Pfam

Pfam je baza podataka porodica proteina koja uključuje njihove napomene i višestruka poravnanja sekvenci generirana korištenjem skrivenih Markovljevih modela.^[1][2][3] Najnovija verzija, Pfam 34.0, objavljena je u martu 2021. i sadrži 19.179 porodica.^[4]

Opća svrha Pfam baze podataka je da pruži potpunu i tačnu klasifikaciju porodica i domena proteina.^[5] Prvobitno, razlog za kreiranje baze podataka bio je da postoji poluautomatska metoda prikupljanja informacija o poznatim porodicama proteina kako bi se poboljšala efikasnost označavanja genoma. ^[6] Pfam klasifikacija porodica proteina je široko prihvaćena od strane biologa zbog široke pokrivenosti proteina i razumnih konvencija imenovanja.^[7]

Za svaku porodicu u Pfamu može se:

• Pogledati opis porodice
• Pogledati višestruka poravnanja
• Pogledati arhitekture proteinskih domena
• Ispitati distribuciju vrsta
• Pratiti veze do drugih baza podataka
• Pogledati poznate strukture proteina