2004 gründete er gemeinsam mit Jörg Ohlemacher das Institut zur Erforschung von Evangelisation und Gemeindeentwicklung (IEEG) in Greifswald und wurde nach Ohlemachers Emeritierung alleiniger Direktor des Institutes. Auch nach seiner Verabschiedung in den Ruhestand im Juli 2021 führte er das Institut bis September 2022 weiter.[2] Herbst ist außerdem Mitglied des Kuratoriums des Theologischen Studienhauses Greifswald sowie von ProChrist.[3] von April 2009 bis 2013 war Herbst Prorektor der Universität Greifswald und zuständig für den Bereich Studium. Er ist Universitätsprediger und Behindertenbeauftragter der Universität.
Herbst publizierte überwiegend zu Fragen des Gemeindeaufbaus, der Homiletik und der medizinischen Ethik. Er ist Mitherausgeber der Fachzeitschrift Theologische Beiträge und Mitherausgeber von „Kerygma und Dogma“ und „Brennpunkt Gemeinde“. Er ist Mitglied im Theologischen Ausschuss der VELKD und der AMD, Mitglied im International Research Consortium for Congregational Studies and Social Sciences und in der Akademie für Ethik in der Medizin.[4] Von 2006 bis 2020 war er Referent bei acht großen Kongressen der Willow-Creek-Bewegung.[5]
Michael Herbst ist verheiratet, hat vier Kinder und lebt mit seiner Frau in Viereth-Trunstadt.
mit Birgit Winterhoff: Von Lausanne nach Kapstadt. Der dritte Kongress für Weltevangelisation, 2011, ISBN 978-3-7615-5880-5.
mit Frieder Dünkel und Thomas Schlegel als Hrsg.: Think Rural! Dynamiken des Wandels in peripheren ländlichen Räumen und ihre Implikationen für die Daseinsvorsorge. Springer VS 2014, ISBN 978-3-658-03930-1.
mit Patrick Todjeras: Verwurzelt! Gemeinsam Jesus und dem Leben auf der Spur, SCM Hänssler, Holzgerlingen 2020, ISBN 978-3-7751-6042-1.
mit Thomas Härry (Hrsg.): Von der dunklen Seite der Macht. Was Führung gefährdet und was sie schützt, Gerth Medien, Aßlar 2022, ISBN 978-3-95734-831-9.
mit Andreas C. Jansson, David Reißmann, Patrick Todjera: Evangelisation. Theologische Grundlagen, Zugänge und Perspektiven (= Mission und Kontext, Bd. 3). Evangelische Verlagsanstalt, Leipzig 2024, ISBN 978-3-374-07514-0.
