COINTELPRO comenzó en 1956 y estaba diseñado para "incrementar el faccionalismo, causar confusión y conseguir deserciones" dentro del Partido Comunista de los Estados Unidos de América (CPUSA). No obstante, el programa fue pronto ensanchado para incluir el desbarajuste del Partido de Trabajadores Socialistas (1961), del Ku Klux Klan (1964), de los grupos nacionalistas afroamericanos, incluyendo el Partido de las Panteras Negras y la Nación del Islam, y el movimiento sociopolítico de la Nueva Izquierda por completo, que agrupaba a grupos pacifistas (contra la guerra), comunidades y grupos religiosos (1968).
Una investigación posterior por el Comité Church del Senado (véase más abajo) afirmaba que "COINTELPRO comenzó en 1956, en parte por la frustración de los fallos del Corte Suprema limitando el poder del gobierno a proceder de manera patente contra grupos disidentes..."[28] Más tarde el Congreso y varios casos en la corte [cita requerida] concluyeron que las operaciones de COINTELPRO contra los grupos comunistas y socialistas excedían los límites estatutarios de las actividades del FBI y violaba las garantías constitucionales de libertad de expresión y asociación.
Aquellos partidarios del programa argumentan que el proyecto estaba fundamentado en el conocimiento del FBI de que algunas organizaciones radicales y de izquierdas nacionales estaban siendo manipuladas por agencias de inteligencia extranjeras hostiles. Por ejemplo, el FBI tuvo acceso al texto en claro de Venona que mostraba que la Unión Soviética y su KGB manipulaban y trabajaban al amparo del Partido Comunista de CPUSA con propósitos de espionaje e incitación de disturbios nacionales en los Estados Unidos.
Algunas de las más importantes campañas de COINTELPRO contra el Partido de Trabajadores Socialistas el Ku Klux Klan, la "Nueva Izquierda" (incluyendo varios grupos pacifistas contra la guerra como los Estudiantes para una Sociedad Democrática y el Comité Coordinador Estudiantil No Violenta), grupos de la Liberación Negra (como las Panteras Negras y la República de Nueva África) grupos independistas Puertorriqueños, el Movimiento Amerindio y la organización Weatherman.
El programa fue secreto hasta 1971, cuando un grupo de radicales de izquierda entró en una oficina satélite del FBI haciéndose llamar la Comisión ciudadana que investiga al FBI. Tomaron varios dosiers de ficheros y pasaron la información a las agencias de noticias. En un año, el director del FBI Hoover declaró que el COINTELPRO centralizado se había terminado, y que todas las futuras operaciones de contra-inteligencia serían llevadas caso por caso.
Se revelaron documentos adicionales en el curso de juicios separados llevados a cabo con cargos contra el FBI por el corresponsal de la NBC Carl Stern, el SWP, y otros grupos. Se lanzó una investigación mayor en 1976 por el Comité Seleccionado para Estudiar las Operaciones Gubernamentales Respecto a las Actividades de Contrainteligencia del Senado de los Estados Unidos, referido comúnmente como el "Comité Church" por su presidente, el senador Frank Church de Idaho. A pesar de ello, hay millones de páginas de documentos que permanecen sin publicarse, y muchos de los documentos publicados están completamente censurados.
En el Informe Final de Comité Seleccionado, COINTELPRO fue recriminado en términos explícitos:
"Muchas de las técnicas usadas serían intolerables en una sociedad democrática incluso si todos los objetivos hubiesen estado envueltos en actividades criminales, pero COINTELPRO fue mucho más lejos de esto...el FBI condujo una sofisticada operación de vigilancia con la intención directa de impedir el ejercicio de la libertad de expresión y asociación proporcionados por la Primera Enmienda, con la teoría de que prevenir el crecimiento de grupos peligrosos y la propagación de ideas perniciosas protegerían la seguridad nacional e impediría la violencia"
El Comité Church documentó la historia de cómo era usado el FBI con fines de represión política datando desde la Primera Guerra Mundial, a lo largo de los años 1920, cuando se les acusó de reunir "anarquistas y revolucionarios" para su deportación, y luego continuando desde 1936 hasta 1976.
El FBI alega que ya no emprende operaciones de COINTELPRO o tipo COINTELPRO. Sin embargo, sus críticos afirman que programas de la agencia que llevan el mismo espíritu que COINTELPRO apuntan a grupos como el Comité en Solidaridad con el pueblo de El Salvador, La Tierra Primero! y el movimiento antiglobalización.
