Morphotyp der Klasse ''Caudoviricetes'' Aus Wikipedia, der freien Enzyklopädie
Die morphologisch begründete (nicht-taxonomische) Gruppe der Podoviren (englischpodoviruses, früher auch Morphotyp C genannt) umfasst eine Reihe von Familien, Unterfamilien und Gattungen von Viren mit einem linearen Molekül doppelsträngiger DNA (dsDNA) von 16 bis 70kBp Länge als Genom.
Ihre Morphologie ist gekennzeichnet durch ein 50–70nm im Durchmesser großes ikosaedrischesKapsid mit einem kurzen, nicht-kontraktilen Schwanzteil von ca. 20×8nm. Je nach Gattung befinden sich am Schwanzteil sechs kurze Schwanzfibern oder mehrere kurze Fortsätze (spikes), Podoviren vom Subtyp 1 haben dagegen keine Anhängsel an Kopf und Schwanz.[2] Das kurze Schwanzteil ist innerhalb der Gruppe der Prokaryoten infizierenden dsDNA-Viren mit Kopf-Schwanz-Struktur charakteristisch für die Podovirien, daher leitet sich der Name für den Morphotyp von griechischποδόςpodos, deutsch ‚Fuß‘ ab.
Die Gattungen der Podovirien unterscheiden sich hinsichtlich der Organisation des Genoms, den Mechanismen der DNA-Verpackung und dem Vorhandensein einer DNA-Polymerase. Die Spezies der Gattung Salasvirus (früher Phi29virus, Phi29likevirus, Φ29-ähnliche Viren) besitzen im Gegensatz zu den anderen ein langgestrecktes, nicht-isometrisches Kapsid. Sie wurde 2021 in die neue Familie Salasmaviridae der Caudoviricetes verschoben.
Die Gruppe galt lange Zeit als ein Virustaxon im Rang einer Virusfamilie mit der Bezeichnung Podoviridae.
Im März 2021 wurde vorgeschlagen, diese Familie mitsamt der Ordnung Caudovirales wegen fehlender Monophylie aufzulösen und (wie damals bereits z.T. geschehen) durch neu zu schaffende Familien zu ersetzen, damit neue Ergebnisse aus der Metagenomik in die Taxonomie aufgenommen werden können.[3]
Das International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) hat dem im März 2022 entsprochen.[1]
Gemäß Vorschlag bleibt die Bezeichnung „Podoviren“ (englischpodoviruses) aber als informeller Sammelbegriff morphologisch ähnlicher Prokaryotenviren mit einem linearen Doppelstrang-DNA-Genom erhalten.[3]
Die folgende Systematik nach ICTV (Stand Mai/Juni 2024)[4][5] umfasst nur einen Teil der zugehörigen Spezies bzw. Viren.
Nicht-taxonomische Gruppe Podoviren (englischpodoviruses, auch Caudoviricetes „Morphotyp C“)
OrdnungCrassvirales (früher crAss-like viruses, crAss-like phages, de crAssphagen) mit zirkulärem Genom, ursprünglich als Mitglieder der ehemaligen Familie Podoviridae vorgeschlagen. Phage crAss001 wurde kultiviert und hat Myoviren-Morphologie, ob dies für alle Mitglieder der Ordnung gilt, ist allerdings nicht gesichert.[6][7][8][3][9][10]
Unterfamilie Asinivirinae mi Gattung Kehishuvirus (Spezies Kehishuvirus primarius, früher K. cr59 mit Phage crAss001)
Familie Suoliviridae
Unterfamilie Bearivirinae
Unterfamilie Boorivirinae
Unterfamilie Loutivirinae
Unterfamilie Oafivirinae
Unterfamilie Uncouvirinae
ohne zugewiesene Unterfamilie (1 Gattung)
Familie „Jelitoviridae“ (vorgeschlagen)
Familie „Tinaiviridae“ (vorgeschlagen)
Ordnung Kirjokansivirales (Archaeen-Viren mit Kopf-Schwanz-Struktur mit Podo- und Siphoviren-Morphologie, hier nur die Podoviren-Familie(n))[14]
Familie Shortaselviridae (Podoviren)
Podoviren ohne aktuelle Ordnungszuweisung
Familie Autographiviridae (frühere Unterfamilie Autographivirinae der damaligen Podoviren-Familie, inklusive der Gattungen Aqualcavirus und Bifseptvirus)
