From Wikipedia, the free encyclopedia
Domen nepoznate funkcije (DUF) je proteinski domen koji nema okarakteriziranu funkciju. Ove porodice su prikupljene zajedno u bazi podataka Pfam, koristeći prefiks DUF iza kojeg slijedi broj, s primjerima DUF2992 i DUF1220. Od 2019. godine, u bazi podataka Pfam postoji gotovo 4.000 porodica DUF-a, što predstavlja preko 22% poznatih porodica. Neki DUF-ovi nisu imenovani prema nomenklaturi zbog popularne upotrebe, ali su ipak DUF-ovi.[1]
Oznaka DUF je okvirna, pa se takve porodice obično preimenuju u određenije ime (ili spoje u postojeći domenu nakon što je funkcija identificirana.[2][3]
Strukturnogenomički programi pokušali su razumjeti funkciju DUF-a putem određivanja strukture. Strukture više od 250 porodica DUF su riješene. Ovaj rad (2009.) pokazao je da je oko dvije trećine DUF porodica imalo strukturu sličnu prethodno riješenoj i stoga vjerovatno bili različiti članovi postojećih proteinskih superporodica, dok je oko jedne trećine posjedovalo novi protein.[4]
Neke porodice DUF-a dijele homologiju udaljenih sekvenci s domenima koje karakteriziraju funkciju. Računarski rad se može koristiti za povezivanje ovih odnosa. Rad iz 2015. uspio je dodijeliti 20% DUF -ova karakterističnim strukturnim porodicama.[5] Pfam također kontinuirano obavlja (ručno provjerene) dodjele u unosima "porodice" nadporodici.[1]
Više od 20% svih proteinskih domena označeno je kao DUF u 2013. Oko 2.700 DUF -a se nalazi u bakterijama, u poređenju sa nešto više od 1.500 u eukariotima. Preko 800 DUF -a se dijeli između bakterija i eukariota, a oko 300 ih je prisutno i u arhejama. Ukupno 2.786 bakterijskih Pfam domena čak se javlja kod životinja, uključujući 320 DUF-a.[6]
Mnogi DUF-ovi su visoko konzervirani, što ukazuje na važnu ulogu u biologiji. Međutim, mnogi takvi DUF-ovi nisu bitni, pa njihova biološka uloga često ostaje nepoznata. Naprimjer, DUF143 je prisutan u većini bakterijskih i eukariotskih genoma]].[7] Međutim, kada je deletiran u Escherichia coli nije otkriven očigledan fenotip. Kasnije se pokazalo da su proteini koji sadrže DUF143, ribosomski faktori utišavanja koji blokiraju sklop dvije ribosomske podjedinice.[7] Iako ova funkcija nije bitna, pomaže da se ćelije prilagođavaju uvjetima s niskim hranjivim tvarima zatvaranjem biosinteze proteina. Kao rezultat toga, ti proteini i DUF postaju relevantni tek kad ćelije gladuju.[7] Stoga se vjeruje da su mnogi DUF (ili proteini nepoznate funkcije, PUF) potrebni samo pod određenim uvjetima.
Goodacreet al. identificirali su DUF-ovea u 355 esencijalnih proteina (u 16 modelnih vrsta bakterija), od kojih većina predstavlja proteine s jednim domenom, čime je jasno utvrđena biološka esencija DUF-a. Ovi DUF-ovi se nazivaju "esencijalni DUF-ovi" ili eDUF-ovi.[6]
Seamless Wikipedia browsing. On steroids.
Every time you click a link to Wikipedia, Wiktionary or Wikiquote in your browser's search results, it will show the modern Wikiwand interface.
Wikiwand extension is a five stars, simple, with minimum permission required to keep your browsing private, safe and transparent.