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Le nom de l'ensemble est basé sur la célèbre chapelle formée par Charles Quint. Celui-ci, lorsqu'il décide de quitter les Pays-Bas en 1517, a choisi quelques-uns des meilleurs musiciens du pays pour l'accompagner dans son voyage vers l'Espagne. Avec eux, il a fondé la Capilla Flamenca.
1996 - Oh Flanders Free. Music of the Flemish Renaissance: Ockeghem, Josquin, Susato, La Rue. Alamire LUB 03, Naxos 8.554516.
1997 - Sei Willekomen. Capilla Flamenca et Flanders Recorder Quartet. Eufoda 1256.
1998 - Bassano: Viva L'Amore. Capilla Flamenca y Flanders Flauta dulce Quartet. Opus 111 30-239.
1998 - Margarete - Maximilien Ier. Musique de 1500. Capilla Flamenca avec "La Caccia", "Knaben der Schola Cantorum Cantate Domino Aalst", "Schola Gregoriana Lovaniensis".ORF Shop CD 265 (2 CD).
1999 - The A-La-Mi-Re Manuscripts. Flemish Polyphonic Treasures for Charles Quint: Josquin, De la Rue, Willaert. Naxos Records 8.554744.
2000 - Jean de Castro: Polyphony in a European Perspective avec More Maiorum, Piffaro, The Renaissance Band, Trigon-Project, Wim Diepenhorst et Bart Demuyt. Passacaille 931.
2001 - Resonanzen 2001. Viva España. Capilla Flamenca et autres. ORF "Édition Alte Musik" CD 281.
2001 - The Flemish Orgues Heritage. Capilla Flamenca y A. van den Kerckhoven. Naxos 8.555809
2001 - Arnold de Lantins: Missa Verbum Incarnatum. Capilla Flamenca avec Psallentes et Clari Cantuli. Ricercar 207.
2002 - La Rue: Missa de septem doloribus. Capilla Flamenca et Psallentes. Musique en Wallonie 0207.
2002 - Musica reservata. Endangered Sounds. Capilla Flamenca et Psallentes. Alamire Foundation 2002
2002 - Sebastián de Vivanco: Libro de Motets (1610). Capilla Flamenca et Oltremontano. LCD 9706.
2003 - Alexander Utendal / De Monte: Motets. Capilla Flamenca et Oltremontanto. Passacaille 937.
2003 - Canticum Canticorum. In Praise of Love: The Song of Songs in the Renaissance. Eufoda 1359.
2004 - Zodiac. Ars Nova and Ars Subtilior in the Low Countries and Europe. Eufoda 1360.
2004 - Obrecht: Chansons, Songs, Motets. Junto con Piffaro, The Renaissance Band. Eufoda 1361.
2005 - Priest and Bon Vivant. Sounds of the City of Louvain from the XVIesiècle. Travaux de Clemens non Papa et de ses contemporains. Capilla Flamenca et La Caccia. Etcetera 1287.
2005 - Dulcis Melancholia. Biographie musicale de Marguerite d'Autriche. Musique en Wallonie MEW 525.
2005 - La Rue: Missa Ave Maria, Vespers. Capilla Flamenca et Psallentes. Musique en Wallonie 0633.
2006 - Concentu melodiae. K.U.Leuven 96-01
2006 - Lumina. Christmas Around The 1500s. Capilla Flamenca et Pueri. Eufoda 1366.
2006 - Flemish and Walloon Organ Treasure, Volume 4. Capilla Flamenca et Joris Verdin. Vision-Air 2006/1.
2007 - Désir d'aymer. Love Lyrics Around 1500, from Flanders to Italy.. Eufoda 1369.
2007 - Salve Mater, Salve Jesu. Chant and Polyphony from Bohemia around 1500. Capilla Flamenca et la Schola Gregoriana Pragensis avec Barbara Maria Willi. Etcetera ETC 1346.
2007 - Lambert de Sayve: Missa Dominus Regnavit / Motets. Capilla Flamenca et Oltremontano. Etcetera 4022