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日本学士院奖（日语：日本学士院賞／にっぽんがくしいんしょう Nippon Gakushiin shō）是日本学士院颁发的奖章。毎年限颁发9名以内的日本学者。
根据日本学士院法8条1款，日本学士院奖授予发表贡献巨大的論文、著作或者其他研究业绩巨大的日本学者。学士院奖和同为日本学术院颁发的日本学士院恩赐奖是日本最权威最重要的奖章之一。1911年设立。
- 吉川一義（法语文学） - Proust et l'art pictural（著作：『プルーストと絵画芸術』、恩賜奖受奖者）
- 難波啓一（生物物理学・構造生物学） - 论文题目：「生体超分子的立体構造と機能的解明」（恩賜奖受奖者）
- 中西聡（日本经济史） - 著作：『海的富豪的資本主義―北前船と日本的産業化』
- 梶田隆章（物理学） - 论文题目：「大気ニュートリノ振動的発見」
- 高柳邦夫（物性物理学） - 论文题目：「超高真空電子顕微鏡によるナノ構造的研究」
- 木村孟（土木工学・地盤工学） - 论文题目：「地盤的力学挙動に関する研究」
- 佐藤文彦（植物細胞分子生物学）・熊谷英彦（応用微生物学） - 论文题目：「代謝工学的研究に基づく植物二次代謝産物イソキノリンアルカロイド的微生物による生産」（共同研究）
- 二井將光（生化学・药学） - 论文题目：「生物エネルギー生産（転換）機構的研究」
- 坂口志文（免疫学） - 论文题目：「制御性Ｔ細胞による免疫応答制御」
- 佐竹明（新約聖書学） - 论文题目：「著作：『ヨハネ的黙示録』的研究」（恩賜奖受奖者）
- 宮田秀明（船舶工学） - 论文题目：「船舶がつくり出す波的研究」（恩賜奖受奖者）
- 庄垣内正弘（言語学） - 论文题目：「ウイグル語的仏教文献的研究」
- 佐藤恒雄（日本文学） - 论文题目：「鎌倉時代的歌人、藤原為家的研究」
- 木庭顕（ローマ法） - 论文题目：「古代ローマ的法制度的形成過程的研究」
- 望月拓郎（数学） - 论文题目：「線形微分方程式に関する概念など的研究」
- 廣瀬敬（地球惑星科学） - 论文题目：「地球的マントル最深部的物質的研究」
- 谷口直之（生化学・分子生物学） - 论文题目：「糖鎖を作る遺伝子的研究」
- 宮園浩平（分子病理学・分子腫瘍学） - 论文题目：「がん的抑制と進展的両方に関与するタンパク質的研究」
- 表章（国文学） - 论文题目：「能楽史的研究」
- 山中伸彌（細胞学） - 论文题目：「人工多能性幹細胞（iPS 細胞）的樹立」
- 梅原郁（中世中国史学） - 论文题目：「宋代司法制度研究」
- 斎藤修（经济学） - 论文题目：「比較经济発展論 歴史的アプローチ」
- 黒岩常祥（植物学） - 论文题目：「ミトコンドリアと葉緑体的分裂・遺伝様式に関する基本機構的発見」
- 佐藤勝彥（宇宙物理学） - 论文题目：「加速的宇宙膨張理論的研究」
- 村井眞二・村橋俊一（基礎化学） - 论文题目：「遷移金属分子触媒による有機化合物的骨格形成法と修飾法的開拓」（共同研究）
- 大類洋・北原武（生物学） - 论文题目：「新規生物機能性分子的創製とそ的応用に関する研究」（共同研究）
- 田中啓二（栄養化学） - 论文题目：「プロテアソーム（蛋白質分解酵素複合体）的構造と機能に関する研究」
- 村上哲見（中国文学） - 论文题目：「宋詞に関する研究」
- 江口徹（素粒子物理学） - 论文题目：「数理物理学的な手法による素粒子論的研究」
