Jmol

Το Jmol είναι ένα λογισμικό για τρισδιάστατη αναπαράσταση χημικών δομών,^[2] που δεν απαιτεί πρόσθετα 3D επιτάχυνσης.^[3] Το Jmol επιστρέφει μια τρισδιάστατη αναπαράσταση ενός μορίου που μπορεί να χρησιμοποιηθεί ως διδακτικό εργαλείο^[4] ή για έρευνα π.χ. στη χημεία και τη βιοχημεία. Είναι λογισμικό ελεύθερου και ανοικτού κώδικα, γραμμένο σε Java και έτσι εκτελείται σε Windows, Mac OS X, Linux και συστήματα Unix. Δίνεται και ως αυτόνομη εφαρμογή καθώς και ως πακέτο ανάπτυξης που μπορεί να ενσωματωθεί σε άλλες εφαρμογές Java, όπως Bioclipse και Taverna workbench.

Jmol

Αναπαράσταση της στρεπταβιδίνης στο Jmol.
Γενικά
Είδος	ελεύθερο λογισμικό, επιστημονικό λογισμικό
Διανομή
Έκδοση	16.1.59 (26 Φεβρουάριος 2024)[1]
Δοκιμαστική έκδοση	13.1.4 (10 Σεπτέμβριος 2012)
Λειτουργικά
Διαθέσιμο σε	Καταλανικά, Αγγλικά, Ελληνικά
Ανάπτυξη
Γραμμένο σε	Java
Άδεια χρήσης	GNU Lesser General Public License
Σύνδεσμοι
Επίσημος ιστότοπος
http://jmol.sourceforge.net/
Αποθετήριο κώδικα
https://sourceforge.net/p/jmol/code/HEAD/tree/

Ένα δημοφιλές γνώρισμα του είναι μια μικροεφαρμογή που μπορεί να ενσωματωθεί σε ιστοσελίδες για να εμφανίσει μόρια με διάφορους τρόπους. Για παράδειγμα, τα μόρια μπορούν να εμφανιστούν ως πρότυπα "σφαίρες και ράβδοι", "πλήρωσης χώρου", "κορδέλας" κλπ.^[5] Το Jmol υποστηρίζει πολλές μορφές αρχείων για την αναπαράσταση μορίων, συμπεριλαμβανομένων Τράπεζα δεδομένων πρωτεϊνών (pdb), Κρυσταλλογραφικά αρχεία πληροφοριών (cif), MDL Molfile (mol) και χημική γλώσσα επισήμανσης (CML).^[6]

Η μικροεφαρμογή Jmol, μεταξύ των άλλων, προσφέρει μια εναλλακτική λύση στο πρόσθετο MDL Chime,^[4] που δεν αναπτύσσεται πλέον. Ενώ το Jmol έχει πολλά χαρακτηριστικά που δεν είναι διαθέσιμα στο Chime, δεν έχει πρόβλημα αναπαραγωγής όλων των λειτουργιών του Chime (κυρίως της κατάστασης Sculpt του Chime). Το Chime απαιτεί εγκατάσταση προσθέτου και Internet Explorer 6.0 ή Firefox 2.0 σε Microsoft Windows, ή Netscape Communicator 4.8 σε MacintoshOS9. Το Jmol απαιτεί εγκατάσταση της Java και λειτουργεί σε μεγάλο εύρος λειτουργικών συστημάτων. Για παράδειγμα, το Jmol είναι πλήρως λειτουργικό σε Mozilla Firefox, Internet Explorer, Opera, Google Chrome και Safari.

Στιγμιότυπα

• 
  Κρυσταλλική δομή ενός πλαισίου RNP H/ACA από Pyrococcus furiosus.
• 
  Επισήμανση δύο γεφυρών αλάτων σε τετραμερές αιμοσφαιρίνης (ομάδα αιμοσφαιρίνης ως ράβδοι κάτω δεξιά).
• 
  Ένα τμήμα του παράγοντα μεταγραφής TFIIIA που σχηματίζει τρεις διαδοχικές δομές δακτύλου ψευδαργύρου, συνδεμένες με μια επιμήκυνση του DNA.
• 
  Ριβόσωμα Eubacterial 70S από Thermus thermophilus.

Δείτε επίσης

• Κατάλογος μοριακών συστημάτων γραφικών
• Κατάλογος λογισμικού για μοριακά πρότυπα μηχανικής
• Πακέτο ανάπτυξης χημείας (CDK)
• Μοριακά γραφικά
• Proteopedia
• PyMOL

Παραπομπές

1. «Jmol / Version 16.1 / Jmol 16.1.59». Ανακτήθηκε στις 3 Μάρτιος 2024.
2. Chen, Jim X. (2008), Springer, επιμ., Guide to Graphics Software Tools, σελ. 471, ISBN 978-1-84800-900-4, http://books.google.com/?id=Rv2gncprg3gC&pg=PA471&dq=jmol+is+3d#v=onepage&q=jmol%20is%203d&f=false
3. Willighagen, E.; Howard, M. (2007), «Fast and Scriptable Molecular Graphics in Web Browsers without Java3D», Nature Precedings, doi:10.1038/npre.2007.50.1, http://precedings.nature.com/documents/50/version/1
4. Herráez, A (2006), «Biomolecules in the Computer: Jmol to the Rescue», Biochemistry and Molecular Biology Education 34 (4): 7, doi:10.1002/bmb.2006.494034042644, http://eric.ed.gov/ERICWebPortal/recordDetail?accno=EJ759053
5. Herráez, A (2007), Lulu, επιμ., How to Use Jmol to Study and Present Molecular Structures, Volume 1, σελ. 21, ISBN 978-1-84799-259-8, http://books.google.com/?id=59kQFyfbsJMC&pg=PA21&dq=jmol+applet+web#v=onepage&q=jmol%20applet%20web&f=false
6. Willighagen, E (2001), «Processing CML conventions in Java», Internet Journal of Chemistry 4 (4): 1–9, http://www.mendeley.com/download/public/2225521/3634250982/f7c33288f4a8512172f0810947f082c55fbe72d3/dl.pdf^{[νεκρός σύνδεσμος]}

Εξωτερικοί σύνδεσμοι

• Επίσημος ιστότοπος
• Επίσημος ιστότοπος
  • Wiki με καταλόγους των ιστοσελίδων, wikis και moodles
• Willighagen, Egon· Howard, Miguel (Ιουνίου 2007). «Fast and Scriptable Molecular Graphics in Web Browsers without Java3D». doi:10.1038/npre.2007.50.1.
• Jmol extension for MediaWiki