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被囊动物亚门（學名：Tunicata），舊稱尾索动物亚门（Urochordata[1][2]），是脊索动物门的一个亚门，全部是海洋动物。被囊动物的脊索和背神经管仅存于幼体尾部，成体退化消失，身体表面披有一层棕褐色植物性纤维质的囊包，裡面再有一層外套膜包裹。常见种类有各种海鞘和住囊虫，营自由生活或固着生活，有些种类有世代交替现象。
被囊动物與有頭類（包括盲鰻、七鰓鰻和有下頜的脊椎動物）的相關，比較與諸如文昌魚、棘皮動物、半索动物（hemichordates）、异涡虫（Xenoturbella）或其他無脊椎動物的相關更密切[3][4][5]。由於其結構相對簡單，被囊動物曾被認為是脊索動物的早期分支，但近年以分子支序親緣學分析基因組數據，較多研究支持頭索動物才是脊索動物的早期分支，而被囊動物則是脊椎動物的姊妹群。
包括有被囊动物亚门和脊索動物的支序叫做嗅球類（Olfactores）支序[6][7]。
被囊动物亚门包括約莫三千個已描述的物種[8]，傳統上分成下列三個綱：
- 海鞘纲（Ascidiacea ：Aplousobranchia、Phlebobranchia及Stolidobranchia）
- 樽海鞘纲（Thaliacea：Pyrosomida、Doliolida及Salpida）
- 尾海鞘纲（Appendicularia：Larvacea）
在2011年，一項有關濾食性海鞘及捕食性海鞘的分子支序親緣學研究將這些海鞘物種的rDNA進行排序，確認這些物種間的關係，原深水海鞘綱（Sorberacea）的成員都被併入到海鞘綱[9]的Molgulidae科中[10][11]。儘管傳統的分類仍然接受，較新的證據認為海鞘綱其實仍然是一個由並系群組成的人造群組[12][13]。
以下分支圖基於 Delsuc 及其同事 2018 年的系統基因組學研究[14]
| 被囊動物亞門 |
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有關本分類的化石物種從屬一直以來都有爭議：一來這些化石的年代非常久遠，難以保存；二來化石物種沒有現生種可透過分子生物學手段來分析，並借以釐清當中爭議。
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