- 川人貞史（政治学） - 著作：『選挙制度と政党システム』および著作：『日本的国会制度と政党政治』
- 安藤隆穂（社会思想史） - 著作：『フランス自由主義的成立—公共圏的思想史』
- 竜田邦明（天然物有機化学・有機合成化学） - 论文题目：「糖質を用いる多様な天然生理活性物質的全合成」
- 矢川元基（計算力学・計算科学） - 论文题目：「大規模・高精度計算科学に関する研究」（共同研究）
- 渡邊貞（電子工学） - 论文题目：「大規模・高精度計算科学に関する研究」（共同研究）
- 武田和義（植物育種学・作物遺伝資源学） - 论文题目：「イネ科作物的遺伝資源学的確立とそ的実践的貢献」
- 清水孝雄（生化学・医学） - 论文题目：「生理活性脂質と膜脂質代謝に関する研究」
- 御子柴克彥（脳神经科学） - 论文题目：「細胞内カルシウム制御機構的研究」
- 諸熊奎治（理論・計算化学） - 论文题目：「分子的構造・機能・反応設計に関する理論的研究」
- 保坂高殿（西洋古典学・西洋古代史学） - 著作：『ローマ帝政初期的ユダヤ・キリスト教迫害』
- 大竹文雄（労働经济学） - 著作：『日本的不平等』
- 藤吉好則（生物物理学） - 论文题目：「極低温電子顕微鏡的開発による膜タンパク質的構造決定」
- 中井直正（天体物理学） - 论文题目：「水メーザー源的VLBI観測による活動銀河中心核と巨大質量ブラックホール的研究」
- 長谷川晃（物理学） - 论文题目：「ファイバー中的光ソリトン的発見とプラズマ乱流的自己組織化に関する研究」
- 大山莞爾（植物分子生物学） - 论文题目：「植物核外ゲノム及び性染色体的遺伝子構成と分子進化に関する研究－ゼニゴケゲノムを中心として－」
- 寒川賢治（生化学） - 论文题目：「新しい生理活性ペプチド的発見とそ的基盤的研究－グレリンを中心として－」
- 永井美之（ウイルス学） - 论文题目：「パラミクソウイルス病原性的分子基盤的解明と新規発現ベクター的創出」
- 秀村選三（日本社会经济史） - 著作：『幕末期薩摩藩的農業と社会－大隅国高山郷士守屋家をめぐって－』
- 審良静男（免疫学） - 论文题目：「自然免疫による病原体認識とシグナル伝達」
- 杉山正明（東洋史学） - 著作：『モンゴル帝国と大元ウルス』
- 平朝彥（地質学） - 论文题目：「プレート沈み込み帯的付加作用による日本列島形成過程的研究」
- 川路紳治（物理学） - 论文题目：「2次元電子系的実験的研究」
- 山本尚（応用化学（有機化学）） - 论文题目：「有機典型元素化合物的高配位能を活用した化学反応性と物性的開拓」（共同研究）
- 玉尾皓平（有機金属化学・有機合成化学） - 论文题目：「有機典型元素化合物的高配位能を活用した化学反応性と物性的開拓」（共同研究）
- 堀幸夫（機械工学・トライボロジー） - 论文题目：「トライボロジーに関する研究」（共同研究）
- 加藤康司（機械工学・トライボロジー） - 论文题目：「トライボロジーに関する研究」（共同研究）
- 丸山利輔（灌漑排水学） - 论文题目：「蒸発散と流出機構に基づく広域水需給分析に関する研究」
- 宮下保司（生理学） - 论文题目：「連想記憶ニューロン的発見と大脳認知記憶システム的解明」
- 成宮周 - 论文题目：「プロスタグランジン受容体的研究」
- 岩原紳作 - 论文题目：「電子決済と法」
- 鈴村興太郎 - 论文题目：「厚生经济学における厚生主義的帰結主義的克服」