Spezies Callevirus phi38una, mit Cellulophaga-Phage phi38:1 und Cellulophaga-Phage phi40:1 – Wirte: Cellulophaga sp. NN016038 respektive C. sp. NN015840[29]
Familie Saffermanviridae – eine Familie von Cyanophagen
Spezies Lederbergvirus BTP1 (Salmonella-Virus BTP1), mit Salmonella-Phage BTP1
Spezies Lederbergvirus HK620 (Escherichia-Virus HK620), mit Enterobacteria-Phage HK620
Spezies Lederbergvirus P22 (Salmonella-Virus P22), mit Salmonella-Phage P22 alias Bakteriophage P22 und Salmonella-Phage epsilon34 alias Bakteriophage ε34 oder Salmonella-Phage34[42][43][44]
Spezies Lederbergvirus SE1Spa (Salmonella-Virus SE1Spa), mit Salmonella-Phage SE1Spa
Spezies Lederbergvirus Sf6 (Shigella-Virus Sf6), mit Shigella-Phage Sf6
Spezies Lederbergvirus ST64T (Salmonella-Virus ST64T), mit Salmonella-Phage ST64T
Spezies „Pseudoalteromonas phage vB_PtuP_Slicky01“ mit Phage Slicky[61]
Verschiebungen:
Die Gattung Nonanavirus wurde den Siphoviren zugeordnet.
Einige (vom ICTV bereits offiziell registrierte) Phagen mit Podoviren-Morphotyp wie Roseobacter-Virus SIO1 (mit Phage SIO1) und Vibrio-Virus VpV262 (mit Phage VpV262) sind zwar evolutionär mit den Autographiviridae verwandt, enthalten jedoch anders als diese keine phagenkodierte RNA-Polymerase und zeigen auch größere Unterschiede auf der Ebene der Genomorganisation.[62][63]
Für die früher aufgrund ihrer Morphologie der Podoviren-Familie zugeordneten crAssphagen wurde inzwischen eine eigene Ordnung Crassvirales innerhalb der Klasse Caudoviricetes gestellt.[3]
C.M. Fauquet, M.A. Mayo etal.: Eighth Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses. London / San Diego 2004.
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A.N. Shkoporov, S.R. Stockdale, E.M. Adriaenssens, N. Yutin, E.V. Koonin, B.E. Dutilh, M. Krupovic, R.A. Edwards, I. Tolstoy, C. Hill: 2020.039B.Ud.v1.Crassvirales.docx@1@2Vorlage:Toter Link/talk.ictvonline.org(Seite nicht mehr abrufbar, festgestellt im Dezember 2022. Suche in Webarchiven)Info: Der Link wurde automatisch als defekt markiert. Bitte prüfe den Link gemäß Anleitung und entferne dann diesen Hinweis., 2020.039B.Ud.v1.Crassvirales.xlsx@1@2Vorlage:Toter Link/talk.ictvonline.org(Seite nicht mehr abrufbar, festgestellt im Dezember 2022. Suche in Webarchiven)Info: Der Link wurde automatisch als defekt markiert. Bitte prüfe den Link gemäß Anleitung und entferne dann diesen Hinweis. Proposal: Create one new order (Crassvirales) including six new families, ten new subfamilies, 78 new genera and 279 new species. 6. Dezember 2020
Andrey N. Shkoporov etal.: Proposal 2021.022B. crAss-like phages Study Group. Create one new order (Crassvirales) including four new families, ten new subfamilies, 42 new genera and 73 new species (Caudoviricetes). Stand: 13. Mai 2021.
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Janina Rahlff, Matthias Wietz, Helge-Ansgar Giebel, Oliver Bayfield, Emelie Nilsson, Kristofer Bergström, Kristopher Kieft, Karthik Anantharaman, Mariana Ribas-Ribas, Hannah D. Schweitzer, Oliver Wurl, Matthias Hoetzinger, Alfred Antson, Karin Holmfeldt: Ecogenomics and cultivation reveal distinctive viral-bacterial communities in the surface microlayer of a Baltic Sea slick. In. Oxford Academic: ISME Communications, Band 3, Nr.1, Dezember 2023, S.97; doi:10.1038/s43705-023-00307-8 (englisch).
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