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研究生物之间的亲缘关系和演化规律的学科 来自维基百科，自由的百科全书
系统发生学（英語：phylogenetics）又称种系发生学、谱系发生学、亲缘关系学，简称谱系学或發生學，是研究及推理生物个体或群体（例如物种或种群）间演化史及关系的科学方法，属于系统分类学[註 1]的一部分。
| 上级分类 | 系統分類學、演化生物学  |
|---|---|
| 研究對象 | 种系发生、演化 |
| 特性 | 系统发生命名法 |
| 从业者 | phylogeneticist |
| Stack Exchange標籤 | https://stackoverflow.com/tags/phylogeny |
 | 此條目需要精通或熟悉相关主题的编者参与及协助编辑。 (2014年4月4日) |
系统发生学的推理方法，通常在性状演变的特定模型下，评估可观察到的遗传性状（例如DNA序列或生物形态）来“假定”这些生物间的关系。这种分析推理方法的结果，就是系统发生（phylogeny）[註 2]，也称为系统发生树（phylogenetic tree）——可显示一群生物演化史的关系图解假说[3]。系统发生树的尖端可以是生物体或化石，且代表演化谱系中的现今生物或“末端”生物。
利用系统发生学来分析种系的基本原则是：两个演化支具有“相同的性状状态”是它们对于“共有祖先同一状态”的保留；而现存生物的性状就是演化史的纪录，可作为重建演化史的依据。由系统发生分析的原则，建构了支序分类学的基本逻辑；而系统发生分析已成为理解生物多样性、演化、生态学和基因组的核心。
系统发生学这个概念不单止用于生物种系的发生與发展，还会用在系统分类学各个层面的分类单元上面。它也会被用到某一性状在种系发生过程中的演化这一方面。
系统发生学的研究通过以下的手段实现：
通过这些数据，人们就可以为生物建立一棵系統發生樹（演化树），其中描述了各个物种之间可能有的亲缘关系。
系统发生学研究的最大困难是，系统发生学的进化过程是不能被直接通过观察和实验被证实的。所以各个方面的证据都要被综合起来分析。由于对这些证据的侧重不同，会经常造成有多个不同的演化树版本，例如原口类动物的几个门究竟是归到蜕皮动物（来自遗传学方面的证据）还是触手动物（形态学方面的证据）。
性状（特征）分为同源和同功两种。
同源特征证实了物种间的亲缘关系，是重构进化树的有力手段。同源现象在生物学中可以进一步分为直系同源（直系同源是指在不同物种中的某一基因來自同一祖先）和旁系同源（种系间的基因复制） 。
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