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巨尾魚亞目(學名:Giganturoidei)是輻鰭魚綱仙女魚目的一個亞目,為一類小型至中型的深海魚,身形纖長,具有大眼與頗長的口裂。其下包含兩個科:深海蜥魚科與巨尾魚科[1]。
巨尾魚亞目曾先後被歸為鯨頭魚目、燈籠魚科的近親[5],以及目前的仙女魚目。這個亞目最初僅包含現今所認定的巨尾魚科,後來美國魚類學家卡蘿·鮑德溫與大衛·強生(G. David Johnson)的比較解剖學研究也將深海蜥魚屬與深海似蜥魚屬劃進其中[2]。2001年,日本京都大學的佐藤友康於博士論文研究中將深海似蜥魚由巨尾魚亞目移至青眼魚亞目,並自成一科,自此巨尾魚亞目剩下深海蜥魚科與巨尾魚科。佐藤於翌年將他的研究與京都大學魚類學家中坊徹次合著為期刊論文並發表[1],而其後的相關研究也多所採用他們對巨尾魚亞目的分類觀點[6]。
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