Nach dem Abitur in Bremen studierte er von 1979 bis 1987 an der Hochschule der Künste und der Technischen Universität Berlin Schulmusik und Germanistik. Bereits während seines Studiums arbeitete er als Regie-Assistent von Harry Kupfer an mehreren seiner Produktionen mit. Zwischen 1987 und 1993 war er als Regieassistent und Abendspielleiter an der Oper Köln fest engagiert.
Erste Regiearbeiten entstanden ab 1988 im Rahmen seiner Lehrtätigkeit an der Opernschule der Kölner Hochschule für Musik (bis 1992). Seine internationale Karriere begann noch während seiner Assistenzzeit 1992 mit dem Sensationserfolg seiner Inszenierung von Richard Strauss’ Die Frau ohne Schatten in Genf, die von der Fachzeitschrift Opernwelt zur Inszenierung des Monats gekürt wurde sowie nach ihrer Übernahme ans Théâtre du Châtelet in Paris 1994 den französischen Kritikerpreis erhielt. Seit 1993 inszenierte Homoki an vielen europäischen Opernhäusern und auch in Tokyo. Von 1993 bis 2002 war Homoki als freiberuflicher Regisseur tätig.
Seit Beginn der Spielzeit 2012/13 ist Andreas Homoki Intendant des Zürcher Opernhauses,[3] das unter seiner Leitung bei den Britischen International Opera Awards 2014 zur „Opera Company of the Year“ gewählt wurde. 2019 wurde das Opernhaus Zürich von der Zeitschrift OPER! als "Bestes Opernhaus" ausgezeichnet.
Andreas Homokis Inszenierung der Uraufführung von Heinz Holligers Oper Lunea wurde 2018 in der Kritikerumfrage der Opernwelt als „Uraufführung des Jahres“ ausgezeichnet. Während der Corona-Pandemie 2020/21 kamen zwei seiner Inszenierungen als Live-Stream heraus: Simon Boccanegra (Live auf ARTE) sowie Hoffmanns Erzählungen.
Thomas Flierl (Herausgeber): Andreas Homoki. Ein Jahrzehnt Musiktheater an der Komischen Oper Berlin. Theater der Zeit, Berlin 2012, ISBN 978-3-942449-34-2.
