Sinorhizobium

Sinorhizobium/Ensifer és un gènere de bacteris que fan la fixació del nitrogen (rhizobia), tres dels quals (Sinorhizobium meliloti,^[17][18] Sinorhizobium medicae^[19] i Sinorhizobium fredii^[20]) han estat seqüenciats.

Sinorhizobium

Sinorhizobium fredii tinció amb USDA257 sobre una placa agar.
Dades
Tinció de Gram	gramnegatiu
Taxonomia
Regne	Pseudomonadati
Fílum	Pseudomonadota
Classe	Alphaproteobacteria
Ordre	Hyphomicrobiales
Família	Rhizobiaceae
Gènere	Sinorhizobium
Tipus taxonòmic	Sinorhizobium fredii/Ensifer adhaerens
Espècies[1][2][3]
Sinorhizobium abri Ogasawara et all. 2003[4][5] Ensifer adhaerens Casida 1982[6] Sinorhizobium americanum corrig. Toledo et al. 2003[7] Sinorhizobium arboris Nick et al. 1999[8] Sinorhizobium chiapanecum Rincón-Rosales et al. 2009[9] Sinorhizobium fredii Scholla and Elkan 1984 emend. De Lajudie et al. 1994[10] Ensifer garamanticusMerabet et al. 2010[11] Sinorhizobium indiaense Ogasawara et all. 2003[4][5] Sinorhizobium kostiense Nick et al. 1999[8] Sinorhizobium kummerowiae Wei et al. 2002[12] Sinorhizobium medicae Rome et al. 1996[13] Sinorhizobium meliloti (Dangeard 1926) De Lajudie et al. 1994[14] Ensifer mexicanus Lloret et al. 2007[15] Ensifer numidicus Merabet et al. 2010[11] Sinorhizobium saheli De Lajudie et al. 1994[14] Ensifer sojae Li et al. 2010[16] Sinorhizobium terangae corrig. De Lajudie et al. 1994[14]

Etimologia

Sinorhizobium és una ombinació del llatí medieval sino, -a (que significa "Xina"), el grec rhizo, -a (que significa "arrel"), i el neollatí bios (que significa "vida"). Per tal en conjunt significa "un bacteri que viu a les arrels a la Xina".^[10][21]

Ensifer prové del terme del neollatí ensifer, que significa "que porta espasa".^[6]

Nom acceptat

El mom Ensifer es va publicar l'any 1982 i el nom Sinorhizobium es va publicar el 1988. Per les regles del Codi Bacteriològic (Revisió de 1990) del International Committee on Systematics of Prokaryotes (ICSP), el nom més antic (Ensifer) té prioritat.^[22] Tanmateix tots dos noms continuen sent usats en la bibliografia científica, sent el de Sinorhizobium el més comú.

Filogènia

La taxonomia actual està basada en la List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN)^[1][2] and National Center for Biotechnology Information (NCBI)^[23] i la filogènia es basa en el The All-Species Living Tree Project^[24]

Ensifer mexicanus Lloret et al. 2011 Sinorhizobium terangae De Lajudie et al. 1994 Sinorhizobium saheli De Lajudie et al. 1994 Sinorhizobium kostiensis Nick et al. 1999 Sinorhizobium kummerowiae Wei et al. 2002 Sinorhizobium fredii (Scholla and Elkan 1984) Chen et al. 1988[25] Sinorhizobium americanum corrig. Toledo et al. 2004 Sinorhizobium arboris Nick et al. 1999 Ensifer garamanticus Merabet et al. 2010 Sinorhizobium meliloti (Dangeard 1926) De Lajudie et al. 1994 Ensifer numidicus Merabet et al. 2010 Ensifer adhaerens Casida 1982[25]