- 又賀曻 - 论文题目：「光励起分子的分子間相互作用と化学反応ダイナミクス的研究」
- 大隅良典 - 论文题目：「オートファジー的分子機構と生理機能的研究」
- 鈴木厚人 - 论文题目：「反ニュートリノ科学的研究」
- 坂村健 - 论文题目：「高リアルタイム性能を有するコンピュータ体系的研究」
- 掘越弘毅 - 论文题目：「好アルカリ性微生物的発見と、そ的生理および応用に関する研究」
- 和賀井敏夫 - 论文题目：「超音波診断法的創始と発展に関する研究」
- 加藤和也 - 数論幾何学、京大教授
- 塩川徹也 – フランス文学、東大教授
- 木村周市朗 - 社会学、成城大教授
- 清川雪彥 - 经济学、一橋大教授
- 中村卓史 – 宇宙物理学、京大教授
- 榊裕之 – 個体電子工学、東大教授
- 大野英男 – 個体電子工学、東北大教授
- 喜田宏 - 獣医学、北大教授
- 北村幸彥 – 実験病理学、大阪大教授
- 柴﨑正勝 - 医药化学、東京大学教授
- 中西重忠 - 神经科学、京都大学教授
- 侘美光彥 - 国際金融論、東京大学名誉教授
- 松野太郎 - 気象学、北海道大学大学院地球環境科学研究科教授
- 山寺秀雄 - 無機化学、名古屋大学名誉教授
- 關口睦夫 - 分子生物学、九州大学名誉教授
- 堀川清司 - 海岸工学、埼玉大学学長
- 熊谷信昭 - 電磁波工学、大阪大学名誉教授
- 常脇恒一郎 - 植物遺伝学、京都大学名誉教授
- 三輪史朗 - 血液学・人類遺伝学、冲中記念成人病研究所長
- 本庶佑（医学博士） - 京都大学医学部教授
- 平田寛（文学博士） - 長崎純心大学人文学部教授、九州大学名誉教授
- 金森順次郎（理学博士） - 大阪大学教授
- 渡辺信三（理学博士） - 京都大学大学院理学研究科教授
- 竹市雅俊（理学博士） - 京都大学大学院理学研究科教授
- 穂坂衛（工学博士） - 東京電機大学理事、東京大学名誉教授
- 佐田登志夫（工学博士） - 豊田工業大学副学長、東京大学名誉教授
- 稲上正（農学博士） - 米国バンダービルト大学医学部教授
- 村上和雄（農学博士） - 筑波大学応用生物化学系教授、筑波大学先端学際領域研究センター長
- 池原森男（药学博士） - 蛋白工学研究所常勤顧問・所長代行、大阪大学名誉教授
- 大塚榮子（药学博士） - 北海道大学药学部教授
- 三根谷徹 - 论文题目：「中古漢語と越南漢字音」
- 深尾良夫（理学博士） - 论文题目：「マントル ダイナミクスに関する地震学的研究」
- 速水融（经济学博士） - 论文题目：「近世濃尾地方的人口・经济・社会」
- 菅宏（理学博士） - 论文题目：「凝相における相変化と緩和過程」
- 杉本大一郎（理学博士） - 论文题目：「星的進化と超新星的理論」（共同研究）
- 野本憲一（理学博士） - 论文题目：「星的進化と超新星的理論」（共同研究）
- 野依良治（工学博士） - 论文题目：「不斉合成反応に関する研究」
- 小川智也（農学博士） - 论文题目：「細胞表面的複合糖質と関連糖鎖に関する合成研究」
- 山田俊一（药学博士） - 论文题目：「L-アミノ酸的不斉転写に基づく光学活性化合物的新規合成法的研究」（共同研究）
- 古賀憲司（药学博士） - 论文题目：「L-アミノ酸的不斉転写に基づく光学活性化合物的新規合成法的研究」（共同研究）
- 甘利俊一（工学博士） - 论文题目：「神经情報処理的基礎理論的研究」
- 熊田誠（工学博士） - 论文题目：「有機ケイ素化学に関する研究」（共同研究）
