Eesti Teadusinfosüsteemi andmetel:[3]
- Paavle, I. (1996). Voldemar Miller ja Eesti Ajalooarhiiv. Kleio. Ajaloo Ajakiri, 3(17), 3–14.
- Paavle, I. (1998). Sõjaarhiivi loomise püüetest Eestis. Ajalooline Ajakiri, 2(102), 91–102.
- Paavle, I. (2002). Eesti rahvastikukaotused II/1 Saksa okupatsioon 1941–1944 : hukatud ja vangistuses hukkunud. Tartu: TÜ Kirjastus
- Paavle, I. (2004). Arvustus. Akadeemia, lk 1833–1836
- Paavle, I. (2005). Liquidation of Local Governments in Estonia. Ahonen, H. (Toim.). Estonia's occupations. Revisited accounts of an era (7–8).Kistler-Ritso Eesti Sihtasutus
- Paavle, I. (2005). Fate of the Members of Estonia's Governments. Ahonen, H. (Toim.). Estonia's occupations. Revisited accounts of an era (5–6).Kistler-Ritso Eesti Sihtasutus
- Maripuu, M.; Paavle, I. (2005). Die deutsche Zivilverwaltung in Estland und die estnische Selbstverwaltung. Mertelsmann, O. (Toim.). Vom Hitler-Stalin-Pakt bis zu Stalins Tod: Estland 1939–1953 (96–129). Tallinn: Bibliotheca Baltica
- Hiio, T., Maripuu, M., Paavle, I. (2006) (Toim.). Estonia 1940–1945 : reports of the Estonian International Commission for the Investigation of Crimes Against Humanity (639–650). Tallinn: Inimsusevastaste Kuritegude Uurimise Eesti Sihtasutus
- Paavle, I. (2006). Estonian Self-Administration in 1941–1944. Hiio, T.; Maripuu, M.; Paavle, I. (Toim.). Estonia 1940–1945 : reports of the Estonian International Commission for the Investigation of Crimes Against Humanity (539–568). Tallinn: Inimsusevastaste Kuritegude Uurimise Eesti Sihtasutus
- Paavle, I. (2006). Fate of the Estonian elite in 1940–1941. Hiio, T.; Maripuu, M.; Paavle, I. (Toim.). Estonia 1940–1945 : reports of the Estonian International Commission for the Investigation of Crimes Against Humanity (391–408). Tallinn: Inimsusevastaste Kuritegude Uurimise Eesti Sihtasutus
- Paavle, I. (2006). Sovietisation of local governments in 1940–1941. Hiio, T.; Maripuu, M.; Paavle, I. (Toim.). Estonia 1940–1945 : reports of the Estonian International Commission for the Investigation of Crimes Against Humanity (241–256). Tallinn: Inimsusevastaste Kuritegude Uurimise Eesti Sihtasutus
- Paavle, I. (2006). The Council of People’s Commissars of the Estonian SSR in 1940–1941. Estonia 1940–1945 : reports of the Estonian International Commission for the Investigation of Crimes Against Humanity (217–240). Tallinn: Inimsusevastaste Kuritegude Uurimise Eesti Sihtasutus
- Paavle, I. (2006). The ESSR Supreme Soviet and its Presidium in 1940–1941. Hiio, T. (Toim.). Estonia 1940–1945 : reports of the Estonian International Commission for the Investigation of Crimes Against Humanity (207–216). Tallinn: Inimsusevastaste Kuritegude Uurimise Eesti Sihtasutus
- Paavle, I. (2006). Representatives of the Soviet Union in Estonia in the summer of 1940. Decisions of the Politburoconcerning Estonia in 1940–1941. Hiio, T.; Maripuu, M.; Paavle, I. (Toim.). Estonia 1940–1945 : reports of the Estonian International Commission for the Investigation of Crimes Against Humanity (199–206). Tallinn: Inimsusevastaste Kuritegude Uurimise Eesti Sihtasutus
- Paavle, I. (2006). Election of the Riigivolikogu of the ESSR on 14–15 July 1940. Hiio, T.; Maripuu, M.; Paavle, I. (Toim.). Estonia 1940–1945 : reports of the Estonian International Commission for the Investigation of Crimes Against Humanity (79–98). Tallinn: Inimsusevastaste Kuritegude Uurimise Eesti Sihtasutus
- Kaasik, P.; Hiio, T.; Paavle, I.; Maripuu, M.; Niglas, A. (2006). The occupation of Estonia by the Soviet Union in 1940. Hiio, T.; *Maripuu, M.; Paavle, I. (Toim.). Estonia 1940–1945 : reports of the Estonian International Commission for the Investigation of Crimes Against Humanity (1–6). Tallinn: Inimsusevastaste Kuritegude Uurimise Eesti Sihtasutus
- Hiio, T.; Maripuu, M.; Paavle, I. (Eds.) (2006). Estonia 1940–1945 : reports of the Estonian International Commission for the Investigation of Crimes Against Humanity. Tallinn: Inimsusevastaste Kuritegude Uurimise Eesti Sihtasutus
- Kaasik, P.; Paavle, I. (2006). Destruction Battalions in Estonia in 1941. Hiio, T.; Maripuu, M.;
- Paavle, I. (2006). Estonian citizens and residents executed or deceased in imprisonment in 1941–1944. An overview. Hiio, T.; *Paavle, I. (2007). Eesti Omavalitsuse kujunemine 1941. aastal. Hiio, T. (Toim.). 1941. aasta Eestis (159–176). Eesti Sõjamuuseum - kindral Laidoneri Muuseum
- Paavle, I. (2008). Annihilation of the Estonian rural municipality. Vilnius: Foundation for Investigation of Communist Crimes, 2008.
