brooke, H. Cousin, Jean-Daniel Kaestli, Ulrich Luz, Daniel Marguerat, Folker Siegert, Ekkerhard W. Stegemann, Christopher Tuckett, professeurs aux universités de Lausanne, Berne, Bâle, Neuchâtel, Manchester). éd. collection Labor et Fides, 1996 (ISBN2-8309-0788-4)
Daniel Marguerat, Enrico Norelli, Jean-Michel Poffet (dir.) et al., Jésus de Nazareth: Nouvelles approches d'une énigme, Genève, Labor et Fides, coll. «Le monde de la Bible» (n° 38), 2003, 614 p. (ISBN978-2-8309-0857-2)
Jean-Daniel Kaestli, Daniel Marguerat (dir.) et al., Le Mystère apocryphe: Introduction à une littérature méconnue, Genève, Labor et Fides, coll. «Essais bibliques» (no 26), 2007, 2e éd., 188 p. (ISBN978-2-8309-1241-8)
Daniel Marguerat (dir.) et al., Introduction au Nouveau Testament: Son histoire, son écriture, sa théologie, Genève, Labor et Fides, 2008, 4e éd., 540 p. (ISBN978-2-8309-1289-0)
Andreas Dettwiler, Daniel Marguerat (dir.) et al., La Source des paroles de Jésus (Q): Aux origines du christianisme, Genève, Labor et Fides, coll. «Le monde de la Bible» (no 60), 2008, 408 p. (ISBN978-2-8309-1341-5)
Daniel Marguerat et Éric Junod, Qui a fondé le christianisme?, Genève, Labor et Fides, 2010, 120 p. (ISBN978-2-8309-1401-6)
Camille Focant (dir.), Daniel Marguerat (dir.) et al., Le Nouveau Testament commenté, Genève, Labor et Fides, 2012, 4e éd. (ISBN978-2-8309-1481-8)
Daniel Marguerat (éd.), La Lettre à Philémon et l'ecclésiologie paulinienne, Peeters (n° 22), 2016 (ISBN9042933488)
Paul de Tarse: L'enfant terrible du christianisme, Seuil, , 560p. (ISBN978-2-0214-7614-9)
Articles
«Jésus, ses frères et ses sœurs», in Le Monde de la Bible hors-série, printemps 2009, p. 52-56.
«Ce qu'ils n'ont pas dit de Pâques», in Le Monde de la Bible hors-série, printemps 2009, p. 41-45.
«Paul, interprète de Jésus», in Le Monde de la Bible hors-série, printemps 2009, p. 25-28.
«Jésus: un juif marginal… et plus encore!», in Le Monde de la Bible hors-série, printemps 2009, p. 19-22.
Daniel Marguerat, le théologien amoureux des Écritures: le 16 octobre 2012 à Ecublens (VD) / interlocutrice: Manuela Salvi. Robert Mermoud, musicien: le 23 octobre 1991 à Eclagnens (VD), Association Films plans-fixes, Lausanne [2013] (1 DVD (ca. 100 min): son, n et b; 12 cm, en boîte 19 cm), Plans-fixes no 1278 no 1099, permalien
Yvan Bourquin et Emmanuelle Staffeke, Raconter, interpréter, annoncer: parcours de Nouveau Testament: Mélanges offerts à Daniel Marguerat pour son 60ème anniversaire, Labor et Fides, , 380p. (ISBN978-2-8309-1102-2, lire en ligne)
Focant, Camille, «Daniel Marguerat, Yvan Bourquin, Pour lire les récits bibliques. Initiation à l'analyse narrative. 2009», Revue Théologique de Louvain, vol.41, no2, (lire en ligne, consulté le ).