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日本的自然環境保全地域是基於自然環境保全法，針對需要特別保護的自然環境而指定的區域。此外，也有基於同一法律所指定的原生自然環境保全地域（環境大臣指定）和都道府縣自然環境保全地域（都道府縣的知事指定）。
根據日本自然環境保全法（管理單位為環境省），首先區分為自然環境保全地域、都道府縣自然環境保全地域和原生自然環境保全地域。接下來，自然環境保全地域、都道府縣自然環境保全地域又更進一步的分為特別地區、海域特別地區和普通地區。
自然環境保全地域是單純為了保護自然環境[1]，而自然公園的目的則是為了在保護的同時促進該地區的利用[1]（例如觀光等）。
以下的規範和限制主要是針對自然環境保全地域。都道府縣的自然環境保全地域，由各都道府縣的自定條例來規範。
雖然是報備制，但受理的官方單位也有可能限制或禁止申請者的行為。這是自然公園法（普通地區）、自然環境保全法（普通地區）的特徵之一。
環境大臣所指定的地區[2]。
| 地區 | 面積 | 指定年月日 | 特色 |
|---|---|---|---|
| 大平山 | 674 ha | 1977年12月28日 | 山毛欅天然林、石灰岩地植物 |
| 白神山地 | 14,043 ha | 1992年7月10日 | 日本最大的山毛欅天然林、黑啄木鳥等稀少動植物 |
| 和賀岳 | 1,451 ha | 1981年5月21日 | 黑啄木鳥天然林、偃松群落、雪田植物 |
| 早池峰 | 1,370 ha | 1975年5月17日 | 高山、亞高山性植物、蛇紋岩的植物、赤蝦夷松天然林 |
| 大佐飛山 | 545 ha | 1981年3月16日 | 山毛欅、大白檜曽天然林 |
| 利根川源流部 | 2,318 ha | 1977年12月28日 | 高山風衝低木林、山毛欅、深山楢天然林、雪田植生 |
| 笹ヶ峰 | 537 ha | 1982年3月31日 | 山毛欅、白檜曽天然林 |
| 白髪岳 | 150 ha | 1980年3月21日 | 山毛欅天然林 |
| 稻尾岳 | 377 ha | 1975年5月17日 | 蚊母樹、裏白樫等為主的照葉林 |
| 崎山灣 | 128 ha | 1983年6月28日 | 珊瑚礁 |
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