- Paavle, I. (2008). Eesti vallaomavalitsuse hävitamine. Rmt.: Kommunism rahvusvahelise kohtu ette: Eesti Memento Liidu ajalookonverents: 16. juuni 2007: Kommunism rahvusvahelise kohtu ette, Tallinn, 16. juuni 2007. (Toim.) Tarvel, Enn; Varju, Peep., 2008, 21–28.
- Paavle, I. (2009). Vili ja munad režiimi teenistuses. Sundandam 1940. aastate Eesti külas. Ajalooline Ajakiri, 1/2, 213–229.
- Klesment, M.; Nugin, R.; Paavle, I. (2009). Partei-algorganisatsioon: kommunistliku poliitika esmane elluviija okupeeritud Eestis 1940–1991. Kistler-Ritso Eesti Sihtasutus
- Paavle, I. (2009). Kohaliku halduse sovetiseerimine Eestis 1940–1950. (Doktoritöö, Tartu Ülikool, Filosoofiateaduskond; Tartu Ülikool, Ajaloo- ja arheoloogia instituut; ) Tartu: Tartu likooli Kirjastus
- Paavle, Indrek (2009). Vallapartorgid – režiimi esindajad Eesti külas 1940. aastate teisel poolel. Õpetatud Eesti Seltsi aastaraamat. 2008. (91–125). Tartu: Õpetatud Eesti Selts
- Hiio, T.; Maripuu, M.; Paavle, I. (2009). Estonia since 1944: Reports of the Estonian International Commission for the Investigation of Crimes Against Humanity. Inimsusevastaste Kuritegude Uurimise Eesti Sihtasutus
- Paavle, I. (2009). Repressions of officials of the Estonian Self-Administration (1941–1944) and of municipal and rural municipal governments during the post-war years. Estonia since 1944: Reports of the Estonian International Commission for the Investigation of Crimes Against Humanity (391–403). Inimsusevastaste Kuritegude Uurimise Eesti Sihtasutus
- Paavle, I. (2009). Repressions by Soviet security agencies against underground Estonian national opposition operating during German occupation. Estonia since 1944 : Reports of the Estonian International Commission for the Investigation of Crimes Against Humanity (377–391).Inimsusevastaste Kuritegude Uurimise Eesti Sihtasutus
- Paavle, I. (2009). Repression of the political elite of the Republic of Estonia in 1944–1953. Estonia since 1944: Reports of the Estonian International Commission for the Investigation of Crimes Against Humanity (359–376). Inimsusevastaste Kuritegude Uurimise Eesti Sihtasutus
- Paavle, I. (2009). Soviet passport system in the Estonian SSR. Estonia since 1944: Reports of the Estonian International Commission for the Investigation of Crimes Against Humanity (79–82). Inimsusevastaste Kuritegude Uurimise Eesti Sihtasutus
- Paavle, I. (2009). Sovietisation of Agriculture. Estonia since 1944: Reports of the Estonian International Commission for the Investigation of Crimes Against Humanity (37–78).Inimsusevastaste Kuritegude Uurimise Eesti Sihtasutus
- Paavle, I. (2009). Administrative sovietisation of the ESSR at the local level in 1944–1953. Estonia since 1944 : Reports of the Estonian International Commission for the Investigation of Crimes Against Humanity (17–35).Inimsusevastaste Kuritegude Uurimise Eesti Sihtasutus