Referències

1. J.P. Euzéby. «Sinorhizobium». List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN) . Arxivat de l'original el 2012-03-19. [Consulta: 2 maig 2012].
2. J.P. Euzéby. «Ensifer». List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN) . Arxivat de l'original el 2012-03-19. [Consulta: 2 maig 2012].
3. Garrity, George M.; Brenner, Don J.; Krieg, Noel R.; Staley, James T. (eds.). Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, Volume Two: The Proteobacteria, Part C: The Alpha-, Beta-, Delta-, and Epsilonproteobacteria. New York, New York: Springer, 2005, p. 354–361. ISBN 978-0-387-24145-6.
4. Ogasawara, M., Suzuki, T., Mutoh, I., Annapurna, K., Arora, N. K., Nishimura, Y., and Maheshwari, D. K. «Sinorhizobium indiaense sp. nov. and Sinorhizobium abri sp. nov. isolated from tropical legumes, Sesbania rostrata and Abrus precatorius, respectively». Symbiosis, 34, 1, 2003, pàg. 53–68.
5. Because no type strains have been submitted to international culture collections, these are not currently recognized as valid species.
6. L. E. Casida, Jr. «Ensifer adhaerens gen. nov., sp. nov.: A Bacterial Predator of Bacteria in Soil». Int J Syst Bacteriol, 32, 3, 1982, pàg. 339–345. DOI: 10.1099/00207713-32-3-339.^{[Enllaç no actiu]}
7. Toledo, I., Lloret, L., and Martínez-Romero, E. «Sinorhizobium americanus sp. nov., a new Sinorhizobium species nodulating native Acacia spp. in Mexico». Syst Appl Microbiol, 26, 1, 2003, pàg. 54–64. DOI: 10.1078/072320203322337317. PMID: 12747410.
8. Nick, G., de Lajudie, P., Eardly, B. D., Suomalainen, S., Paulin, L., Zhang, X., Gillis, M., and Lindström, K «Sinorhizobium arboris sp. nov. and Sinorhizobium kostiense sp. nov., isolated from leguminous trees in Sudan and Kenya». Int J Syst Bacteriol, 49, Pt. 4, 1999, pàg. 1359–1368. Arxivat de l'original el 2008-07-06. DOI: 10.1099/00207713-49-4-1359. PMID: 10555313 [Consulta: 23 gener 2013]. Arxivat 2008-07-06 a Wayback Machine.
9. Reiner Rincón-Rosales, Lourdes Lloret, Edith Ponce, and Esperanza Martínez-Romero «Rhizobia with different symbiotic efficiencies nodulate Acaciella angustissima in Mexico, including Sinorhizobium chiapanecum sp. nov. which has common symbiotic genes with Sinorhizobium mexicanum». Syst Appl Microbiol, 67, 1, 2009, pàg. 103–117. DOI: 10.1111/j.1574-6941.2008.00590.x. PMC: 2784085. PMID: 19120461.^{[Enllaç no actiu]}
10. Chen, W. X., Yan, G. H., and Li, J. L. «Numerical taxonomic study of fast-growing soybean rhizobia and a proposal that Rhizobium fredii be assigned to Sinorhizobium gen. nov». Int J Syst Bacteriol, 38, 4, 1988, pàg. 392–397. DOI: 10.1099/00207713-38-4-392.^{[Enllaç no actiu]}
11. C. Merabet, M. Martens, M. Mahdhi, F. Zakhia, A. Sy, C. Le Roux, O. Domergue, R. Coopman, A. Bekki, M. Mars, A. Willems and P. de Lajudie «Multi Locus Sequence Analysis of root nodule isolates from Lotus arabicus (Senegal), Lotus creticus, Argyrolobium uniflorum and Medicago sativa (Tunisia) and description of Ensifer numidicus sp. nov. and Ensifer garamanticus sp. nov». Int J Syst Evol Microbiol, (Epub ahead of print), Pt 3, 2009, pàg. 1–33. DOI: 10.1099/ijs.0.012088-0. PMID: 19656922.^{[Enllaç no actiu]}
