1974 arbeitete er an der Umsetzung des Films Der nackte Mann auf dem Sportplatz von Konrad Wolf mit, der in seiner Heimatstadt Steinach und in Steinheid aufgenommen wurde. Er übernahm darin auch selbst eine kleine Nebenrolle als Bürgermeister.
Werner Stötzer war auch lehrend tätig. So 1975 bis 1978 als Gastdozent an der Kunsthochschule Berlin-Weißensee. Von 1987 bis 1990 hatte er eine Professur mit künstlerischer Lehrtätigkeit an der Akademie der Künste der DDR inne. Ab 1978 war er ordentliches Mitglied und von 1990 bis 1993 Vizepräsident der Akademie der Künste.
Dort wurde er selbst zum Mentor zahlreicher Künstler. Zu seinen Meisterschülern an der Akademie der Künste gehörten u.a. die Bildhauer Horst Engelhardt, Berndt Wilde und Joachim Böttcher, von 1989 bis 1992 der Maler und Bühnenbildner Mark Lammert.
In erster Ehe war Werner Stötzer mit der Grafikerin Renate Rauschenbach von 1961 bis 1992 verheiratet. Sie bewohnten seit der Geburt von Tochter Carla von 1961 bis 1978 ein gemeinsames Haus in Berlin-Altglienicke. Nach Wohnungen und Ateliers in Berlin und Vilmnitz (Gemeinde Putbus) auf Rügen bewohnte er von 1980 bis zu seinem Tod zusammen mit seiner zweiten Frau, der Bildhauerin Sylvia Hagen, ein ehemaliges Pfarrhaus in Altlangsow am Rande des Oderbruchs. Aus dieser Ehe stammt der Sohn Karl Hagen-Stötzer.
„[…] Erst in den Marmorreliefs hat er konsequent versucht, durch Verkürzungen und Überschneidungen Räumlichkeit und Bewegung darzustellen. Seine Vorliebe für Einfachheit und Überschaubarkeit läßt ihn besonders darauf achten, daß durch kontinuierlichen Fluß der Umrisse und oragabischen Zusammenhang der Körperformen eine klare Bildordnung entsteht.Es ist erstaunlich, welche Monumentalität trotz des kleinen Formats von diesen Kompositionen ausstrahlt, deren schönste die Johannes Bobrowski gewidmete Große Liegende ist.“[7]
„Der Figurenbildner Stötzer, der auch zeichnend immer den Körperhaltungen und Umrisslinien nachspürte, war zugleich höchst empfänglich für Landschaften, die ja auch Lebensräume der Menschen sind. Er umschrieb Landschaft dann wieder mit Hilfe der Menschenfigur – Werra und Saale, Wegzeichen, Seezeichen, Märkisches Tor.“[8]
über das eigene Schaffen
„Mein Inhalt ist weder der Himmel noch die Hölle, es ist der Mensch.“[9]
„[…] saß ich vor dem Jungen der modelliert und abgegossen war. Stinklangweilig. Ich kriegte eine große Wut, eines Sonnabends. Dann nahm ich ein Beil, in der Wut hatte ich auch etwas getrunken, und haute dem ins Kreuz rein. Der Kopf fliegt hoch und schaut so nach oben. Das habe ich dann gelassen […] Und dann kam eine Ausstellung in der ich den Jungen zeigte, und da stand im ND oder irgend einer anderen Zeitung, daß der Junge zum Sputnik hochguckt. Das war herrlich. Das ist der zum Sputnik guckende Junge.“[10]
zum Schaffensprozess der Skulptur Sitzender Junge im Alter von 25 Jahren. Persönlich zitiert nach Ausstellungskatalog (hrsg. Ursel Berger). In: Prenzlberger Ansichten, Januar 2017.