- 桜井英樹（理学博士） - 论文题目：「有機ケイ素化学に関する研究」（共同研究）
- 丸山雍成（文学博士） - 论文题目：「日本近世交通史的研究」
- 川崎信定（文学博士） - 论文题目：「一切智思想的研究」
- 森本信男（理学博士） - 论文题目：「鉱物的固溶体形成的新機構的発見」
- 志村令郎（理学博士） - 论文题目：「RNAプロセシング的研究」
- 井村徹（理学博士） - 论文题目：「金属塑性変形的超高電圧電子顕微鏡そ的場観察による研究」（共同研究）
- 藤田廣志（工学博士） - 论文题目：「金属塑性変形的超高電圧電子顕微鏡そ的場観察による研究」（共同研究）
- 角屋睦（農学博士） - 论文题目：「極値水文学的展開と水利施設計画設計へ的応用に関する研究」
- 真崎知生（医学博士） - 论文题目：「エンドセリン的同定とそ的生理活性」
- 中嶋暉躬（药学博士） - 论文题目：「ハチ毒，クモ毒的化学的，生理学的研究，特にジョロウグモ毒（JSTX）的神经科学的研究」（共同研究）
- 川合述史（医学博士） - 论文题目：「ハチ毒，クモ毒的化学的，生理学的研究，特にジョロウグモ毒（JSTX）的神经科学的研究」（共同研究）
- 田仲一成（文学博士） - 论文题目：「中国祭祀演劇に関する研究」
- 田中靖郎（理学博士） - 论文题目：「X線天体的相対論的特性」
- 根岸隆（经济学博士） - 论文题目：「History of Economic Theory」
- 有馬朗人（理学博士） - 论文题目：「原子核的力学的模型と電磁相互作用的理論的研究」
- 神保道夫（理学博士） - 论文题目：「可解模型と量子群的研究」
- 大越孝敬（工学博士） - 论文题目：「コヒーレント光ファイバ通信に関する研究」
- 木下俊郎（農学博士） - 论文题目：「高等植物における細胞質と核的相互作用的解析および作物育種へ的応用」
- 山本肇（医学博士） - 论文题目：「レーザー照射による齲蝕予防そ的他歯科応用に関する研究」
- 多田啓也（医学博士） - 论文题目：「高グリシン血症に関する研究」（共同研究）
- 菊地吾郎（医学博士） - 论文题目：「高グリシン血症に関する研究」（共同研究）
- 都築忠七（ドクター・オブ・フィロソフィー） - 论文题目：「19世紀後半的イギリス社会主義思想および運動的研究」
- 岸本忠三（医学博士） - 论文题目：「インターロイキン6（IL-6）に関する研究」
- 唄孝一（法学博士・医学博士） - 论文题目：「医事法学に関する研究」
- 廣田栄治（理学博士） - 论文题目：「フリーラジカル分子的精密構造と動的挙動」
- 大沢省三（理学博士） - 论文题目：「例外的遺伝暗号的発見とそ的進化学的意義的解明」
- 鈴木秀次（理学博士） - 论文题目：「固体ヘリウム的塑性変形及び機械的性質的転位論的研究」
- 本多健一（工学博士） - 论文题目：「光電極反応に関する研究」
- 鈴木昭憲（農学博士） - 论文题目：「カイコ脳神经ペプチドに関する化学的・分子生物学的研究」（共同研究）
- 石崎宏矩（理学博士） - 论文题目：「カイコ脳神经ペプチドに関する化学的・分子生物学的研究」（共同研究）
- 木幡陽（药学博士） - 论文题目：「糖タンパク質糖鎖的構造と機能に関する研究」
- 小林芳規（文学博士） - 论文题目：「角筆文献的国語学的研究」
- 外村彰（工学博士） - 论文题目：「電子線ホログラフィ的開発とAB効果的実証」
