Im 16. Jahrhundert wurde die Bevölkerung von Markranstädt durch die Reformation protestantisch.
Erst zum Ende des 19. Jahrhunderts hin ließen sich im Zuge der Industrialisierung wieder Katholiken in Markranstädt nieder. Es handelte sich um Arbeiter, die vorwiegend aus Schlesien kamen. 1884 bildete sich eine römisch-katholische Kirchengemeinde in Markranstädt, ihre Gottesdienste fanden zunächst im Saal eines Gasthauses statt.
1895 begann der Bau der Kirche, die am 8. September 1896 durch den Apostolischen Präfekten von Meißen und Apostolischen Vikar in den Sächsischen Erblanden Ludwig Wahl geweiht wurde.
Hans Ulrich Felke (1928–2020), der als Johannes Felke angeredet wurde und von 1982 bis 2016 als Seelsorger in Markranstädt tätig war, war der letzte ortsansässiger Pfarrer von Markranstädt.[1]
2011 wurden die römisch-katholischen Kirchgemeinden Markranstädt und Leipzig-Grünau zusammengeschlossen, Sitz der Gemeinde wurde Leipzig-Grünau.[2][3]
Zuletzt gehörte die Kirche in Markranstädt zur Pfarrei St. Philipp Neri, zu der neben der Markranstädter Kirche auch die Leipziger Kirchen Liebfrauenkirche in Lindenau, St.-Hedwig-Kirche in Böhlitz-Ehrenberg und St. Martin-Kirche in Grünau gehörten.
Nachdem in den Jahren zuvor nur noch wenige Gläubige die Gottesdienste besuchten, fand am 18. September 2022 der letzte Gottesdienst statt. Die Stadt Markranstädt will das Pfarrhaus mit der Kirche für Verwaltungszwecke nutzen.
Die Kirchenbänke wurden von einer Kirchengemeinde in Polen übernommen, die Mutter-Gottes-Statue und der Kreuzweg sollen in der St.-Martin-Kirche in Leipzig-Grünau einen neuen Platz finden. Die Glocke bleibt im Dachreiter hängen.
