Nippold entstammte einer evangelisch-katholischen Mischehe. Sein Vater war Friedrich Wilhelm Nippold († 1882) und seine Mutter war die aus Delft stammende Helena van Koetsveld († 1860). Er wuchs in der Diasporasituation des rheinischen niederländischen Protestantismus auf. Nach dem Besuch der Schule seines Geburtsortes und des Gymnasiums begann er im Herbst 1856 ein Studium, welches er in Halle, Bonn, Amsterdam und Leiden absolvierte. Seit 1856 war er Mitglied der Burschenschaft Alemannia Halle.[1] 1860 promovierte er an der Universität Tübingen zum Doktor der Philosophie. 1861–1863 führte ihn eine orientalische Reise nach Ägypten und Palästina.
Seit 1865 in Heidelberghabilitiert, erwarb er sich im selben Jahr dort das Lizentiat der Theologie und wurde 1867 daselbst zum außerordentlichen Professor der theologischen Fakultät ernannt. Nachdem er 1870 die Ehrendoktorwürde der Universität Leiden erhalten hatte, wurde er 1871 in Bern zum ordentlichen Professor der Kirchengeschichte an der theologischen Fakultät ernannt. 1884 wechselte er als Karl von Hases Nachfolger auf den kirchengeschichtlichen Lehrstuhl an der Universität Jena und lehrte dort bis zu seiner Emeritierung 1907. Im Sommersemester 1887 sowie im Wintersemester 1903/04 amtierte er als Rektor der Alma Mater.
Nach frühen Arbeiten zur niederländischen Reformationsgeschichte beschäftigte sich Nippold später fast ausschließlich mit der Kirchengeschichte seines eigenen Jahrhunderts. Dabei nahm er zeitlebens zu aktuellen kirchenpolitischen Fragen Stellung. Sein Hauptwerk, die dritte Auflage des Handbuchs der neuesten Kirchengeschichte, ist in seinen Urteilen stark subjektiv geprägt, hat aber zeithistorischen Quellenwert. Nippold sah sich als Schüler von Richard Rothe, dessen erste Biographie er schrieb und dessen liberale Position er fortsetzte, auch als Mitglied im Deutschen Protestantenverein. Als Nationalliberaler bekämpfte er insbesondere den Ultramontanismus innerhalb der römisch-katholischen Kirche. Zu diesem Zwecke förderte er den Altkatholizismus und setzte sich erfolgreich für die Gründung der christkatholischen Fakultät in Bern ein. 1886 gehörte er zu den Gründern des Evangelischen Bundes zur Wahrung der deutsch-protestantischen Interessen und war bis 1906 Mitglied im Zentralvorstand sowie einer der fleißigsten Redner und Autoren. Er war ein Vertrauter des Großherzogs Carl Alexander (Sachsen-Weimar-Eisenach) und des preußischen Prinzen und späteren Kaisers Friedrich III.
Aus seiner Ehe mit Auguste von Wahl (* 1835 Dorpat; † 1903), der Tochter des Otto von Wahl auf Kawast und der Elisabeth von Krüdener, stammen Kinder. Man kennt:
Auguste Helene Elisabeth Nippold (* 5. August 1869 in Heidelberg) verheiratete sich am 10. Juni 1891 in Jena mit dem späteren Superintendenten in Calbe Oskar Friedrich Kohlschmidt (* 29. Januar 1865 in Rothenstein; † 14. September 1935 in Dorndorf/Saale). Aus der Ehe stammt unter anderem der Sohn Werner Kohlschmidt.
W. K. A. Nippold; Literat in Borken bei Kassel
Nach Augustes Tod heiratete Nippold 1907 Marie Berta geb. Möhling (1847–1922), die Witwe des Pfarrers Karl Schumacher. Er ist in Oberursel beigesetzt.[2]
Heinrich Niclaes und das Haus der Liebe. Ein monographischer Versuch aus der Secten-Geschichte der Reformationszeit. In: Zeitschrift für die historische Theologie 32 (1862), S. 323–402; 473–563.
David Ioris von Delft: sein Leben, seine Lehre und seine Secte: eine kirchenhistorische Monographie. [S.l.], [1863]
Der Jesuitenorden von seiner Wiederherstellung bis auf die Gegenwart, Mannheim 1867.
Karl Rudolf Hagenbach: Kirchengeschichte von der ältesten Zeit bis zum 19. Jahrhundert. 3 Bände, Leipzig 1885–1887.
Richard Rothe: Gesammelte Vorträge und Abhandlungen aus seinen letzten Lebensjahren. Elberfeld 1886.
Erinnerungen aus dem Leben des General-Feldmarschalls Hermann von Boyen. Leipzig 1889–1890.
Johann Anton Theiner und Augustin Theiner: Einführung der erzwungenen Ehelosigkeit bei den christlichen Geistlichen und ihre Folgen. Verlag der Hofbuchdruckerei, Altenburg 1828, Neubearbeitung durch Friedrich Nippold 1893.
Andreas Lindt: Die Fakultätsgründung von 1874. In: Hundert Jahre Christkatholisch-theologische Fakultät der Universität Bern, 1974, S. 2–12.
Armin Müller-Dreier: Konfession in Politik, Gesellschaft und Kultur des Kaiserreichs. Der Evangelische Bund 1886–1914. Gütersloh 1998.
Stefan Gerber: Die Universität Jena 1850–1914. In: Traditionen, Brüche, Wandlungen: die Universität Jena 1850–1995, 2009, S. 197–200.
Dagmar Drüll: Heidelberger Gelehrtenlexikon, Bd. 2: 1803–1932. Springer, Wiesbaden 2. [überarb. u. erweiterte] Aufl. 2019, ISBN 978-3-658-26396-6, S. 571 f.
Levensbericht van Dr. Friedrich Nippold. In: Jaarboek van de Maatschappij der Nederlandse Letterkunde. Leiden 1919, (niederländisch Online)
Franz Egon Rode: Die Universitätsburschenschaften im Kaiserreich. In: Christian Oppermann (Hrsg.): Darstellungen und Quellen zur Geschichte der deutschen Einheitsbewegung im neunzehnten und zwanzigsten Jahrhundert, Bd. 23, Universitätsverlag Winter, Heidelberg 2021, ISBN 978-3-8253-4727-7, S. 418