原杉菌的化石最早發現於1843年[9],然而一直到了14年後才由加拿大地質學家約翰·威廉·道森(英语:John William Dawson)開始研究原杉菌的化石並進行發表,最初道森認為這個樣本屬於已經部分腐爛的松柏門植物組織,並且上面附生有正在分解組織的真菌[6]。1872年,蘇格蘭植物學家威廉·卡魯瑟斯質疑這項理論,並認為原杉菌的學名Prototaxites(意為「原始的紫杉」[10])應該要更名為Nematophycus(意思為「絲狀的藻類」[11])[6],不過這項行為已嚴重違反了生物的命名規約,因此無法實行[12]。道森雖然不斷堅持自己的理論,但是原杉菌的結構在微觀上顯示他的理論是站不住腳的,在這之後道森也不斷提議將原杉菌改名(改成 Nematophyton,意思為「絲狀的植物」),意圖掩蓋自己當年將原杉菌誤認為是一種樹木的事實[6],但是基於國際藻類、真菌、植物命名法規,原杉菌的學名已確立並且無法更改,縱使意思與事實相違背,此學名仍然沿用至今。
雖然有許多證據顯示原杉菌生活於陸地上[13][14],卡魯瑟斯當時認為它們其實為一種海生的藻類,1919年,英格蘭植物學家阿圖·哈里·查爾赫(英语:Arthur Harry Church)則指出他不應排除其為真菌的可能性。由於缺乏任何可與現存生物進行比較研究的組織特徵,各種理論都難以獲得支持[6],因此原杉菌的分類地位的謎團遲遲未解。直到2001年,經過20年的研究,美國國立自然史博物館的法蘭西斯·胡伯發表了一篇論文,提出證據表明原杉菌實屬一種真菌[6]。
這個理論最初受到了懷疑,但在之後出現了更多證據來支持這項理論[15]。2007年,由包括胡伯與芝加哥大學的C·凱文·博伊斯(英语:C. Kevin Boyce)所組成的研究團隊針對原杉菌化石進行了同位素分析[1],結果亦支持原杉菌屬於真菌,因為原杉菌的化石中含有多種碳的同位素,而行光合作用的植物與藻類則僅會有少數幾種特定的碳同位素,這代表原杉菌的生存仰賴多種而非單一的碳來源,為異營生物(植物等自營生物多半僅有單一來源,也就是透過光合作用取得),和現代的真菌一樣以吸收基質中的各種有機物維生[1]。原杉菌可能有十分龐大的地下菌絲網路來吸收足夠的營養支持其生長,亦可能具有菌絲索(英语:Mycelial cord)而有能力進行長距離的營養輸送[16]。
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