Von 1989 bis 2004 war Rürup Leiter der Gedenkstätte Topographie des Terrors in Berlin. Aus Protest gegen die Verschleppungstaktik gegenüber dem Bauprojekt des Architekten Peter Zumthor seitens der zuständigen Behörden des Landes Berlin und des Bundes trat er von seinem Ehrenamt zurück.[4]
Um breiteren Bevölkerungsschichten, besonders Schülern und Jugendlichen, neue historische Forschungsergebnisse zu sowjetischen Kriegsopfern, deutschen Vernichtungsplänen vor 1941, deren ideologischen und gesellschaftlichen Wurzeln und der Beteiligung deutscher Führungseliten daran zu vermitteln, konzipierten Rürup und andere 1991 die Berliner Ausstellung Der Krieg gegen die Sowjetunion.[5]
Die Zeitschrift für Geschichtswissenschaft (ZfG) widmete ihre gesamte Ausgabe Nr. 5/2019 Reinhard Rürup und dessen Gedenken zu seinem ersten Todestag. Diese Schwerpunktausgabe In memoriam Reinhard Rürup (1934–2018) erschien zur Sonderveranstaltung In Erinnerung an Prof. Dr. Reinhard Rürup (27. Mai 1934 – 6. April 2018), die am 28. Mai 2019 im Dokumentationszentrum Topographie des Terrors stattfand.[10]
Seine Arbeiten erstreckten sich thematisch vom 18. Jahrhundert, zu dessen Geschichte er eine Biographie über Johann Jacob Moser vorlegte, bis zum deutschen Vernichtungskrieg gegen die Sowjetunion, dessen Ursachen und Verlauf er in einer historischen Ausstellung thematisierte. Er gehörte zu den ersten deutschen Historikern, die sich nach dem Zweiten Weltkrieg mit der Geschichte der Juden in Deutschland befassten.[11]
Monographien und Aufsatzsammlungen
Johann Jakob Moser. Pietismus und Reform (= Veröffentlichungen des Instituts für Europäische Geschichte Mainz. Abt. Universalgeschichte, Band 35). Franz Steiner, Wiesbaden 1965.
mit Peter Brandt: Volksbewegung und demokratische Neuordnung in Baden 1918/19. Zur Vorgeschichte und Geschichte der Revolution. Thorbecke, Sigmaringen 1991, ISBN 3-7995-4146-2.[12]
Deutschland im 19. Jahrhundert 1815–1871 (= Deutsche Geschichte. Band 8 = Kleine Vandenhoeck-Reihe. Band 1497). 2., durchgesehene und bibliographisch ergänzte Auflage. Vandenhoeck & Ruprecht, Göttingen 1992, ISBN 3-525-33584-9.
(unter Mitwirkung von Michael Schüring): Schicksale und Karrieren. Gedenkbuch für die von den Nationalsozialisten aus der Kaiser-Wilhelm-Gesellschaft vertriebenen Forscherinnen und Forscher (= Geschichte der Kaiser-Wilhelm-Gesellschaft im Nationalsozialismus. Band 14). Wallstein-Verlag, Göttingen 2008, ISBN 978-3-89244-797-9.
Der lange Schatten des Nationalsozialismus. Geschichte, Geschichtspolitik und Erinnerungskultur. Herausgegeben von Stefanie Schüler-Springorum. Wallstein-Verlag, Göttingen 2014, ISBN 978-3-8353-1530-3.
Revolution und Demokratiegründung. Studien zur deutschen Geschichte 1918/19. Herausgegeben von Peter Brandt und Detlef Lehnert, Wallstein Verlag, Göttingen 2020, ISBN 978-3-8353-3363-5.
Herausgeberschaften
mit Karin Hausen: Moderne Technikgeschichte (= Neue wissenschaftliche Bibliothek. Band 81). Kiepenheuer & Witsch, Köln 1975.
Wissenschaft und Gesellschaft. Beiträge zur Geschichte der Technischen Universität Berlin 1879–1979. Festschrift zum hundertjährigen Gründungsjubiläum der Technischen Universität Berlin. 2 Bände. Springer, Berlin 1979, ISBN 3-540-09672-8.
Das Dritte Reich hatte kein Problem mit den deutschen Historikern. In: Rüdiger Hohls, Konrad H. Jarausch (Hrsg.): Versäumte Fragen. Deutsche Historiker im Schatten des Nationalsozialismus. DVA, Stuttgart 2000, ISBN 3-421-05341-3, S. 267–280 (online), Interview mit Reinhard Rürup.
Michael Grüttner (Hrsg.): Geschichte und Emanzipation. Festschrift für Reinhard Rürup. Campus, Frankfurt am Main 1999, ISBN 3-593-36202-3.
Reinhard Rürup. Bibliographie. Herausgegeben von der Stiftung Topographie des Terrors, Redaktion Lovis Atze, Florian Gehringer, Ulrich Tempel, aus Anlass der Veranstaltung In Erinnerung an Prof. Dr. Reinhard Rürup (27. Mai 1934 – 6. April 2018) am 28. Mai 2019 im Dokumentationszentrum Topographie des Terrors. In der Bibliothek des Dokumentationszentrums erhältlich oder von dort beziehbar.
Michael Grüttner, Rüdiger Hachtmann, Heinz Gerhard Haupt: Für Reinhard Rürup. In: Dies. (Hrsg.): Geschichte und Emanzipation. Festschrift Reinhard Rürup, Frankfurt a. M. 1999, S. 11–14, hier: S. 11.