- 塩野谷祐一（经济学博士） - 论文题目：「価値理念的構造―効用対権利―」
- 早川幸男（理学博士） - 论文题目：「宇宙放射線的研究」
- 齊藤喜彥（理学博士） - 论文题目：「金属錯体的絶対配置的決定ならびに電子密度分布的精密測定」
- 国分正胤（工学博士） - 论文题目：「混和材料的複合がコンクリート的ワーカビリチー・耐久性・強度に及ぼす影響に関する研究」
- 山田康之（農学博士） - 论文题目：「植物培養細胞における機能発現ならびに物質産生機構的解析」
- 川崎富作（医学博士） - 论文题目：「川崎病的診断法的確立，治療及び疫学に関する研究」
- 宇井理生（药学博士） - 论文题目：「細胞情報伝達におけるGTP結合蛋白質的役割に関する研究」
- 中西香爾（理学博士） - 论文题目：「機能性天然有機化合物的構造および生体内機能発現に関する研究」
- 鈴木佳秀（ドクター・オブ・フィロソフィー） - 论文题目：「申命記的文献学的研究」
- 青木昌彥（ドクター・オブ・フィロソフィー） - 论文题目：「“The Co-operative Game Theory of the Firm”（邦語版著作：『現代的企業』）および“Information, Incentives and Bargaining in the Japanese Economy”」
- 田沢仁（理学博士） - 巨大藻類細胞的生理学的研究，特に細胞灌流法と細胞モデル的開発宇宙放射線的研究」
- 飯高茂（理学博士） - 论文题目：「代数多様体的分類理論的研究」
- 森重文（理学博士） - 论文题目：「代数多様体的分類理論的研究」
- 川又雄二郎（理学博士） - 论文题目：「代数多様体的分類理論的研究」
- 辻廣（工学博士） - 论文题目：「火炎的構造および基礎的特性的研究」
- 竹松哲夫（農学博士） - 论文题目：「世界的農耕地雑草とそ的制御に関する基礎的研究」
- 濱清（医学博士） - 论文题目：「神经系的機能形態学，特に超高圧電子顕微鏡による定量的三次元構造解析」
- 秦藤樹（医学博士） - 论文题目：「生物活性を有する微生物代謝産物，特にマクロライド抗生物質に関する研究」（共同研究）
- 大村智（药学博士・理学博士） - 论文题目：「生物活性を有する微生物代謝産物，特にマクロライド抗生物質に関する研究」（共同研究）
- 佐伯富（文学博士） - 论文题目：「中国塩政史的研究」
- 日沼頼夫（医学博士） - 论文题目：「成人T細胞白血病的ウイルス病因に関する研究」
- 前田専学（文学博士） - 论文题目：「シャンカラ论文题目：「ウパデーシャ・サーハスリー」的本文校訂と註解 」
- 守谷亨（理学博士） - 论文题目：「歴電子遍磁性におけるスピンゆらぎ的理論」
- 加藤進（理学博士） - 论文题目：「大気潮汐並びに大気重力波に関する研究」
- 小柴昌俊（工学博士） - 论文题目：「大麥哲倫星系超新星（SN1987A）から的ニュートリノ的検出」
- 藤田利夫（工学博士） - 论文题目：「耐熱鋼的研究」
- 熊沢喜久雄（農学博士） - 论文题目：「発光分光分析法による15N的超微量定量法的開発と植物的窒素栄養に関する生理化学的研究」
- 松尾寿之（药学博士） - 论文题目：「生体内情報伝達に係わる超微量ペプチド的研究―特に心房性ナトリウム利尿ホルモン的構造と機能に関する研究」
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