12. Wei, G. H., Wang, E. T., Tan, Z. Y., Zhu, M. E, and Chen, W. X. «Rhizobium indigoferae sp. nov. and Sinorhizobium kummerowiae sp. nov., respectively isolated from Indigofera spp. and Kummerowia stipulacea». Int J Syst Evol Microbiol, 52, Pt. 6, 2002, pàg. 2231–2239. Arxivat de l'original el 2007-02-10. DOI: 10.1099/ijs.0.02030-0. PMID: 12508892 [Consulta: 23 gener 2013]. Arxivat 2007-02-10 a Wayback Machine.
13. Rome, S., Fernandez, M. P., Brunel, B., Normand, P., Cleyet-Marel, J. C. «Sinorhizobium medicae sp. nov., isolated from annual Medicago spp». Int J Syst Bacteriol, 46, 4, 1996, pàg. 972–980. Arxivat de l'original el 2008-09-06. DOI: 10.1099/00207713-46-4-972. PMID: 8863426 [Consulta: 23 gener 2013]. Arxivat 2008-09-06 a Wayback Machine.
14. Philippe de Lajudie, Anne Willems, Bruno Pot, Dirk Dewettinck, Gloria Maestrojuan, Marc Neyra, Matthew David Collins, Bernard Dreyfus, Karel Kersters, and Monique Gillis «Polyphasic Taxonomy of Rhizobia: Emendation of the Genus Sinorhizobium and Description of Sinorhizobium meliloti comb. nov., Sinorhizobium saheli sp. nov., and Sinorhizobium teranga sp. nov». Int J Syst Bacteriol, 44, 4, 1994, pàg. 715–733. Arxivat de l'original el 2008-08-29. DOI: 10.1099/00207713-44-4-715 [Consulta: 23 gener 2013]. Arxivat 2008-08-29 a Wayback Machine.
15. Lloret, L., Ormeño-Orrillo, E., Rincón, R., Martínez-Romero, J., Rogel-Hernández, M. A., and Martínez-Romero, E. «Ensifer mexicanus sp. nov. a new species nodulating Acacia angustissima (Mill.) Kuntze in Mexico». FEMS Microbiology Ecology, 30, 4, 2007, pàg. 280–290. DOI: 10.1016/j.syapm.2006.12.002. PMID: 17293074.
16. Li, Q. Q, Tao Wang, E. T., Chang, Y. L., Zhang, Y. Z., Zhang, Y. M., Sui, X. H., Chen, W. F., and Chen, W. X. «Ensifer (Sinorhizobium) sojae sp. nov., isolated from root nodules of Glycine max grown in saline-alkaline soils in Hebei province of China». Int J Syst Evol Microbiol, 49, 8, 2010, pàg. 1359–1368. DOI: 10.1099/ijs.0.025049-0. PMID: 20851917.
17. Galibert, F. et al. «The composite genome of the legume symbiont Sinorhizobium meliloti». Science, 293, 5530, 2001, pàg. 668–672. DOI: 10.1126/science.1060966. PMID: 11474104.
18. NCBI Genome Page for Sinorhizobium meliloti
19. NCBI Genome Page for Sinorhizobium medicae
20. Rhizobium sp. strain NGR234 possesses a remarkable number of secretion systems.
21. «List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature—Genus Sinorhizobium». Arxivat de l'original el 2012-03-19. [Consulta: 23 gener 2013].
22. Young, J. M. «The genus name Ensifer Casida 1982 takes priority over Sinorhizobium Chen et al. 1988, and Sinorhizobium morelense Wang et al. 2002 is a later synonym of Ensifer adhaerens Casida 1982. Is the combination Sinorhizobium adhaerens (Casida 1982) Willems et al. 2003 legitimate? Request for an Opinion». Int J Syst Bacteriol, 53, 6, 2003, pàg. 2107–2110. Arxivat de l'original el 2009-02-11. DOI: 10.1099/ijs.0.02665-0 [Consulta: 23 gener 2013]. Arxivat 2009-02-11 a Wayback Machine.
23. Sayers et al. «Sinorhizobium/Ensifer group». National Center for Biotechnology Information (NCBI) taxonomy database . [Consulta: 2 maig 2012].
24. All-Species Living Tree Project.«16S rRNA-based LTP release 106 (full tree)». Silva Comprehensive Ribosomal RNA Database . Arxivat de l'original el 2012-05-07. [Consulta: 2 maig 2012].
25. Aquestes són les espècies tipus del gènere depenent del nom del gènere preferit.