Hauer wurde 1866 Direktor der k.k. geologischen Reichsanstalt in Wien und fertigte zusammen mit anderen Mitarbeitern eine geologische Übersichtskarte von Österreich-Ungarn an, bestehend aus 12 Blättern im Maßstab 1:576.000. Die zugehörigen Erläuterungen sollten zunächst in einem gesamten Band erscheinen. Letztendlich wurde es als zweckmäßig angesehen, die Texte für jedes Blatt in den Jahrbüchern der k.k. geologischen Reichsanstalt zu veröffentlichen. Ein 1872 erschienener Index verzeichnete die im Kartenwerk verwendeten Namen von lithostratigraphischen Einheiten und regionalgeologischen Bezeichnungen.[4]
Begraben wurde Hauer in einem Ehrengrab auf dem Wiener Zentralfriedhof. Im Jahr 1917 wurde in Wien-Landstraße (3. Bezirk) die Franz-Hauer-Gasse nach ihm benannt. Nach deren Umbenennung (nun: Fritz-Henkel-Gasse) wurde im Jahr 2006, ebenfalls in Wien-Landstraße, der kleine Platz vor der Geologischen Bundesanstalt mit dem Namen Franz-Hauer-Platz versehen.
Franz von Hauer hatte zweimal geheiratet. Seine erste Frau war Rosa von Unkhrechtsberg. Diese Ehe endete nach nur kurzer Dauer durch ihren Tod. Mit päpstlicher Erlaubnis heiratete er ihre Schwester Luise. Aus dieser Verbindung ging eine Tochter hervor. Luise von Unkhrechtsberg verstarb früh und so endete auch diese Ehe nach kurzer Zeit. Zum Zeitpunkt seines Todes lebten noch seine Schwester Josephine und zwei Brüder. Diese Schwester betreute seinen Haushalt und versorgte ihn im letzten Lebensabschnitt, der durch eine tumorartige Wulst im Mund sehr erschwert war.[9]
Beiträge über die Palaeontolographie von Österreich (1858–1859).
mit Guido Stache: Geologie Siebenbürgens. Nach den Aufnahmen der k. k. geologischen Reichsanstalt und Literarischen Hülfsmitteln. Wilhelm Braumüller, Wien 1863 (Digitalisat).
Geologische Uebersichtskarte der österreichisch-ungarischen Monarchie. Nach den Aufnahmen der k.k. geologischen Reichsanstalt bearbeitet von Franz Ritter v. Hauer. (12 Blätter im Maßstab 1:576.000 und jeweilige Erläuterungen) In: Jahrbuch der k.k. geologischen Reichsanstalt, ab 1867 (Digitalisat der Erläuterungen von Blatt VIII Siebenbürgen, 23 (1873), S. 71–116)
Die Geologie und ihre Anwendung auf die Kenntnis der Bodenbeschaffenheit der Österr.-Ungar. Monarchie. 1. Auflage, Verlag Alfred Hölder, Wien 1875; (2. Auflage 1878, Digitalisat: Teil 1 und Teil 2).
Die Cephalopoden des bosnischen Muschelkalkes von Han Bulog bei Sarajevo. In: Denkschriften der kaiserlichen Akademie der Wissenschaften, mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse 1888, 54, 8 Tafeln, Wien 1888, S. 1–50 (zobodat.at[PDF]).
Geologische Karte von Oesterreich-Ungarn mit Bosnien-Hercegowina und Montenegro. Gezeichnet von Eduard Jahn (1896).
Titelblatt der Geologie Siebenbürgens von Hauer und Stache (erschienen 1863) Mitarbeiter war 1856 bis 1860 Ferdinand von Richthofen
Titelblatt des Berichts zum Kartenblatt 5 der Geologischen Übersichtskarte der Oesterreichischen Monarchie (1867)
Emil Tietze: Franz v. Hauer: sein Lebensgang und seine wissenschaftliche Thätigkeit. Ein Beitrag zur Geschichte der österreichischen Geologie. In: Jahrbuch der k.k. Geologischen Reichsanstalt. Jg. 49, 1900, S. 679–827 (Digitalisat; PDF; 10,3MB).
Günther Hamann, Walther E. Petrascheck: Franz von Hauer: Reiseberichte über eine mit Moriz Hoernes im Sommer 1848 unternommene Reise nach Deutschland, Frankreich, England und der Schweiz mit einer Subvention der Akademie der Wissenschaften zwecks Studien über geologische Landesaufnahmen. In: Veröffentlichungen der Kommission für Geschichte der Mathematik, Naturwissenschaften und Medizin, 43, 1985 (Digitalisat).
Manfred Leutner: Wissenschaftstheoretische Fallstudien zur Entwicklung der erdwissenschaftlichen Forschung in Österreich: Wilhelm Haidinger – Franz von Hauer – Otto Ampferer. In: Abhandlungen der Geologischen Bundesanstalt, 55, 1999, S. 1–92 (Digitalisat).
Thomas Hofmann, Thomas Kristen: Die Tagebücher Franz von Hauers von 1860 bis 1873: Hintergründiges, Privates und Unbekanntes aus der Pionierphase der k. k. Geologischen Reichsanstalt. In: Daniela Angetter, Bernhard Hubmann, Johannes Seidl (Hrsg.): Berichte der Geologischen Bundesanstalt, 96, 2012, S. 28–30 (Digitalisat).
Thomas Hofmann, Richard Lein: Ein Blick hinter die Kulissen: Aus Briefen von Dionys Stur an Franz von Hauer. In: Daniela Angetter, Bernhard Hubmann, Johannes Seidl (Hrsg.): Berichte der Geologischen Bundesanstalt, 103, 2013, S. 51–55 (Digitalisat).
Brigitta Mader: Die Prähistorische Kommission der Kaiserlichen Akademie der Wissenschaften 1878–1918. Verlag der österreichischen Akademie der Wissenschaften, Wien 2018 (Mitteilungen der Prähistorischen Kommission der Österreichischen Akademie der Wissenschaften; 86), ISBN 978-3-7001-7768-5, S. 77.